Akciğer kanserinde tümör eğitimli trombosit (TEP) kökenli uzun kodlanmayan RNA moleküllerinin mikroarray yöntemiyle belirlenmesi ve beyin metastaz gelişimi üzerine etkinliğinin araştırılması
Identification of tumor-educated platelet (TEP)-derived long non-coding RNA molecules in lung cancer using the microarray method and investigation of their effect on brain metastasis development
- Tez No: 936929
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SEDA EREN KESKİN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 143
Özet
Amaç: Akciğer kanseri, insanlarda kansere bağlı ölümlerin en yaygın nedenidir. Akciğer kanserinin yüksek mortalitesi, saldırgan tümör biyolojisine ve hastaların çok büyük bir bölümünün lokal ileri ve ileri evrelerde tanı almasına bağlıdır. Akciğer kanserinin en sık metastaz yaptığı organlardan biri beyindir. Beyin metastazları, hastalığın ileri evrelerinde yaygın olarak görülmekte olup, varlığında genel olarak prognoz kötüdür. Beyin metastazı olan hastalar tedavi edilmediğinde ortalama yaşam süresi aylarla sınırlıdır. Sıvı biyopsiler, geleneksel doku biyopsilerine kıyasla hasta kaynaklı örneklerin daha kolay elde edilmesini sağlayan bir yöntem olup, dolaşımdaki tümör DNA'sı, dolaşımdaki tümör hücreleri, hücre dışı veziküller ve trombositler gibi bileşenler aracılığıyla hastalığın gerçek zamanlı takibini mümkün kılmaktadır. Dolaşımdaki tümör hücreleri trombositler ile doğrudan etkileşime girerek trombosit sinyallemesini değiştirebilmektedir. Bu etkileşim sürecinde trombositler“eğitimli”hale gelerek RNA profilinin değişmesine neden olmaktadır. Böylece dolaşımdaki tümör hücrelerinin dolayısıyla metastazın koruyucusu ve taşıyıcısı olarak görev görmektedirler. Bu çalışmada, küçük hücreli dışı akciğer kanseri vakalarında tümör-eğitimli trombositlere ait lncRNA gen ifadelerinin mikroarray yöntemi ile analiz edilmesi ve tümör-eğitimli trombosit kaynaklı metastaz mekanizmalarının incelenmesi amaçlanmaktadır. Yöntem: Çalışmamız üç temel aşamadan oluşmaktadır. İlk aşamada, sağlıklı bireyler ve KHDAK hastalarından elde edilen kan örneklerinden trombosit izolasyonu gerçekleştirilmiş, ardından izole edilen trombositlerden RNA ekstraksiyonu yapılmıştır. Elde edilen RNA örneklerinin kalite ve konsantrasyon tayini titizlikle analiz edilmiştir. İkinci aşamada, evre 3-4 KHDAK beyin metastazı olmayan ve evre 3-4 KHDAK beyin metastazı bulunan hastalar ile sağlıklı bireyler karşılaştırılarak, TEP'lere ait lncRNA ekspresyon profillerindeki değişiklikler mikroarray yöntemi ile detaylı bir şekilde incelenmiştir. Son aşamada ise, mikroarray analizi sonucunda belirlenen ekspresyon seviyelerindeki değişiklikler, RT-PCR yöntemi ile doğrulanarak elde edilen verilerin güvenilirliği artırılmıştır. Bulgular: Mikroarray çalışmasına göre evre 3-4 beyin metastazı olmayan KHDAK vakalarına ait 853 lncRNA'nın ekspresyon seviyesinde artış, 765 lncRNA'nın ekspresyon seviyesinde azalış; evre 3-4 beyin metastazı olan KHDAK vakalarına ait 6621 lncRNA'nın ekspresyon seviyesinde artış, 494 lncRNA' nın ekspresyon seviyesinde azalış saptanmıştır. Doğrulama çalışması ile, evre 3-4 beyin metastazı olmayan KHDAK vakalarında PAX8-AS1 seviyesinin arttığı (p
Özet (Çeviri)
Objective: Lung cancer is the most common cause of cancer-related death in humans. The high mortality of lung cancer is due to its aggressive tumor biology and the fact that a large proportion of patients are diagnosed at locally advanced and advanced stages. One of the most common organs to which lung cancer metastasizes is the brain. Brain metastases are commonly seen in advanced stages of the disease, and the prognosis is generally poor in their presence. Patients with brain metastases have a median survival of months if left untreated. Liquid biopsies are an easier method to obtain patient-derived samples compared to traditional tissue biopsies, enabling real-time monitoring of disease through components such as circulating tumor DNA, circulating tumor cells, extracellular vesicles and platelets. Circulating