Yoğun bakım ünitesinde COVİD-19 tanısı ile yatan hastalardan gerçek zamanlı olarak toplanmış serum ve idrar numunelerinde 1H-NMR (hidrojen - nükleer manyetik rezonans) metodu ile metabolomik profilleme çalışması ve prognostik analitlerin incelenmesi
Metabolomic profiling and analysis of prognostic markers in real-time collected serum and urine samples from COVID-19 patients in the intensive care unit using 1H-NMR (hydrogen-nuclear magnetic resonance) method
- Tez No: 954924
- Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA SERTESER
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Biyokimya, Moleküler Tıp, Biochemistry, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Acıbadem Mehmet Ali Aydınlar Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Biyokimya Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: 95
Özet
Giriş: COVİD-19'a neden olan SARS-CoV-2 virüsünün küresel etkisi, özellikle varyantların ortaya çıkışıyla artarak devam etmektedir. Virüsün belirgin metabolik etkilerini belirlemeyi hedefleyen kapsamlı metabolomik çalışmalar, yoğun bakım ünitesinde (YBÜ) kritik COVİD-19 hastaları için prognoza dayalı izlem yapılmasının, tedavi sonuçlarını optimize etmede hayati önem taşıdığını göstermektedir. Yöntem: Bu çalışmada, Nisan 2020'de YBÜ'de tedavi gören kritik COVİD-19 hastalarından toplanan ve üç prognostik gruba ayrılan (sağlıklı taburcu (ST), polinöropatik sendrom (PS) ve Vefat) hastaların metabolomik profillerindeki zamansal değişiklikler hem serum hem de idrar örnek analizleriyle eş zamanlı olarak incelenmiştir. Toplamda, her hastadan düzenli aralıklarla toplanan dört serum ve dört idrar örneklerinden oluşan 32 serum ve 32 idrar örneği, −80°C'de saklanmış ve proton nükleer manyetik rezonans (1H-NMR) spektroskopisi kullanılarak analiz edilmiştir. Bulgular: İki yönlü varyans analizi (ANOVA) ve ANOVA-eşzamanlı bileşen analizi (ASCA) ile serum analizlerinde, kreatin ve tirozin; idrar analizlerinde ise taurin, 3-hidroksivalerik asit ve formik asit seviyeleri arasında prognostik gruplar arasında anlamlı (p < 0.05) farklılıklar tespit edilmiştir. Ayrıca, denetimli rastgele orman (random forest) analizlerinde, prognoza dayalı gruplandırmada serum karşılaştırmaları için %21.9'luk ve idrar için %40.6'lık hata oranıyla başarılı tahminler sağlamıştır. Özellikle, serumda PS grubunda kreatin, Vefat grubunda tirozin; idrarda ise PS grubunda taurin, 3-hidroksivalerik asit ve formik asit seviyeleri en yüksek bulunmuştur. Bununla birlikte, hem idrar hem de serum analizlerinde zamansal olarak hiçbir metabolitin anlamlı bir değişim göstermediği izlenmiştir. Kyoto Gen ve Genom Ansiklopedisi (KEGG) veritabanı kullanılarak yapılan metabolik yol analizlerinde, farklı prognostik gruplar arasında en çok etkilenen yolakların (p < 0.05) serum için“fenilalanin, tirozin ve triptofan biyosentezi”, idrar için 'taurin ve hipotaurin metabolizması' olduğu görülmüştür. Sonuç: Güncel çalışma, aşısız ve farklı prognostik gruplardan hastaların zamansal metabolomik analizlerine duyulan ihtiyacı vurgulamakta ve kritik COVİD-19'un metabolik etkilerine ilişkin değerli bilgiler sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Background: The global impact of SARS-CoV-2 which causes COVID-19, remains significant, being intensified by the emergence of variants. Comprehensive metabolomic studies aimed to elucidate the distinctive metabolic footprint of the virus. For critically ill patients with COVID-19 in the intensive care unit (ICU), longitudinal monitoring based on their prognosis is crucial to optimize treatment outcomes. Methods: This study examined the temporal changes in the metabolomic profiles of critically ill COVID-19 patients treated in the ICU in April 2020, categorized into three prognostic groups: