Salmonella infantis'in evrimsel yapısı ve antimikrobiyal direnç profilinin incelenmesi
Evolutionary structure and antimicrobial resistance profile of Salmonella infantis: A genomic perspective
- Tez No: 939595
- Danışmanlar: PROF. DR. HAMİT KAAN MÜŞTAK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Mikrobiyoloji, Veteriner Hekimliği, Microbiology, Veterinary Medicine
- Anahtar Kelimeler: Antimikrobiyal Direnç, Genomik Epidemiyoloji, Plazmid Analizi, Salmonella Infantis, Tüm Genom Dizileme, Antimicrobial Resistance, Genomic Epidemiology, Plasmid Analysis, Salmonella Infantis, Whole Genome Sequencing (WGS)
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 125
Özet
Bu tez çalışması, Türkiye'deki Salmonella Infantis suşlarının genetik yapısını, antimikrobiyal direnç profillerini ve evrimsel dinamiklerini belirlemek amacıyla gerçekleştirilmiştir. 2020-2024 yılları arasında Türkiye'nin farklı bölgelerindeki kanatlı çiftliklerinden izole edilen S. Infantis suşları analiz edilmiştir. Fenotipik antibiyotik duyarlılık testleri, tüm genom dizileme (WGS) ve biyoinformatik yaklaşımlar kullanılarak suşların genetik varyasyonu, mobil genetik elementleri, direnç genleri ve filogenetik ilişkileri kapsamlı bir şekilde incelenmiştir. MLST analizleri, tüm suşların ST32 sekans tipine ait olduğunu ortaya koymuştur. SNP tabanlı filogenetik analizler, suşlar arasındaki genetik farklılıkların düşük seviyede olduğunu ve Türkiye'de tek bir klonal soyun baskın şekilde yayıldığını göstermiştir. Antibiyotik direnç analizleri, suşların büyük çoğunluğunun florokinolonlar (Siprofloksasin, Nalidiksik Asit), beta-laktamlar (Seftriakson, Sefotaksim), fenikoller (Kloramfenikol), tetrasiklinler (tetrasiklin) ve trimetoprim-sülfametaksazol gibi kritik öneme sahip antibiyotiklere karşı dirençli olduğunu göstermiştir. Biyoinformatik analizler, direnç genlerinin plazmidler aracılığıyla yatay gen transferi ile taşındığını ortaya koymuştur. Özellikle pESI benzeri megaplasmidin varlığı, çoklu ilaç direnci (MDR) ile doğrudan ilişkili bulunmuştur. Plazmid analizi, blaCTX-M, sul1, tetA, qnrB ve aadA gibi direnç genlerinin suşlar arasında yaygın olarak bulunduğunu ve bu genlerin mobil genetik elemanlar yoluyla aktarılma potansiyelinin yüksek olduğunu göstermiştir. Çekirdek genom çoklu lokus dizi tiplendirme (cgMLST) analizleri, örnekler arasındaki genetik farklılıkların minimum seviyede olduğunu ve genomlarının büyük oranda korunduğunu ortaya koymuştur. Filogenetik analizler, Türkiye'deki MDR S. Infantis suşlarının Avrupa ve Amerika'da bildirilen suşlarla yüksek genetik benzerlik gösterdiğini belirlemiş ve bu durum suşların küresel dolaşımı ve genetik değişimi açısından önemli bir veri sağlamıştır. Sonuç olarak, Türkiye'deki S. Infantis suşlarının genetik olarak homojen bir yapıya sahip olduğu ve MDR özelliklerinin giderek yaygınlaştığı belirlenmiştir. Çalışma, Türkiye'deki Veteriner ve Halk sağlığı otoritelerinin genomik gözetim sistemlerini güçlendirmesi gerektiğini ve antibiyotik kullanım politikalarının sıkılaştırılmasının zorunlu olduğunu vurgulamaktadır. Bu bulgular, MDR S. Infantis suşlarının izlenmesi ve kontrol altına alınması için genomik epidemiyoloji temelli bir yaklaşımın gerekliliğini ortaya koymaktadır.
