Post-synthetic DNA-functionalization based on DNA-templated dynamic chemistry
Dinamik kimya yaklaşımıyla post-sentetik olarak DNA fonksiyonelleştirmesi
- Tez No: 949068
- Danışmanlar: PROF. DR. ULF DIEDERICHSEN
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2015
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Georg-August-Unıversıtat Gottıngen
- Enstitü: Yurtdışı Enstitü
- Ana Bilim Dalı: Organik Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Organik Kimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
DNA teknolojisinin giderek büyümesiyle birlikte, DNA'nın işlevselliğini arttırıp, geniş bir bilimsel alanda kullanımını sağlamak için DNA üzerinde yapılan kimyasal modifikasyonlara olan talep artmaktadır. Bu tezde yapılan araştırma, modifiye edilmiş oligonükleotitlerin hazırlanmasını içermekte ve sonrasında bu modifiye oligonükleotitlerin dinamik kombinatoryal kimya yaklaşımıyla fonksiyonelleştirilmesine odaklanmaktadır. Oligonükleotidin modifikasyonu için, DNA'nın doğal yapısındaki riboz birimini treoninol ile değiştirmek amaçlanmıştır. Bunu gerçekleştirmek için ilk adımda, treoninol, ortogonal olarak korunmuş bir amino grubu içeren fosforamidit monomerine başarıyla dönüştürülmüştür. Hazırlanan fosforamitit monomeri, otomatik katı faz sentezi yöntemiyle DNA sentez cihazı kullanılarak 13mer uzunluktaki oligonükleotitlerin merkez pozisyonuna başarıyla dahil edilmiştir. Modifiye edilmiş oligonükleotidin omurgasındaki reaktif amino grubunun avantajı, aldehit ile fonksiyonelleştirilmiş herhangi bir molekülün sentetik işlem sonrasında kolaylıkla oligonükleotide bağlanabilmesidir. Bu amaçla, doğal nükleobazlar, oligonükleotit üzerindeki serbest amino grubuyla tersinir şekilde reaksiyona girebilmeleri için aldehit gruplarıyla sentezlenmiştir. Bu tez, oligonükleotitlere uygulanan dinamik kombinatoryal kimya yaklaşımına bir örnek teşkil etmekte ve aldehit ile modifiye edilmiş nükleobaz birimlerinin, çift sarmallı oligonükleotidin boş (abazik) bölgesine seçici olarak bağlandığını göstermektedir.
Özet (Çeviri)
With the growing field of DNA technology there is an increasing demand for new modifications of DNA, which improve its versatility and promote the DNA as a fundamental scaffold for a wide field of applications like catalysis, encoding processes and supramolecular functionalized structures. The research described in this thesis includes the preparation of a modified oligonucleotide and is then focused on the functionalization of this modified oligonucleotide by a dynamic combinatorial chemistry approach. For the modification of the oligonucleotide, the ribose unit of the backbone in the native structure of DNA was replaced by threoninol. In order to achieve this purpose, in the first step threoninol was successfully converted to the phosphoramidite monomer with an orthogonal protected amino group. The corresponding phosphoramidite monomer was necessary in order to make it suitable for automated DNA synthesis. It was successfully incorporated into the central position of a 13mer oligonucleotide by using automated solid phase synthesis. The advantage of the reactive amino group on the backbone of the modified oligonucleotide was that any functional molecule of interest functionalized as an aldehyde can be easily tethered into the oligonucleotide post-synthetically. In this work the natural nucleobases were synthesized with aldehyde groups to allow them to reversibly react with the free amino group on the modified oligonucleotide. This thesis is an example for the dynamic combinatorial chemistry approach applied to oligonucleotides demonstrating the selective attachment of aldehyde-modified nucleobase units to the abasic site of the double-stranded-oligonucleotide.
Benzer Tezler
- Yeni nesil sentetik kannabinoid CUMYL-4CN-BINACA'nın nörotoksik ve teratojenik etkilerinin zebra balığı embriyo ve larvalarında araştırılması
Investigation of the neurotoxic and teratogenic effects of CUMYL-4CN-BINACA , a new generation synthetic cannabinoid,in zebrafish embriyo and larvae
DERYA YILMAZTÜRK
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Atatürk ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...
- DNA dizilerinin tayinine yönelik uygulama seti (kit) tipinde elektrokimyasal nanobiyosensörlerin tasarımı
Design of electrochemical nanobiosensors in the application kit type for the determination of DNA sequences
HASRET SUBAK
- HMOB2'nin kanser tedavisindeki prediktif rolünün deşifre edilmesi
Describing the predictory role of hMOB2 in cancer treatment
YUSUF TOY
- Nanomateryal bazlı mikro-katı faz ekstraksiyonu ile önderiştirme yapılmıģ çeşitli numunelerin HPLC-MS/MS analizleri ve biyosensör tasarımları
HPLC MS / MS analyzes of various samples carried out with nanomaterial-based microsolid phase extraction and biosensors design
TUTKU CEREN KARABULUT
- In vitro and in vivo immunomodulatory effects of extracellular vesicles
Hücre dışı keseciklerin in vitro ve in vivo immünmodülatör etkileri
MEHMET ŞAHİN
Yüksek Lisans
İngilizce
2013
İhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Yükleniyor...