Yeni nesil dizilemenin herediter renal tübüler hastalıkların tanısındaki yeri
The role of next-generation sequencing in the diagnosis of hereditary renal tubular disorders
- Tez No: 958394
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ EMİNE GÖKTAŞ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Kalıtsal Tübüler Hastalıklar, Yeni Nesil Dizileme, Varyant, Genotip-Fenotip Korelasyonu, Inherited Tubular Disorders, Next-Generation Sequencing, Variant, Genotype-Phenotype Correlation
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Necmettin Erbakan Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 149
Özet
Amaç: Kalıtsal renal tübüler hastalıklar, sıvı, elektrolit ve asit-baz dengesi bozuklukları ile seyreden, genetik ve fenotipik olarak heterojenite gösteren nadir bir hastalık grubunu oluşturur. Yeni Nesil Dizileme (NGS) teknolojileri, bu heterojen yapıyı anlamada ve birden fazla genin eşzamanlı analizini mümkün kılarak tanısal doğruluğu artırmada önemli bir araçtır. Bu çalışmada, merkezimizde değerlendirilen hastaların fenotipik özellikleri ile NGS verileri birlikte ele alınarak, Türk toplumunda gözlenen genetik varyasyonlar hakkında bilgi edinmek, genotip-fenotip ilişkisini daha iyi anlamak ve daha önce tanımlanmamış varyantları inceleyerek klinik veri ile korelasyonlarını değerlendirmek amaçlanmıştır. Yöntem: 2019–2023 yılları arasında Necmettin Erbakan Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Tıbbi Genetik Anabilim Dalı'na kalıtsal tübüler hastalık ön tanısı veya ilişkili klinik bulgular ile başvuran toplam 56 hastanın genetik analiz verileri retrospektif olarak incelenmiştir. Tüm hastalardan elde edilen DNA örnekleri, kalıtsal tübülopatilerle ilişkili genleri içeren hedefe yönelik NGS paneli ile analiz edilmiştir. Belirlenen dahil etme kriterlerini karşılayan 26 hastanın fenotipik ve genotipik verileri detaylı olarak değerlendirilmiş ve bu hastalar çalışma grubunu oluşturmuştur. Ayrıca, saptanan genetik varyantların aile içi segregasyonunu incelemek amacıyla Sanger dizileme veya hedefe yönelik NGS yöntemleri ile elde edilmiş veriler retrospektif olarak taranmıştır. Bulgular: Çalışma grubundaki 26 hastada, 12 farklı gende patojenik, olası patojenik ve önemi bilinmeyen varyant sınıflarına dahil olan toplamda 30 varyant tespit edilmiştir. Genetik tanı oranı ise %46,4 olarak belirlenmiştir. En sık saptanan kalıtsal tübülopati Gitelman sendromu olup, 10 hastada (%38,5) saptanmıştır. Bunu sırasıyla Bartter sendromu (4 hasta, %15,4), distal renal tübüler asidoz (3 hasta, %11,5), ailesel hipokalsiürik hiperkalsemi (2 hasta, %7,7) ve hipokalsemi (2 hasta, %7,7) izlemiştir. Ayrıca, beş olguda literatürde daha önce bildirilmemiş,“novel”varyantlara rastlanmıştır. Sonuç: Bu çalışmada, kalıtsal tübüler hastalıklarla ilişkili genlerde saptanan genetik varyantlar kapsamlı biçimde değerlendirilmiş; klinik önemi bilinmeyen ve literatürde daha önce bildirilmemiş varyantlar tartışılarak olası yeni genotip-fenotip korelasyonları ortaya konulmuştur. Elde edilen bulgular, mevcut literatüre katkı sağlamanın yanı sıra, kalıtsal tübülopatilerle ilgili gelecekte planlanacak araştırmalara, hastaların klinik yönetiminde ve tedavi stratejilerinin geliştirilmesinde yol gösterici olabilir.
