Folded proteins are adaptive structures
Katlanmış proteinler akıllı yapılardır
- Tez No: 95425
- Danışmanlar: PROF. ALİ RANA ATILGAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: İnşaat Mühendisliği, Civil Engineering
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2000
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 99
Özet
FOLDED PROTEINS ARE ADAPTIVE STRUCTURES OZET Akıllı mühendislik yapıları üzerine geliştirilmiş bulunan kuram katlanmış proteinlere uyarlanmıştır. Lokal sıkışma geometrisine dayalı düşük uzaylı bir yapısal kontrol modeli, işlev-kararlılık ilişkisini kurmak üzere kullanılmıştır. Yoğun şekilde sıkışmış bölgelerin esnek kısımların denetiminde aldığı rolün anlaşılması için, yöntem iki boyutlu kafes çalışmaları ile test edilmiş ve daha sonra protein yapılarına uygulanmıştır. En kararlı bölgelerce desteklenen üçüncül bağlarda birlik halde devreye sokulan hareketlenmelerin, biyolojik aktiviteden sorumlu bölgelerin hareketlerini denetlediği görülmüştür. Bovine pancreatic trypsin inhibitörünün aktif ilmek bölgesinin, kısmen, yüksek yoğunlukta sıkışmış ve düşük sıcaklık dalgalanması ortalaması gösteren kısımlarca denetlendiği belirlenmiştir. Barnase'in mutasyona duyarlı aktif konumları, birleşik bir kontrol mekanizması ile, iki büyük çekirdek bölgesiyle ve kararlılığa katkıda bulunan rezidülerle ilişkilendirilmiştir. Cytochrome c proteinine bağlı demir grubunun hareketlerinin, akıllı yapılar modeline uygun olarak, katlanmanın değişik basamaklarında rol aldıkları deneysel verilerle belirlenmiş bulunan ve bu familya içerisinde evrim sırasında korunan rezidüler tarafından kontrol edildiği gösterilmiştir. tC YÜKSEKÖĞRETİM KUROUl DOKÜMANTASYON MERKEZİ
Özet (Çeviri)
IV FOLDED PROTEINS ARE ADAPTIVE STRUCTURES ABSTRACT The theory of adaptive engineering structures is adapted to native proteins. An integrated low-resolution structural control model based on local packing geometry is utilized to establish function-stability relationships. The method is tested with two-dimensional parametric studies for understanding the role of densely-packed regions in the control of flexible parts and then applied to three protein structures. Cooperative insertion of fluctuations at tertiary contacts that are sustained by the most stable regions of the native structure moderates the motion of groups that are responsible for biological activity. The active loop of bovine pancreatic trypsin inhibitor is partially controlled by a network of residues with high packing density and low mean thermal fluctuations. Mutation sensitive binding positions in barnase are related to the two major cores and stabilizing residues with a united control mechanism. The motion of the heme iron of cytochrome c is shown to be controlled by adaptively located residues that are observed in experiments to play an essential role at different stages of folding, and are conserved within the family of sequences.
Benzer Tezler
- Expression, purification, and characterization of soluble recombinant TNFR1
Çözünür rekombinant TNFR1'in üretimi, saflaştırılması ve karakterizasyonu
DERYA HATİPOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Investigation of the effects of the bag-1 – hsc70/hsp70 interaction on the bag-1 complexes in erad mechanism and ubiquitin/proteasome system
Bag-1 – hsc70/hsp70 etkileşiminin erad yolağı ve ubikitin/proteazom sistemindeki bag-1 komplekslerine olan etkisinin incelenmesi
EZGİ BAŞTÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Biyofizikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Expression, purification and characterization of high-fidelity DNA polymerase
Yüksek-duyarlı DNA polimeraz enziminin üretilmesi, saflaştırılması ve karakterizasyonu
KÜBRA TÜRK
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Protein yapısının yapay arı kolonisi algoritması ile tahmini
Protein structure prediction with artificial bee colony algorithm
TURGAY BATBAT
Yüksek Lisans
Türkçe
2014
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolErciyes ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. CELAL ÖZTÜRK
- Alt sekans profil haritaları kullanılarak protein katlanması tanıma
Protein fold recognition using subsequence profile maps
RUŞEN HALEPMOLLASI
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrolİstanbul Teknik ÜniversitesiBilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. ÖMER SİNAN SARAÇ