tumor cells can directly interact with platelets and alter platelet signaling. In the process of this interaction, platelets become“educated”, causing the RNA profile to change. Thus, they act as protectors and carriers of circulating tumor cells and thus metastasis. In this study, we aimed to analyze the lncRNA gene expressions of tumor-trained platelets in non-small cell lung cancer cases by microarray method and to investigate the mechanisms of tumor-trained platelet-induced metastasis. Methods: Our study consists of three main stages. In the first stage, platelet isolation was performed from blood samples obtained from healthy individuals and NSCLC patients, followed by RNA extraction from the isolated platelets. The quality and concentration of the obtained RNA samples were meticulously analyzed. In the second stage, the changes in the lncRNA expression profiles of TEPs were analyzed in detail by microarray method by comparing patients with stage 3-4 NSCLC brain metastases without brain metastases and patients with stage 3-4 NSCLC brain metastases with healthy individuals. In the last step, the changes in the expression levels determined as a result of microarray analysis were confirmed by RT-PCR method to increase the reliability of the data obtained. Results: According to the microarray study, there was an increase in the expression level of 853 lncRNAs and a decrease in the expression level of 765 lncRNAs in NSCLC cases without stage 3-4 brain metastases; an increase in the expression level of 6621 lncRNAs and a decrease in the expression level of 494 lncRNAs in NSCLC cases with stage 3-4 brain metastases. In the validation study, it was observed that PAX8-AS1 level increased (p
Benzer Tezler
- Küçük hücre dışı akciğer kanserinde erken evre ve lenf metastazı vakalarına ilişkin tümör eğitimli trombosit (TEP) RNA profillerinin mikroarray yöntemi ile araştırılması
Investigation of tumor-educated platelet (TEP) RNA profiles in early-stage and lymph node metastasis cases of non-small cell lung cancer using the microarray method
EDA ASİL
Doktora
Türkçe
2025
GenetikKocaeli ÜniversitesiTıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEDA EREN KESKİN
- Küçük hücreli dışı akciğer kanserinde serum ve doku örneklerinde SCUBE1 (sıgnal peptıde-CUB-EGF domaın-contaınıng proteın 1)'in değerlendirilmesi
Diagnostic value of SCUBE1 (signal peptide CUB-EGF domain containing protein 1) on serum and tissue samples in non SMALL cell lung cancer
SELÇUK GÜRZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2015
Göğüs Kalp ve Damar CerrahisiOndokuz Mayıs ÜniversitesiGöğüs Cerrahisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BURÇİN ÇELİK
- Serviks kanseri hücre hattında 2z-(1,2- dihidro-6- metoksi-2-okso- 1-pentil-3h- indol 3- yliden) hidrazid benzoik asit (MDA77)' in KLK-6 ve KLK-8 proteinleri düzeyi üzerine etkisi
Effect of 2z-(1,2-dihydro-6-methoxy-2-oxo-1-pentyl-3h-indol-3-ylidene) hydrazide benzoic acid (MDA77) on KLK-6 and KLK-8 protein levels in cervical cancer cell line
ABOUYE KHAMIS AMZINA
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Tıbbi BiyolojiAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiKanser Biyolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ENDER ŞİMŞEK
- Endobronşiyal lezyonların neden olduğu komplikasyonların tedavisinde argon plazma koagulasyon tedavisinin etkinlik ve güvenilirliği
The efficiency and reliability of apc therapy in the treatment of complications caused by endobronchial lesions
ADNAN TOLGA ÖZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2009
Göğüs HastalıklarıEge ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. TUNCAY GÖKSEL
- Obtain anterior/posterior position of the tumor through machine learning
Makine öğrenme yoluyla tümörün anterior/posterior pozisyonunu elde edin
GOLSHAN GHOLAMPOUR
Yüksek Lisans
İngilizce
2023
Elektrik ve Elektronik Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiElektronik-Haberleşme Eğitimi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM AKDUMAN