Özet (Çeviri)
Aim: Inherited renal tubular disorders represent a rare group of diseases characterized by disturbances in fluid, electrolyte, and acid-base balance, exhibiting both genetic and phenotypic heterogeneity. Next-Generation Sequencing (NGS) technologies are valuable tools for understanding this heterogeneity and enhancing diagnostic accuracy by enabling the simultaneous analysis of multiple genes. This study aims to analyze the phenotypic features of patients evaluated at our center in conjunction with NGS data to gain insights into the genetic variations observed in the Turkish population, to understand genotype phenotype correlations better, and to examine previously unreported variants in relation to clinical findings. Methods: The genetic analysis data of 56 patients referred to the Department of Medical Genetics at Necmettin Erbakan University, Faculty of Medicine, between 2019 and 2023 with a preliminary diagnosis of inherited tubular disorder or related clinical findings were retrospectively reviewed. DNA samples from all patients were analyzed using a targeted NGS panel covering genes associated with inherited tubulopathies. A total of 26 patients who met the inclusion criteria were evaluated in detail regarding their phenotypic and genotypic characteristics and constituted the study group. Additionally, data obtained through Sanger sequencing or targeted NGS were retrospectively examined to assess familial segregation of the identified genetic variants. Results: Among the 26 patients in the study group, a total of 30 variants classified as pathogenic, likely pathogenic, or of uncertain significance were detected across 12 different genes. The genetic diagnostic yield was determined to be 46.4%. The most frequently observed inherited tubulopathy was Gitelman syndrome, identified in 10 patients (38.5%), followed by Bartter syndrome (4 patients, 15.4%), distal renal tubular acidosis (3 patients, 11.5%), familial hypocalciuric hypercalcemia (2 patients, 7.7%), and hypocalcemia (2 patients, 7.7%). Additionally, five novel variants not previously reported in the literature were identified. Conclusion: This study presents a comprehensive evaluation of genetic variants identified in genes associated with inherited tubular disorders. It discusses both variants of uncertain clinical significance and previously unreported variants, thereby proposing potential new genotype-phenotype correlations. The findings not only contribute to the existing literature but may also inform future research and guide clinical management and the development of treatment strategies for inherited tubulopathies.
Benzer Tezler
- Ailesel meme kanseri hastalarında kalıtsal genlerin yeni nesil dizileme yöntemi ile dizilenmesi ve telomer uzunluğuyla ilişkisi
Sequencing hereditary genes with next generation sequencing method in familial breast cancer patients and their relation with telomere length
İREM PEKER EYÜBOĞLU
Doktora
Türkçe
2018
Tıbbi BiyolojiMarmara ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA AKKİPRİK
- Herediter meme kanseri olgularında hücre sinyal iletiminde görev alan genlerdeki varyasyon sıklıklarının belirlenmesi ve tümör gelişimine etkisinin araştırılması
Determination of variation frequencies of genes involved in cell signal transduction and investigation of its effect on tumor development in hereditary breast cancer cases
CANSU UĞURTAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
GenetikKocaeli ÜniversitesiTıbbi Genetik ve Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. NACİ ÇİNE
- Complex genetics and disease mechanisms in a Turkish ataxia cohort
Türk ataksi kohortunda komplex genetik ve hastalık mekanizmaları
GÜLŞAH ŞİMŞİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
GenetikKoç ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AYŞE NAZLI BAŞAK
- Computational approaches for improving analysis of diagnostic next-generation sequencing
Tanısal yeni nesil dizilemenin analizini iyileştirmeye yönelik hesaplamalı yaklaşımlar
ERDEM TÜRK
Doktora
İngilizce
2024
Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve KontrolMuğla Sıtkı Koçman ÜniversitesiBiyoinformatik Ana Bilim Dalı (Disiplinlerarası)
DOÇ. DR. BARIŞ ETHEM SÜZEK
- Investigation of genetic predisposition in childhood tumors by next-generation sequencing-based technologies
Çocukluk çağı tümörlerinde genetik yatkınlığın yeni nesil dizilemeye dayalı teknolojilerle araştırılması
UFUK AMANVERMEZ
Yüksek Lisans
İngilizce
2024
GenetikAcıbadem Mehmet Ali Aydınlar ÜniversitesiGenom Çalışmaları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZDEN HATIRNAZ NG
DOÇ. DR. NİHAT BUĞRA AĞAOĞLU