Complex genetics and disease mechanisms in a Turkish ataxia cohort
Türk ataksi kohortunda komplex genetik ve hastalık mekanizmaları
- Tez No: 703441
- Danışmanlar: PROF. DR. AYŞE NAZLI BAŞAK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Nöroloji, Genetik, Neurology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2021
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Koç Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Beyincikte dejenerasyon ile karakterize olan ataksiler, klinik, genetik ve mekanistik açıdan heterojen bir hastalık grubudur. Ataksi alt-türlerinin çok farklı olmasının yanında, ataksilerin diğer nörodejeneratif hastalıklarla da örtüşmesi ayırıcı tanıyı zorlaştırmaktadır. Yeni nesil dizileme tekniklerinde son yıllarda olan gelişmeler ataksilerin moleküler tanısına büyük katkıda bulunmuştur. Tüm ekzom dizileme ile genomun kodlayıcı bölgelerini düşük maliyetle ve kısa sürede analiz etmek mümkün hale gelmiştir. Bu tez çerçevesinde, kompleks ataksi fenotipi olan 83 indeks hasta tüm ekzom dizileme ile incelendi. Onsekiz farklı gende bulunan mutasyonlar, 26 ailenin hastalık nedeni olarak tanımlandı. Tez çerçevesinde tüm ekzom dizilemeden %31 oranında verim elde edildi. Literatüre uygun olan bu sonuç, tüm ekzom dizilemenin ayırıcı tanıda ne kadar kullanışlı bir araç olduğunu göstermektedir. Herediter spastik parapareziye ve diğer nörodejeneratif hastalıklara neden olan genlerde bulunan mutasyonlar, farklı nörodejeneratif hastalıklar arasındaki örtüşmeye işaret etti. Hızla gelişen dizileme tekniklerini benimsemek ve geri kalan hastaların daha detaylı klinik bilgilerine ulaşmak, çözülemeyen ailelerde hastalık genlerinin tanımlanmasına yardımcı olacaktır. Bu tezin sonuçlarının Türkiye'de ataksilerin moleküler temeline ışık tutmasının yanında, ayırıcı tanyı kolaylaştırması ve gelecekte ataksilerde tedavi yöntemlerinin geliştirilmesine katkıda bulunması umulmaktadır.
Özet (Çeviri)
Ataxias are a clinically, genetically, and mechanistically heterogeneous group of disorders, characterized by degeneration of the cerebellum. There are significant subtypes of ataxias which also overlap with other neurological disorders, making the precise diagnosis challenging. The developments in next generation sequencing in recent years contributed to the molecular diagnosis of ataxias. It became possible to sequence the coding regions of the genome in a time-saving and cost-effective manner by whole exome sequencing (WES). WES evolved to a powerful tool to identify genetic causes of complex ataxias. In the framework of this thesis, 83 index patients with complex ataxia phenotypes were investigated by WES. Mutations in 18 different genes were identified as the genetic cause in 26 families, which corresponds to a diagnostic yield of 31%. Identification of mutations in hereditary spastic paraplegias and other neurodegenerative disease genes showed that there is a significant overlap among different neurodegenerative disorders. The adaptation of rapidly improving sequencing approaches and detailed clinical information of the remaining patients will help to identify the disease genes in unsolved families. The results presented here complement the picture of the molecular basis of ataxias in Turkey. This will hopefully pave the ways for more precise diagnosis in future and will also contribute to the development of therapeutic approaches in ataxias.
Benzer Tezler
- Molecular and functional investigation of disease-associated cytoskeletal proteins protrudin and MYO1H
Hastalık ilişkili sitoskeletal proteinler protrudin ve MYO1H'nin moleküler ve fonksiyonel araştırılması
ECE SELÇUK ŞAHİN
Doktora
İngilizce
2024
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Investigation of the effect of ATP13A2 (PARK9) frameshift mutation on the protein function
ATP13A2 (PARK9) çerçeve kayması mutasyonunun protein fonksiyonuna etkisinin incelenmesi
KORAY KIRIMTAY
Doktora
İngilizce
2021
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. ARZU KARABAY KORKMAZ
- Amyotrophic lateral sclerosis in Turkey: Studies on familial and Sporadic ALS using high-throughput genomic technologies
Türkiye?de amiyotrofik lateral skleroz: Ailesel ve Sporadik ALS?de yüksek-ölçekli genomik yöntemlerin uygulanması
ASLIHAN ÖZOĞUZ
Doktora
İngilizce
2010
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. NAZLI BAŞAK
- Çocukluk çağı astım etiyolojisi ile ilişkili genetik özelliklerin hastalık fenotipine etkisinin araştırılması
Investigation of the effect of childhood asthma related genetic traits on disease phenotype
NAZENTE ATÇEKEN
- The genetic landscape of ALS/MND in Turkey and alsin protein-related motor neuron pathology in ipsc-derived cortical neurons
Türkiye'de ALS/MNH'nin genetik yapısı ve alsin proteini-ilişkili motor nöron patolojisinin ipkh-kaynaklı kortikal nöronlarda araştırılması
ELİF BAYRAKTAR
