Yumurtalık kanserinin ilerlemesinde rol oynayan gen ifade değişikliklerinin entegre diferansiyel gen ifade analizi ile incelenmesi
Investigation of gene expression changes playing a role in the progression of ovarian cancer by integrated differential gene expression analysis
- Tez No: 949304
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ DENİZ SÜNNETÇİ AKKOYUNLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2023
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kocaeli Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 82
Özet
Amaç: Yumurtalık kanseri, diğer jinekolojik kanser türleri arasında en fazla ölüme sebep olanıdır. Hastalık başlangıçta asemptomatiktir ve bu nedenle hastalık, genellikle tam bir iyileşmenin neredeyse imkansız olduğu ileri evrelerde saptanmaktadır. Uzun yıllara dayanan araştırmalara rağmen, henüz yüksek teşhis duyarlılığına ve spesifisitesine sahip biyobelirteçler veya görüntüleme ile teşhis için başka etkili yöntemler bulunmamaktadır. Yumurtalık kanserinin patogenezi hala belirsizdir; etiyolojisinde hormonların, genetik ve çevresel faktörlerin etkisi gözlemlenmektedir. Bu tez çalışmasının amacı; yumurtalık kanserinde gen ifade farklılıklarının analiz edilmesi, ilgili genlerin ve yolakların yumurtalık kanserinin oluşumu ve/veya ilerlemesi üzerine etkisinin araştırılmasıdır. Çalışmamızda, veri bankalarından elde edilen evre I, II, III ve IV yumurtalık kanseri olan hastalara ait gen ekspresyon mikrodizin verileri analiz edildi, gen ifade farklılıkları belirlendi. Her evrede normal dokulara kıyasla farklı ifade edilen genlerin en fazla ilişkili olduğu moleküler yolaklar belirlendi gen ontoloji (GO) analizi yapıldı. Farklı ifade edilen genlerin protein-protein etkileşim analizi yapıldı ve en fazla bağlantıya sahip merkez genler belirlenerek; yolak analizleri ve GO analizleri gerçekleştirildi. Yöntem: GEO (Gene Expression Omnibus) veri tabanından 133 yumurtalık kanseri örneği ve 34 normal yumurtalık dokusu örneği çalışmaya dahil edildi. Tümörlü dokular ile normal dokular arasındaki diferansiyel eksprese olan genleri (DEG'leri) elde etmek için GeneSpring Software versiyon 14.9_gx_pa kullanıldı. DEG listeleri DAVID arayüzüne yüklenip, p-değeri
Özet (Çeviri)
Objective: Ovarian cancer causes the highest number of deaths of any gynecological cancer. The disease is initially asymptomatic; therefore, it is usually detected in advanced stages when a complete cure is almost impossible. Despite many years of research, there are still no biomarkers with appropriate diagnostic sensitivity and specificity or other effective diagnostic methods enabling screening. The pathogenesis of ovarian cancer is still unclear; the suspected etiology indicates the involvement of hormones and genetic and environmental factors. The study aims to analyze gene expression differences in ovarian cancer to investigate the effect of related genes and pathways on the formation and/or progression of ovarian cancer. In our study, gene expression microarray data of patients with stage I, II, III and IV ovarian cancer obtained from data banks were analyzed, and gene expression differences were determined. The molecular pathways in which the genes expressed differently were most related compared to normal tissues were resolved at each stage, and gene ontology (GO) analysis was performed. Protein-protein interaction analysis of the differently expressed genes was performed, and the central genes with the most connections were determined; pathway analyses and GO analyses were performed. Method: From GEO (Gene Expression Omnibus) database, 133 ovarian cancer samples and 15 normal ovarian tissue samples were included in the study. GeneSpring Software version 14.9_gx_pa was used to find differentially expressed genes (DEGs) between tumor tissues and normal tissues, and between tumor tissues at different stages. DEG lists were uploaded to the DAVID interface, and
Benzer Tezler
- Investigation of the regulation of LKB1 and STING genes in gynecologic cancers
Jinekolojik kanserlerde LKB1 ve STING genlerinin düzenlenmesinin araştırılması
BAHRA NAJİ HAMA SALİH
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyolojiTokat Gaziosmanpaşa ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ERCAN ÇAÇAN
- Meme kanseri tedavisinde 14-dena monoklonal antikorunun apoptotik etkisinin incelenmesi
Investigation of the apoptotic effect of 14-dena monoclonal antibody in breast cancer treatment
AYŞEGÜL TAŞKIRAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Histoloji ve EmbriyolojiEge ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLPERİ ÖKTEM
- The investigation of plant secondary metabolites effects on metabolism of eukoryatic models
Bitki sekonder metabolitlerinin ökaryotik modellerde metabolizmaya etkisinin araştırılması
ZEHRA TAVŞAN
Doktora
İngilizce
2017
BiyokimyaDokuz Eylül ÜniversitesiKimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜLYA AYAR KAYALI
- Assessment of the effects of melatonin on the funtional deficits induced by cellular stress in obese donor derived mesenchymal STEM cells
Melatonin'in obez donor mezenkimal kök hücrelerinde hücresel strese bağlı olarak oluşan fonksiyon bozuklukları üzerindeki etkilerinin değerlendirilmesi
ECE GİZEM POLAT
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
BiyolojiHacettepe ÜniversitesiKök Hücre Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. FATİMA SUSANNA FAUSTINA AERTS KAYA
- Systems biology approaches to identify novel biomarkers for diagnosis, prognosis and therapeutics in ovarian cancer
Yumurtalık kanserinin tanı, prognoz ve tedavisine yönelik yeni biyobelirteçlerin belirlenmesinde system biyolojisi yaklaşımları
ESRA GÖV
Doktora
İngilizce
2017
BiyomühendislikMarmara ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. KAZIM YALÇIN ARĞA