Geri Dön

Alzheimer hastalarında APP (beta amyloid ara öncül(precursor) protein) geninde mutasyon taraması ve biyoinformatik karakterizasyonun araştırılması

Mutation analysis and bioinformatics characterization inAPP (beta amyloid precursor protein) gene in Alzheimer'spatients

PDF İndir

  1. Tez No: 949452
  2. Yazar: MELİKE NUR DEMİRTAŞ
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ ÖZLEM YALÇIN ÇAPAN, DOÇ. DR. SERTAÇ ATALAY
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Alzheimer hastalığı, Biyoinformatik, Genetik, Mutasyon, Proteinler, Alzheimer disease, Bioinformatics, Genetics, Mutation, Proteins
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Alzheimer hastalığı (AH), sinaptik kayıp, nörofibriler yumaklar ve amiloid beta (Aβ) birikimiyle karakterize ilerleyici bir nörodejeneratif hastalıktır. Erken başlangıçlı AH (EOAD), genellikle APP, PSEN1 ve PSEN2 genlerindeki otozomal dominant mutasyonlarla ilişkilidir; geç başlangıçlı formu (LOAD) ise APOE ɛ4 aleli ile bağlantılı sporadik bir formdur. APP genindeki mutasyonlar, proteolitik işlenmeyi bozarak Aβ üretimini ve birikimini artırır ve hastalık patogenezinde önemli rol oynar. Bu çalışmada, Türk Alzheimer hastalarında APP genindeki mutasyonların varlığı araştırılmıştır. Tekirdağ Namık Kemal Üniversitesi Hastanesi'nde izlenen 30 Alzheimer hastası ve 30 sağlıklı bireyden elde edilen DNA örneklerinde, APP geninin 16. ve 17. ekzonları PZR ve Sanger dizileme yöntemleriyle analiz edilmiş; bu bölgelerde mutasyon tespit edilmemiştir. Biyoinformatik analizlerde, APP geninde potansiyel patojenik etkileri olabilecek 19 varyant belirlenmiş ve PredictSNP ile bunlardan 11'i patojenik bulunmuştur. Özellikle R116C, R306C, G323R, V695G, V738D, R747C ve Y762C varyantlarının yüksek evrimsel korunmuşluk taşıdığı, protein stabilitesini azalttığı ve elektrostatik ile hidrofobik özelliklerde anlamlı değişikliklere yol açtığı saptanmıştır. Bu varyantların, APP yapısını ve Aβ üretimini etkileyerek hastalık gelişiminde rol oynayabileceği öne sürülmüştür. Sonuç olarak, APP geninin 16. ve 17. ekzonlarında mutasyon bulunamasa da AH'nin genetik altyapısının daha iyi anlaşılabilmesi için daha geniş örneklem gruplarını kapsayan, APP geninin diğer ekzonlarını ve hastalıkla ilişkili diğer genleri içeren çalışmalara ihtiyaç vardır. Biyoinformatik analizlerle de elde edilen bulguların deneysel yöntemlerle doğrulanması, hastalığın moleküler mekanizmalarının aydınlatılmasına önemli katkılar sağlayacaktır.

Özet (Çeviri)

Alzheimer's disease (AD) is a progressive neurodegenerative disorder characterized by synaptic loss, neurofibrillary tangles, and accumulation of amyloid beta (Aβ) plaques. Early-onset AD (EOAD) is often associated with autosomal dominant mutations in the APP, PSEN1, and PSEN2 genes, while late-onset AD (LOAD) represents a sporadic form commonly linked to the APOE ɛ4 allele. Mutations in the APP gene can disrupt proteolytic processing, leading to increased Aβ production and accumulation, thus playing a key role in the pathogenesis of the disease. In this study, mutations in the APP gene were investigated in Turkish Alzheimer patients. DNA samples from 30 patients and 30 healthy individuals followed at Tekirdağ Namık Kemal University Hospital were analyzed. Exons 16 and 17 of the APP gene were screened using PCR and Sanger sequencing methods. No mutations were identified in these regions. In the bioinformatics analyses, 19 potentially pathogenic variants in the APP gene were identified and evaluated using PredictSNP, with 11 variants predicted to be pathogenic. Among them, R116C, R306C, G323R, V695G, V738D, R747C, and Y762C were found to be highly evolutionarily conserved, to decrease protein stability, and to cause changes in electrostatic and hydrophobic properties. These variants are suggested to affect the APP protein structure and Aβ production, potentially contributing to disease development. In conclusion, although no mutations were found in exons 16 and 17 of the APP gene, further studies involving larger patient groups, other regions of the APP gene and other potential causative genes, and functional validation of bioinformatic findings are necessary to better understand the molecular mechanisms underlying Alzheimer's disease.

Geri Dön