Lactobacillus sp. izolatlarının maldı -TOF MS sistemi ile tanımlanması, bakteriyosin üretim yeteneklerinin belirlenerek nanopor ile bakteriyosin genlerinin tespiti
The identication of Lactobacillus sp. isolates by maldi-TOF MS system, determination of their bacteriocin production abilities and detection of bacteriocin genes by nanopore
- Tez No: 937594
- Danışmanlar: PROF. DR. ZEHRANUR YÜKSEKDAĞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biyoteknoloji, Biology, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gazi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 173
Özet
Bu tez çalışmasında Gazi Üniversitesi Fen Fakültesi Biyoloji Bölümü Biyoteknoloji Laboratuvarı stok kültür koleksiyonunda bulunan ve dört farklı kaynaktan (insan, peynir, tavuk bağırsağı, tavuk gaitası) izole edilmiş 83 izolatın Matriks destekli lazer desorpsiyon iyonizasyonu zaman uçuşu kütle spektrometrisi (MALDI-TOF MS) ile tanımlamaları yapılmıştır. Bakterilerin %84'ünde MALDI-TOF MS sistemi ile tanımalamada kabul edilebilir skorlar elde edilmiştir. Tür tanımlaması yapılan suşların, Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Staphylococcus aureus ATCC 25922 ve Escherichia coli ATCC 25923 test bakterilerine karşı agar kuyu difüzyon yöntemi kullanılarak antibakteriyal etki alanı özellikleri incelenmiştir. Antibakteriyal etki alanı gösteren bakteriler içerisinde 24±0 mm zon çapı ile en yüksek etki alanını insan kaynaklı Lactobacillus plantarum ILP63LP suşu S. aureus'a karşı göstermiştir. En az bir test bakterisine karşı antibakteriyal etki alanı sergileyen suşların aynı test bakterilerine karşı amonyum sülfat çöktürme yöntemi ile bakteriyosin etki alanı belirlenmiştir. Suşların üç test bakterisine karşı %42 oranında bakteriyosin etki alanı sergiledikleri tespit edilmiştir. Bakteriyosin etki alanı gösteren suşlar içerisinde tesadüfen seçilen TBG3LP suşunun Oxford Nanopore tüm genom dizilimi yapılmıştır. MALDI-TOF MS sistemi ile L. plantarum olarak tanımalanan TBG3LP suşu tüm genom dizilemesi sonucunda Limosilactobacillus mucosae olarak tanımlanmıştır. Ayrıca, dizileme sonucunda TBG3LP suşunda Enterolizin A bakteriyosini ile uyumlu ORF00012 geninin varlığı tespit edilmiştir. Çalışma, tavuk bağırsağı kaynaklı L. mucosae'de Enterolizin A bakteriyosinin varlığını gösteren ender çalışmalardan biri olup ileride yapılabilecek çalışmalar ile biyoteknolojik olarak kullanılabilecek bakteriyosinlere bir yenisi daha eklenmiş olacaktır.
Özet (Çeviri)
In this thesis study, 83 isolates isolated from four different sources (human, cheese, chicken intestine, chicken feces) in the stock culture collection of the Biotechnology Laboratory of the Biology Department of the Faculty of Science of Gazi University were identified using Matrix-assisted laser desorption ionization time-of-flight mass spectrometry (MALDI-TOF MS). Acceptable scores were obtained in the identification of 84% of the bacteria with the MALDI-TOF MS system. The antibacterial activity properties of the identified strains were investigated against the test bacteria Pseudomonas aeruginosa ATCC 27853, Staphylococcus aureus ATCC 25922, and Escherichia coli ATCC 25923 using the agar well diffusion method. Among the bacteria showing antibacterial activity, the human-origin Lactobacillus plantarum ILP63LP strain showed the highest activity against S. aureus with a zone diameter of 24±0 mm. Bacteriocin activity of strains exhibiting antibacterial activity against at least one test bacterium was determined against the same test bacteria by ammonium sulfate precipitation method. It was determined that the strains exhibited 42% bacteriocin activity against three test bacteria. Among the strains showing bacteriocin activity, the TBG3LP strain, which was randomly selected, was sequenced using Oxford Nanopore whole genome. The TBG3LP strain, which was identified as L. plantarum by MALDI-TOF MS system, was identified as Limosilactobacillus mucosae because of whole genome sequencing. In addition, the presence of the ORF00012 gene compatible with Enterolysin A bacteriocin was detected in the TBG3LP strain because of sequencing. The study is one of the rare studies showing the presence of Enterolysin A bacteriocin in L. mucosae originating from chicken intestine, and a new one will be added to the bacteriocins that can be used biotechnologically with future studies.
Benzer Tezler
- Tavuktan izole edilen Lactobacillus cinsi bakterilerin, çeşitli patojen bakteriler üzerine antagonistik etkisinin incelenmesi
Antagonistic effect of Lactobacilli isolated from chicken on some pathogenic bacteria
ÖZGE AYKANAT
- Bebeklerden izole edilen lactobacillus spp.'nin fonksiyonel özelliklerinin belirlenmesi
Functional characterization of lactobacillus spp. isolated from infant
NAZAN TOKATLI DEMİROK
Doktora
Türkçe
2014
Gıda MühendisliğiNamık Kemal ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUHAMMET ARICI
- Subklinik mastitisli keçilerden izole edilen stafilokok türlerinin farklı virulens özelliklerinin araştırılması
Investigation of different virulence properties of staphylococcus species isolated from goats with subclinical mastitis
EVRİM DÖNMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
MikrobiyolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞÜKRÜ KIRKAN
- İthal edilen bazı çiçek soğanlarındaki Fusarium spp.'nin moleküler yöntemlerle saptanması ve kimyasal mücadele olanakları
Possibilities of chemical control and determination of Fusarium spp. by molecular methods on some imported flower bulbs
ASUMAN ERGÜN
- EV yapımı sirkelerden ve taze kayısılardan asetik asit bakterilerinin izolasyonu, moleküler identifikasyonu ve teknolojik özelliklerinin belirlenmesi
Isolation, molecular identification and determination of technological properties of acetic acid bacteria from home-made vinegar and fresh apricot
EDA BÜYÜKDUMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Gıda Mühendisliğiİstanbul Sabahattin Zaim ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BANU METİN
- Vajinal kültürlerden izole edilen lactobacillus türlerinin antimikrobiyal aktivitelerinin araştırılması
Investigation into antimicrobial activity of lactobacillus SP. isolated from vaginal cultures
SUNA SİBEL GÜRPINAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiFarmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. MÜJDE ERYILMAZ