Fındıkta bakteriyel yanıklık etmeni Xanthomonas arboricola pv. corylina'nın bitki dokularından DNA'ya dayalı tespiti
DNA-based detection of the bacterial blight agent in hazelnut, Xanthomonas arboricola pv corylina from plant tissues
- Tez No: 955602
- Danışmanlar: PROF. DR. GÖKSEL ÖZER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Bolu Abant İzzet Baysal Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bitki Koruma Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 119
Özet
Fındık (Corylus avellana L.), önemli ekonomik değere sahip bir ürün olup, Xanthomonas arboricola pv. corylina (Xac) etmeninin neden olduğu bakteriyel yanıklık hastalığı üretimi tehdit etmektedir. Bu hastalık, özellikle genç fidanlıklarda ciddi kayıplara yol açarak fındık tarımının sürdürülebilirliğini olumsuz etkilemektedir. Bu çalışmada, Türkiye fındık alanlarından Xac izolatlarının eldesi, klasik ve moleküler yöntemlerle tanımlanması, genetik ve patojenik özelliklerinin belirlenmesi, hızlı tespiti için güvenilir bir qPCR yöntemi geliştirilmesi ve yaygın fındık çeşitlerinin Xac'a reaksiyonlarının değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Fındık üretim bölgelerinden toplanan örneklerden elde edilen izolatlar, klasik ve moleküler yöntemlerle tanımlanmıştır. İzolatların genetik parmak izleri SCoT analizi ile belirlenmiş, patojenisiteleri hassas fındık çeşidinde doğrulanmıştır. Xac'ın hızlı ve kantitatif tespiti için, gyrB gen bölgesi hedeflenerek özgün primerler tasarlanmış, sentezlenmiş ve SYBR Green I tabanlı bir real-time PCR (qPCR) yöntemi geliştirilerek kapsamlı doğrulaması yapılmıştır. Son olarak, 10 farklı fındık çeşidinin Xac'a karşı reaksiyonları kontrollü koşullarda incelenmiştir. Çalışmalar sonucunda, 28 izolat Xac olarak tanımlanmış ve tamamının fındıkta patojenik olduğu saptanmıştır. SCoT analizi, izolatların gruplandırılmasında faydalı bir araç olarak değerlendirilmiştir. Geliştirilen ve doğrulanması tamamlanan qPCR yönteminin, Xac'ı femtogram düzeyinde özgül ve hassas bir şekilde tespit edebildiği ve kantitatif analizlere olanak tanıdığı kanıtlanmıştır. Fındık çeşit reaksiyonu denemelerinde, test edilen çeşitler arasında Xac'a karşı duyarlılık açısından anlamlı farklılıklar bulunmuş; 'Karafındık' çeşidi daha az hassas bir reaksiyon sergilerken, 'Kalınkara' gibi bazı çeşitlerin hastalık şiddeti yüksek bulunmuştur. Bu çalışma, Türkiye'deki Xac popülasyonlarının anlaşılmasına, hastalığın doğru ve hızlı teşhisine yönelik güvenilir moleküler araçların geliştirilmesine ve fındık bakteriyel yanıklığı ile mücadelede potansiyel tolerant genotiplerin belirlenmesine önemli katkılar sunmaktadır. Elde edilen bulgular ve geliştirilen metodolojiler, entegre hastalık yönetimi stratejilerinin oluşturulması, fındık ıslah programları ve gelecekteki araştırmalar için temel teşkil edecektir.
Özet (Çeviri)
Hazelnut (Corylus avellana L.), a crop of significant economic value, is threatened by bacterial blight disease caused by the pathogen Xanthomonas arboricola pv. corylina (Xac). This disease negatively impacts the sustainability of hazelnut agriculture by causing severe losses, especially in young orchards. This study aimed to isolate Xac from Turkish hazelnut regions, identify them using classical and molecular methods, determine their genetic and pathogenic characteristics, develop a reliable qPCR method for rapid detection, and evaluate the reactions of common hazelnut varieties to Xac. Isolates obtained from samples collected in hazelnut production areas were identified using classical and molecular methods. The genetic fingerprints of the isolates were determined by SCoT analysis, and their pathogenicity was confirmed on a susceptible hazelnut variety. For the rapid and quantitative detection of Xac, novel primers targeting the gyrB gene region were designed and synthesized, and a SYBR Green I-based real-time PCR (qPCR) method was developed and comprehensively validated. Finally, the reactions of 10 different hazelnut varieties to Xac were examined under controlled conditions. As a result of the studies, 28 isolates were identified as Xac, and all were found to be pathogenic on hazelnut. SCoT analysis was evaluated as a useful tool for grouping the isolates. The developed and validated qPCR method was proven to be capable of specifically and sensitively detecting Xac at the femtogram level, enabling quantitative analysis. In the hazelnut variety reaction trials, significant differences in susceptibility to Xac were found among the tested varieties; the 'Karafındık' variety exhibited a less susceptible reaction, whereas some varieties like 'Kalınkara' showed high disease severity. This study provides significant contributions to understanding the Xac populations in Turkey, developing reliable molecular tools for the accurate and rapid diagnosis of the disease, and identifying potentially tolerant genotypes in the fight against hazelnut bacterial blight. The findings and developed methodologies will constitute a foundation for creating integrated disease management strategies, hazelnut breeding programs, and future research.
Benzer Tezler
- Türk fındık çeşitlerinin (Corylus avellana L.) bakteriyel yanıklık hastalığına (Xanthomonas arboricola pv. corylina) karşı toleranslarının belirlenmesi
Tolerance identification of Turkish hazelnut varieties (Coryllus avellana) against bacterial blight (Xanthomonas arboricola pv. corylina) disease
MELEKŞEN AKIN
Yüksek Lisans
Türkçe
2012
ZiraatOrdu ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. AHMET AYGÜN
- Fındıkta külleme hastalığı ve Bacillus subtilis izolatları kullanılarak mücadele olanaklarının araştırılması
Investigation of powdery mildew disease in hazelnut and control opportunities using Bacillus subtilis isolates
GÜLSEVİM ÇİLİNGİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
BiyolojiKaradeniz Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAZIM SEZEN
- Fındıktan izole edilen Bacillus sp. suşlarında enzim üretme yeteneklerinin araştırılması ve tanımlanması
Identification and invesitigation of enzyme production capabilities in Bacillus sp. strains isolated from hazelnut
BURAK AKAYDİN
- Kavrulmuş iç fındık. Fındık ezmesi ve fındık ezmesi ve fındık krokanının mikrobiyolojik kalitesinin belirlenmesi üzerine bir araştırma
An Investigation on microbiological quality of roasted hazelnut, hazelnut crocan
MEHMET ALUÇ
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Gıda MühendisliğiTrakya ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET DEMİRCİ
- Fındıkta uygulanan ultrases ön işleminin fındık yağı verimine ve kalitesine etkisi
The effects of ultrasound pretreatments on hazelnut oil yield and quality
ESRA BAŞARAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NEŞE ŞAHİN YEŞİLÇUBUK