healthy discharged (HD), polyneuropathic syndrome (PS), and Exitus. A total of 32 serum and 32 urine samples, collected at regular intervals (four serum and four urine samples per patient) and stored at −80°C, were analyzed using proton nuclear magnetic resonance (1H-NMR) spectroscopy. Results: Two-way analysis of variance (ANOVA) and ANOVA-simultaneous component analysis (ASCA) revealed significant (p < 0.05) prognostic differences in serum levels of creatine and tyrosine, as well as urine levels of taurine, 3-hydroxyvaleric acid, and formic acid. Additionally, supervised random forest analyses demonstrated accurate prognosis-based classification, with an out-of-bag error rate of 21.9% for serum samples and 40.6% for urine samples. Specifically, creatine levels were highest in the PS group, while tyrosine levels were highest in the Exitus group for serum. Similarly, taurine, 3-hydroxyvaleric acid and formic acid levels were highest in the PS group for urine. However, no significant temporal changes were observed for any metabolite in either serum or urine analyses. Additionally, metabolic pathway analysis using the Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes (KEGG) database indicated that the most significantly impacted pathways (p < 0.05) were“phenylalanine, tyrosine, and tryptophan biosynthesis”for serum and“taurine and hypotaurine metabolism”for urine analyses. Conclusion: This study underscores the need for time-series metabolomic analyses in unvaccinated patients with different prognostic outcomes and provides valuable insights into the metabolic impacts of critical COVID-19.
Benzer Tezler
- Yoğun bakım ünitesinde COVİD-19 tanısı ile takip edilen hastalarda gelişen ventilatör ilişkili pnömoni için risk faktörleri, mikrobiyolojik etkenler ve prognozun değerlendirilmesi
Risk factors, microbiological agents, and prognosis assessment for ventilator-associated pneumonia in patients monitored with COVİD-19 diagnosis in the intensive care unit
HİLAL IRCI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İLHAMİ ÇELİK
- COVİD-19 tanısı ile yoğun bakım ünitesine yatırılan hastalardaki akut faz reaktanlarının mortalite ve prognoz üzerine etkisi
The effect of acute phase reactants on mortality and prognosis in patients hospitalised in the intensive care unit with COVİD-19 diagnosis
ENES ÇETİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
Anestezi ve ReanimasyonGaziantep ÜniversitesiAnesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SÜLEYMAN GANİDAĞLI
DOÇ. DR. BERNA KAYA UĞUR
- Yoğun bakım ünitesinde yatan hastalardagelişen antibiyotik dirençli enterobacteraleskan dolaşımı enfeksiyonları ve risk faktörleri
In patients hospitalized in the intensive care unitemerging antibiotic resistant enterobacteralesbloodstream infections and risk factors
FAHRİYE MELİS GÜRSOY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ESRAGÜL AKINCI
- Yoğun bakım ünitesinde takip edilen COVID-19 hastalarında laktat düzeyinin mortaliteye etkisi
The effect of lactate level on mortality in COVID-19 patients followed in the intensive care unit
EZGİ AYDIN İNAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Anestezi ve ReanimasyonSağlık Bilimleri ÜniversitesiAnesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYÇA SULTAN ŞAHİN
UZMAN EBRU KAYA
- Yoğun bakım ünitesinde COVİD-19 pandemi dönemi ve öncesi birer yıllık süreçlerde sağlık hizmeti ilişkili enfeksiyonların değerlendirilmesi
Evaluation of health care-associated infections in the intensive care unit during the one-year period of the COVİD-19 pandemic and the one-year period before
DUYGU KACAR KARAMAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiAnkara Yıldırım Beyazıt ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HATİCE RAHMET GÜNER