Geri Dön

Folded proteins are adaptive structures

Katlanmış proteinler akıllı yapılardır

  1. Tez No: 95425
  2. Yazar: LÜTFÜ ŞAFAK YILMAZ
  3. Danışmanlar: PROF. ALİ RANA ATILGAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: İnşaat Mühendisliği, Civil Engineering
  6. Anahtar Kelimeler: Akıllı binalar, Kararlılık, Katlanmış proteinler, Intelligent buildings, Stability, Folded proteins
  7. Yıl: 2000
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

FOLDED PROTEINS ARE ADAPTIVE STRUCTURES OZET Akıllı mühendislik yapıları üzerine geliştirilmiş bulunan kuram katlanmış proteinlere uyarlanmıştır. Lokal sıkışma geometrisine dayalı düşük uzaylı bir yapısal kontrol modeli, işlev-kararlılık ilişkisini kurmak üzere kullanılmıştır. Yoğun şekilde sıkışmış bölgelerin esnek kısımların denetiminde aldığı rolün anlaşılması için, yöntem iki boyutlu kafes çalışmaları ile test edilmiş ve daha sonra protein yapılarına uygulanmıştır. En kararlı bölgelerce desteklenen üçüncül bağlarda birlik halde devreye sokulan hareketlenmelerin, biyolojik aktiviteden sorumlu bölgelerin hareketlerini denetlediği görülmüştür. Bovine pancreatic trypsin inhibitörünün aktif ilmek bölgesinin, kısmen, yüksek yoğunlukta sıkışmış ve düşük sıcaklık dalgalanması ortalaması gösteren kısımlarca denetlendiği belirlenmiştir. Barnase'in mutasyona duyarlı aktif konumları, birleşik bir kontrol mekanizması ile, iki büyük çekirdek bölgesiyle ve kararlılığa katkıda bulunan rezidülerle ilişkilendirilmiştir. Cytochrome c proteinine bağlı demir grubunun hareketlerinin, akıllı yapılar modeline uygun olarak, katlanmanın değişik basamaklarında rol aldıkları deneysel verilerle belirlenmiş bulunan ve bu familya içerisinde evrim sırasında korunan rezidüler tarafından kontrol edildiği gösterilmiştir. tC YÜKSEKÖĞRETİM KUROUl DOKÜMANTASYON MERKEZİ

Özet (Çeviri)

IV FOLDED PROTEINS ARE ADAPTIVE STRUCTURES ABSTRACT The theory of adaptive engineering structures is adapted to native proteins. An integrated low-resolution structural control model based on local packing geometry is utilized to establish function-stability relationships. The method is tested with two-dimensional parametric studies for understanding the role of densely-packed regions in the control of flexible parts and then applied to three protein structures. Cooperative insertion of fluctuations at tertiary contacts that are sustained by the most stable regions of the native structure moderates the motion of groups that are responsible for biological activity. The active loop of bovine pancreatic trypsin inhibitor is partially controlled by a network of residues with high packing density and low mean thermal fluctuations. Mutation sensitive binding positions in barnase are related to the two major cores and stabilizing residues with a united control mechanism. The motion of the heme iron of cytochrome c is shown to be controlled by adaptively located residues that are observed in experiments to play an essential role at different stages of folding, and are conserved within the family of sequences.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    737961

    Expression, purification, and characterization of soluble recombinant TNFR1

    Çözünür rekombinant TNFR1'in üretimi, saflaştırılması ve karakterizasyonu

    DERYA HATİPOĞLU

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Biyoteknolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY

  2. Tez No

    995033

    Effect of extreme conditions on enzyme profiles:cytochrome P450 systems as a case study

    Ekstrem koşulların enzim profilleri üzerindekietkisi: sitokrom P450 sistemleri

    HANDE MUMCU

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2026

    Biyokimyaİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER

  3. Tez No

    76454

    Equilibrum dynamics of folded proteins

    Katlanmış proteinlerin denge dinamikleri

    MELİK CUMHUR DEMİREL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    1998

    İnşaat MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    İnşaat Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ALİ RANA ATILGAN

  4. Tez No

    112163

    Packing regularities in folded proteins

    Katlanmış proteinlerde rezidü yerleşme düzeni

    ELİFE ZERRİN BAĞCI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2001

    Kimya MühendisliğiBoğaziçi Üniversitesi

    DOÇ.DR. TÜRKAN HALİLOĞLU

    PROF.DR. İVET BAHAR

  5. Tez No

    689420

    Development of a hybrid methodology for investigation and manipulation of functional mechanisms of biological macromolecules with a focus on non-globular proteins

    Globüler olmayan proteinler kapsamında biyolojik makromoleküllerin işlevsel mekanizmalarının incelenmesi ve manipülasyonu için hibrid bir yöntemin geliştirilmesi

    BURÇİN ACAR

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2021

    BiyomühendislikBoğaziçi Üniversitesi

    PROF. DR. AHMET ADEMOĞLU

    PROF. DR. TÜRKAN HALİLOĞLU

Geri Dön