Cevizde (Juglans regia L.) selenyum ve magnezyum elementlerinin alınımını kontrol eden gen bölgelerinin genom boyu ilişkilendirilmesi
Genome wide association of gene regions controlling selenium and magnesium uptake in walnut (Juglans regia L.)
- Tez No: 951085
- Danışmanlar: PROF. DR. MUHAMMED BAHATTİN TANYOLAÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyomühendislik, Bioengineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ege Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyomühendislik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 66
Özet
Ceviz (Juglans regia L.), besin değeri ve içerdiği makro ile mikro elementler sayesinde hem ekonomi hem de sağlık açısından önemli bir kuruyemiş türüdür. Bu tez çalışmasında, ceviz meyvesinde Selenyum (Se) ve Magnezyum (Mg) elementlerinin alınımını kontrol eden gen bölgelerinin GWAS metodu ile tespit edilmesi amaçlanmıştır. Bu kapsamda, 2021 ve 2022 yıllarına ait toplamda 154 farklı J. regia genotipi için Se ve Mg konsantrasyon ölçümleri yapılmıştır. Çalışma kapsamında, markör-özellik ilişkilerinin tespit edilmesi için ilişkilendirme analizleri 16.473 adet tek nükleotid polimorfizm (SNP) markörü kullanılarak gerçekleştirilmiştir. Her iki elemente ait konsantrasyonlar normal dağılım göstermiştir ve yüksek düzeyde kalıtılabilirlik değerleri ile (Se için %96, Mg için %98) genetik kontrol altında oldukları ortaya konmuştur. İlişkilendirme haritalaması çalışmaları TASSEL (v.5.2.93) yazılımı kullanılarak karma doğrusal model yöntemi ile yürütülmüştür. Analizler sonucunda, Se ile anlamlı düzeyde ilişkili 16, Mg ile ilişkili ise 15 SNP markörü saptanmıştır. Bu markörlere karşılık gelen gen bölgelerinde, Se ile ilişkili 214, Mg ile ilişkili 162 aday gen tanımlanmıştır. Gen zenginleştirme analizleri sonucunda bu genlerin 33'ünün iyon bağlanmasıyla, birinin Mg iyonlarının taşınımı ile, 10'unun hormon metabolizması ile ve 53'ünün DNA/RNA bağlanmasıyla ilişkili olduğu saptanmıştır. Bu tez çalışması kapsamında elde edilen anlamlı düzeydeki ilişkili markörler ve aday genler, Se ve Mg yönünden zenginleştirilmiş ceviz çeşitlerinin geliştirilmesine yönelik markör destekli ıslah çalışmaları için kaynak oluşturarak, bu elementlerin birikiminin moleküler temellerinin anlaşılmasına katkı sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Walnut (Juglans regia L.) is an important nut species in terms of both economy and health due to its rich nutritional value and the presence of essential macro- and microelements. In this thesis study, it was aimed to identify the gene regions controlling the uptake of Selenium (Se) and Magnesium (Mg) elements in walnut fruit by GWAS method. In this context, Se and Mg concentration measurements were made for a total of 154 different J. regia genotypes for the years of 2021 and 2022. Within the scope of the study, association analyses were carried out using 16,473 single nucleotide polymorphism (SNP) markers to determine marker-trait relationships. The concentrations of both elements showed a normal distribution and were found to be under genetic control, with high heritability values (96% for Se and 98% for Mg). Association mapping studies were conducted by using the mixed linear model method in TASSEL (v.5.2.93) software. As a result of the analyses, 16 SNP markers were found to be associated with Se, and 15 with Mg. A total of 214 candidate genes associated with Se and 162 candidate genes associated with Mg were identified in the gene regions corresponding to these markers. Gene enrichment analyses revealed that 33 of these genes were found to be involved in ion binding, one in Mg ion transport, 10 in hormone metabolism, and 53 in DNA/RNA binding. Significantly related markers and candidate genes obtained within the scope of this thesis study contribute to the comprehension of the molecular basis of the accumulation of these elements by providing a resource for marker-assisted breeding studies for the improvement of walnut varieties enriched in Se and Mg.
Benzer Tezler
- Cevizde (Juglans regia L.) DNA markörleri ile genetik haritalama
Genetic linkage mapping in walnut (Juglans regia L.) by DNA markers
YILDIZ DOĞAN
Doktora
Türkçe
2016
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Cevizde (Juglans regia L.) çinko ve bakır konsantrasyonlarıyla ilişkili genlerin GWAS analizi ile belirlenmesi
Identification of genes associated with zinc and copper concentrations in walnut (Juglans regia L.) by GWAS analysis
BERFİN NAZLICAN KAMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
BiyomühendislikEge ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DUYGU ATEŞ
- Cevizde (Juglans regia L.) farklı konum ve olgunluktaki çiçeklerin çiçek tozu canlılık ve çimlenme yeteneklerinin belirlenmesi.
Determination of pollen wiability and germination ability of different location and maturity in walnut (Junglans regia L.).
YAKUP EZBER
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
ZiraatAydın Adnan Menderes ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FAİK EKMEL TEKİNTAŞ
- Cevizde (Juglans regia L.) bazı fenolojik özelliklerle bağlantılı DNA markörlerinin ilişki haritalama yöntemi ile belirlenmesi
Determination of dna markers linked to some phenological traits with association mapping method in walnut (Juglans regia l.)
ŞAKİR BURAK BÜKÜCÜ
Doktora
Türkçe
2019
ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SÜTYEMEZ
- Cevizde (Juglans regia L. ) bazı fenolik asitlerin ve bazı eser elementlerin tayini
Determination of some phenolic acids and trace elements in walnut (Juglans regia L.)
AYŞE ŞAP