Özet (Çeviri)
This thesis study aims to investigate the genetic structure, antimicrobial resistance (AMR) profiles, and evolutionary dynamics of Salmonella Infantis isolates in Turkey. A total of S. Infantis isolates were collected from poultry farms across different regions of Turkey between 2020 and 2024. Whole genome sequencing (WGS), bioinformatics analyses, and phenotypic antimicrobial susceptibility testing were conducted to comprehensively assess genetic variation, mobile genetic elements, resistance genes, and phylogenetic relationships. MLST analysis identified all isolates as belonging to sequence type ST32, suggesting a clonal population structure. SNP-based phylogenetic analysis revealed low genetic diversity among the isolates and confirmed the dominance of a single clonal lineage in Turkey. Antimicrobial susceptibility tests showed high resistance rates to clinically important antibiotics, including fluoroquinolones (ciprofloxacin, nalidixic acid), beta-lactams (ceftriaxone, cefotaxime), phenicols (chloramphenicol), tetracyclines (tetracycline), and sulfamethoxazole-trimethoprim. Bioinformatics analyses demonstrated that resistance genes were primarily disseminated via horizontal gene transfer (HGT), particularly through plasmids. The presence of a pESI-like megaplasmid was strongly associated with multidrug resistance (MDR). Plasmid analyses revealed widespread distribution of resistance genes, including blaCTX-M,sul1, tetA, qnrB, and aadA, highlighting their high potential for further dissemination through mobile genetic elements. Core genome Multi-Locus Sequence Typing (cgMLST) analysis showed minimal genetic variability among isolates, indicating a highly conserved genome structure. Phylogenetic analysis revealed a high genetic similarity between Turkish MDR S. Infantis isolates and those reported in Europe and the United States, providing evidence for the global dissemination of these strains. In conclusion, S. Infantis isolates in Turkey exhibit a genetically homogeneous population with an increasing prevalence of MDR traits. This study underscores the urgent need to strengthen genomic surveillance systems and implement stricter antibiotic stewardship policies to combat the spread of MDR S. Infantis. The findings highlight the necessity of a genomic epidemiology-based approach to effectively monitor and control these resistant strains, which pose a significant public health concern.
Benzer Tezler
- Kanatlı kökenli salmonella infantis suşlarının MLST ile filogenetik analizi
Phylogenetic analysis of salmonella infantis strains from poultry by MLST
SEYYİDE SARIÇAM
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. H.KAAN MÜŞTAK
- Salmonella ınfantis suşlarının oluşturduğu biyofilm üzerine çevresel ve genetik faktörlerin etkisinin araştırılması
Effect of environmental and genetic factors on biofilm formation of the salmonella infantis strains in turkey
HAFİZE DİLŞAD AÇIKALIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. H.KAAN MÜŞTAK
- Tavuklarda salmonella infantis izolasyonu ve PCR tabanlı yöntemlerle tanısı
Isolation of salmonella infantis in chickens and its detection by PCR based methods
ÖZLEM ŞAHAN YAPICIER
Doktora
Türkçe
2016
Veteriner HekimliğiAnkara ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BARIŞ SAREYYÜPOĞLU
- Tavuk eti kaynaklı salmonella ınfantis izolatlarında antibiyotik direncin belirlenmesi
Determination of antibiotic resistance in salmonella infantis isolates originating from chicken meat
DENİZ ESAT MARTI
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Besin Hijyeni ve TeknolojisiSelçuk ÜniversitesiBesin Hijyeni ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. ARİFE EZGİ TELLİ
- Tavuk dışkıları ve çevresel örneklerden salmonella infantis fajlarının izolasyonu ve karakterizasyonu
Isolation and characterization of salmonella infantis phages from poultry faces and environmental samples
EBRU TORUN
Doktora
Türkçe
2018
MikrobiyolojiAnkara ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HAMİT KAAN MÜŞTAK