Geri Dön

Gıda kaynaklı Salmonella serovarlarının prevalansı ve direnç ve patojenite ilişkili genomik adaların moleküler karakterizasyonu

Prevalence of foodborne Salmonella serovars and molecular characterization of genomic islands associated with resistance and pathogenicity

PDF İndir

  1. Tez No: 941352
  2. Yazar: TUĞBA AYDIN
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. ELİF BOZÇAL DAĞDEVİREN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Dirençlilik, Prevalans, Resistance, Prevalence
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: İstanbul Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Temel ve Endüstriyel Mikrobiyoloji Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Gıda kaynaklı hastalıklar, gıda endüstrisi ve halk sağlığı açısından en önemli sorunlardan biridir. Salmonella insanlarda gıda kaynaklı hastalıklara yol açabilen en yaygın etiyolojik ajanlardan biri olarak görülmektedir. Gıda kaynaklı Salmonella aracılı gelişen salmonellozisin başlıca kaynaklarını hayvansal gıda ürünleri oluşturabilmektedir. Hayvansal gıda olarak tüketilen tavuk eti, Salmonella'nın insanlarda çoklu ilaç direnci ve yüksek patojenite profiline sahip Salmonella serovarlarının prevelansının artış göstermesine yol açabilmektedir. Gerçekleştirilen projede; perakende çiğ tavuk etlerinde Salmonella serovarlarının izolasyonu, fenotipik ve genotipik olarak tanılanması, antimikrobiyal duyarlılıklarının ve serotiplerinin belirlenmesi, antibiyotik direnç profiline sahip olan Salmonella serovarlarının tüm genom dizileme analizlerinin gerçekleştirilerek patojenite ve antimikrobiyal direnç ilişkili genomik adaların araştırılması hedeflenmiştir. Bu kapsamda, Nisan-Ağustos 2024 tarih aralıklarında İstanbul İl'inin farklı ilçelerinde market ve kasaplarda perakende 385 adet çiğ tavuk eti örneklemesi gerçekleştirilmiştir. Salmonella izolatları mikrobiyolojik kültürel, biyokimyasal ve serolojik analizler ile fenotipik olarak; invA, spvC ve 16S rRNA genlerinin PZR amplifikasyonu ile moleküler olarak tanılanmıştır. Kirby-Bauer disk difüzyon ve mikrodilüsyon analizleri ile antimikrobiyal duyarlılık testleri gerçekleştirilmiş, somatik O, H ve Vi antijenik reaksiyonunu temel alan lam aglütinasyonu testi aracılığı ile izolatların serotipleri belirlenebilmiştir. 385 adet tavuk eti örneğinde 27 adet S. enterica suşu fenotipik ve genotipik analizler ile tanılanmıştır ve prevalansı %7,00 olarak belirlenmiştir. Fenotipik olarak antimikrobiyal dirençli olarak belirlenen 10 adet S. enterica serovarının tüm genom dizileme analizi gerçekleştirilmiştir. Çiğ tavuk etlerinde tanıladığımız suşların serotiplendirme analizi sonucunda; S. Typhimurium [4:i:1,2] (n=2), S.Enteritidis [9:g,m:-] (n=2) ve S.Gallinarum [9:-:- (n=1)] olarak belirlenmiştir. Ancak, 22 adet S. enterica suşunun serotipi Le Minor Kauffman-White şemasına göre herhangi bir serovara atanamamıştır. Çalışmamızda en yüksek direnç oranı sırasıyla tetrasiklin (%81,48), amikasin (%77,78), gentamisin (%55,56), tobramisin (%44, 44), azitromisin (%44, 44), seftazidim (%44,44) ve Trimetoprim/sulfametaksazol (%40,74) olarak belirlenmiştir. Tanılanan suşların %74,07'si çoklu ilaca dirençli olarak rapor edilmiştir. Fenotipik olarak antimikrobiyal dirençli olduğu belirlenen ve tüm genom dizileme analizleri gerçekleştirilen 10 adet S. enterica serovarının antibiyotik direnç genlerinin amikasin, kanamisin, streptomisin, sulfametoksazol, tekrasiklin ve doksisiklin antibiyotiklerinde dirence neden olan (aac(6')-Iaa, aph(6)-Id, aph(3'') Ib,sul1, sul2, tetA, ve dfrA14, aph(3')-Ia) olduğu belirlenmiştir. Ayrıca, 10 adet S. enterica serovarının farklı fonksiyon kategorilerinde sınıflandırılan SPA-1, SPA-2, SPA-3, SPA-4, SPA-5, SPA-9, SPA-13, SPA-14, CS54 ve C63P1 adaları belirlenmiştir. S. enterica suşlarında SPA'ların Salmonella'nın kolonizasyonu için gerekli olan metabolik fonksiyonları, suşların patojenite yeteneğini arttırabilen intestinal kolonizasyonu ve persistansı, Tip III (T3SS), Tip I sekresyon sistemi (T1SS), invazyon ve monositlerde hayatta kalması için gerekli olan gen kasetlerini içerdiği belirlenmiştir. Sıklıkla gıda olarak tüketilen tavuk etlerinin antimikrobiyal dirençli farklı S. enterica serovarları için önemli bir rezervuar kaynağı olduğu, serovarlar arasında saptanan patojenite adalarının Salmonella patogenezi ve salmonellozis açısından büyük risk oluşturabileceği sonucuna varılmıştır.

