Mal de Meleda (MDM) hastalığında SLURP1 geninin prime editing teknolojisi kullanılarak düzenlenmesi
Editing of the SLURP1 gene in Mal de Meleda (MDM) disease using prime editing technology
- Tez No: 948163
- Danışmanlar: DOÇ. DR. NADİR KOÇAK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Selçuk Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 102
Özet
Mal de Meleda (MDM), kromozom 8q24.3 üzerinde bulunan, epidermal homeostazı ve deri iltihabını düzenleyen, salgılanan memeli Ly-6/ürokinaz tipi plazminojen aktivatör reseptörünü (uPAR) ilişkili protein-1 (SLURP1) proteinini kodlayan SLURP1 genindeki mutasyonlardan kaynaklanan inflamatuar palmoplantar keratodermanın nadir bir formudur. CRISPR-Cas9'un geliştirilmiş bir versiyonu olan Prime editing 2019 yılında tanımlanmış ve hassas baz düzenlemeleri yapabilen etkili bir genom düzenleme teknolojisidir. Bu tezde, SLURP1 geninde c.286C>T mutasyonu olan bireye ait in vitro modelde, Prime editing kullanılarak mutasyonun düzeltilmesi amaçlanmıştır. Çalışma, ilk olarak uygun plazmidler seçilerek, SLURP1 geninde c.286C>T mutasyonuna uygun epegRNA tasarımı yapılarak başlamıştır. Tasarlanan epegRNA oligonükleotidleri, annealing yöntemi ile birleştirilerek mRFP1 bölgesi kesilmiş pU6-tevopreq1-GG-acceptor plazmidine Golden Gate yöntemi ile klonlanmıştır. Klonlanan plazmid, DH5α bakterilerine transformasyon yoluyla aktarılmış ve koloni seçimi sonrası izole edilen plazmid DNA'sı doğrulanmıştır. Hastanın periferik kanından elde edilen lenfosit hücre kültürüne hazırlanan Prime Editor sistemi (nCas9-RT + epegRNA) transfekte edilmiştir. Transfeksiyon verimliliği ve düzenleme etkinliği değerlendirmek üzere hedef bölgeye özgü primerler tasarlanmış, PZR amplifikasyonu sonrası sadece hedef varyanta yönelik olarak sınırlı kapsamlı bir Yeni Nesil Dizileme (NGS) analizi uygulanmıştır. Yapılan her aşama optimizasyon ile güçlendirilmiş ve istenilen sonuç alınana kadar diğer aşamaya geçilmemiştir. NGS sonucunda, FASTQ formatındaki sekans verileri Notepad++ yazılımı kullanılarak analiz edilmiş ve düzenleme oranları hesaplanmıştır. SH1 ve SH2 örneklerinde sırasıyla %0,40 ve %0,23 düzeyinde düzeltme sağlandığı tespit edilmiştir. Görece düşük düzeltme oranlarına rağmen, analizler hedeflenen varyant bölgesinde spesifik bir düzeltmenin başarıyla gerçekleştirildiğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
Mal de Meleda (MDM) is a rare form of inflammatory palmoplantar keratoderma caused by mutations in the SLURP1 gene, which encodes the secreted mammalian Ly-6/urokinase-type plasminogen activator receptor (uPAR)-related protein-1 (SLURP1) protein located on chromosome 8q24.3, which regulates epidermal homeostasis and skin inflammation. Prime editing, an improved version of CRISPR-Cas9, was described in 2019 and is an effective genome editing technology that can perform precise base editing. In this thesis, we aimed to correct the mutation using Prime editing in an in vitro model belonging to an individual with a c.286C>T mutation in the SLURP1 gene. The study was started by selecting suitable plasmids and designing epegRNA suitable for the c.286C>T mutation in the SLURP1 gene. The designed epegRNA oligonucleotides were annealed and cloned into the pU6-tevopreq1-GG-acceptor plasmid with a truncated mRFP1 region using the Golden Gate method. The cloned plasmid was transferred to DH5α bacteria via transformation and the isolated plasmid DNA was verified after colony selection. The Prime Editor system (nCas9-RT + epegRNA) prepared for lymphocyte cell culture obtained from the patient's peripheral blood was transfected. In order to evaluate the transfection effıciency and editing effıciency, target region-specific primers were designed and a limited-scope Next Generation Sequencing (NGS) analysis was applied only for the target variant after PCR amplification. Each stage was strengthened with optimization and the next stage was not passed until the desired result was obtained. As a result of NGS, sequence data in FASTQ format were analyzed using Notepad++ software and editing rates were calculated. It was determined that corrections were achieved at 0.40% and 0.23% levels in SH1 and SH2 samples, respectively. Despite the relatively low correction rates, the analyses show that a specific correction was successfully achieved in the targeted variant region.
Benzer Tezler
- Türkiye'de bankacılık sektörünün gelişimi ve reel kesime etkisi
Development of banking sector in Turkey and effect on real economy
SEHER MELDA GÜRTUNA
- Halkla ilişkiler fonksiyonun aile içi iletişim olgusuna katkısı
Contribution of public relation to communication within family
GÜLDANE KARA
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
İletişim BilimleriMarmara Üniversitesiİletişim Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MELDA CİNMAN ŞİMŞEK
- Pilotlarda istanbul mal de debarquement sendromu semptom ölçeğinin uygulanması
Application of istanbul mal de debarquement syndrome symptom scale in pilots
ÇAĞLA AYDIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Kulak Burun ve Boğazİstanbul Aydın ÜniversitesiOdyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHRİYE ÖZLEM KONUKSEVEN
- Seyahat eden bireylerde istanbul mal de debarquement sendromu semptom ölçeğinin geliştirilmesi: Geçerlilik ve güvenilirlik çalışması
Development of istanbul mal de debarquement syndrome symptom scale among people who travel: Validity and reliability study
EDANUR IŞIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
Kulak Burun ve Boğazİstanbul Aydın ÜniversitesiOdyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHRİYE ÖZLEM KONUKSEVEN
- Gemi mürettebatı ve tren makinistlerinde İstanbul mal de debarquement sendromu semptom ölçeği bulgularının karşılaştırılması
Comparison of İstanbul mal de debarquement syndrome symptom scale findings in ship crew and train drivers
ŞEYMA ALTUNIŞIK
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Kulak Burun ve Boğazİstanbul Aydın ÜniversitesiOdyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAHRİYE ÖZLEM KONUKSEVEN