Özet (Çeviri)

Foodborne diseases represent a significant challenge for both the food industry and public health. Salmonella is one of the most common etiological agents responsible for foodborne illnesses in humans. The primary sources of Salmonella-mediated foodborne infections are animal-derived food products. Chicken meat, a widely consumed animal-derived food, has been associated with the increasing prevalence of Salmonella serovars exhibiting multidrug resistance and high pathogenicity profiles in humans. This project aimed to isolate Salmonella serovars from retail raw chicken meat, identify them through phenotypic and genotypic analyses, assess their antimicrobial susceptibility and serotypes, and investigate genomic islands associated with pathogenicity and antimicrobial resistance using whole-genome sequencing. In this context, 385 retail raw chicken meat samples were collected from markets and butcher shops across different districts of Istanbul between April and August 2024. Salmonella isolates were identified phenotypically using microbiological, cultural, biochemical, and serological analyses and confirmed at the molecular level through PCR amplification of the invA, spvC, and 16S rRNA genes. Antimicrobial susceptibility was assessed using the Kirby-Bauer disk diffusion method and microdilution assays, while serotyping was performed via slide agglutination based on somatic (O), flagellar (H), and capsular (Vi) antigenic reactions. Among the 385 chicken meat samples, 27 S. enterica strains were identified through phenotypic and genotypic analyses, corresponding to a prevalence rate of 7.00%. Whole-genome sequencing was conducted on 10 S. enterica serovars that were phenotypically determined to be antimicrobial-resistant. Serotyping analysis revealed that the identified strains included S.Typhimurium [4:i:1,2] (n=2), S. Enteritidis [9:g,m:-] (n=2), and S. Gallinarum [9:-:-] (n=1). However, the serotypes of 22 S. enterica strains could not be assigned to any known serovar based on the Le Minor-Kauffmann-White classification scheme. The highest antimicrobial resistance rates were observed for tetracycline (81.48%), amikacin (77.78%), gentamicin (55.56%), tobramycin (44.44%), azithromycin (44.44%), ceftazidime (44.44%), and trimethoprim/sulfamethoxazole (40.74%). Notably, 74.07% of the identified strains were classified as multidrug-resistant. The antibiotic resistance genes detected in the 10 S. enterica serovars subjected to whole-genome sequencing included aac(6')-Iaa, aph(6)-Id, aph(3'')-Ib, sul1, sul2, tetA, dfrA14, and aph(3')-Ia, which confer resistance to amikacin, kanamycin, streptomycin, sulfamethoxazole, tetracycline, and doxycycline. Furthermore, several pathogenicity-associated genomic islands, including SPI-1, SPI-2, SPI-3, SPI-4, SPI-5, SPI-9, SPI-13, SPI-14, CS54, and C63P1, were identified in the 10 S. enterica serovars.These SPIs contain metabolic functions essential for Salmonella colonization, intestinal persistence, and increased pathogenic potential. Additionally, they encode Type III (T3SS) and Type I secretion systems (T1SS), invasion-associated factors, and gene cassettes essential for survival in monocytes. In conclusion, chicken meat, a commonly consumed food product, serves as a significant reservoir for antimicrobial-resistant S. enterica serovars. The presence of pathogenicity islands among these serovars poses a considerable risk in terms of Salmonella pathogenesis and the potential for salmonellosis outbreaks.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    720381

    Isolation and characterization of Salmonella bacteriophages

    Salmonella bakteriyofajlarının izolasyonu ve karakterizasyonu

    AYSU DENİZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Gıda MühendisliğiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. YEŞİM SOYER

  2. Tez No

    752370

    Türkiye'deki tavuk orijinli salmonella enteritidis suşlarının MLVA ve PFGE ile genotiplendirilmesi ve antimikrobiyal direncin saptanması

    Antimicrobial resistance and genotyping by MLVA and PFGE of chicken originated salmonella enteritidis in Turkey

    SEYYİDE SARIÇAM İNCE

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2022

    Veteriner HekimliğiAnkara Üniversitesi

    Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. HAMİT KAAN MÜŞTAK

  3. Tez No

    416600

    Phenotypic and genetic characterization of antimicrobial resistance in salmonella isolates from different sources in Turkey

    Türkiyede farklı kaynaklarda bulunan salmonella izolatlarının antimikrobiyal dirençliliklerinin fenotipik ve genetik karakterizasyonu

    SİNEM ACAR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    GenetikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. YEŞİM SOYER

    PROF. DR. ZÜMRÜT BEGÜM ÖGEL

  4. Tez No

    368858

    Subtyping of Salmonella isolated from human clinical and animal non-clinical cases, as well as different food samples using pulsed field gel electrophoresis (PFGE)

    Klinik insan vakaları, klinik olmayan hayvan vakaları ve farklı gıdalardaki Salmonella çeşitliliğinin vuruşlu alan jel elektroforezi (PFGE) kullanılarak moleküler düzeyde belirlenmesi

    ECE BULUT

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2014

    MikrobiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. YEŞİM SOYER

    PROF. DR. GÜLAY ÖZCENGİZ

  5. Tez No

    479175

    Isolation, identification and determination of some pathogenic characteristics of salmonella spp. from retail chicken meat by phenotypic and genotypic methods

    Salmonella türlerinin perakende tavuk etinden fenotipik ve genotipik metodlarla izolasyonu, identifikasyonu ve bazı patojenik özelliklerinin belirlenmesi

    CEREN BETÜL EKEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    BiyolojiAbant İzzet Baysal Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEZA ARSLAN

Geri Dön