Mikrodizin analizi çalışılan olgularda raporlanan kopya sayısı değişimlerinin güncel literatür verileri ve klinik korelasyonlarıyla reanalizi
Reanalysis of reported copy number variants with current literature data and clinical correlations in microarray-analyzed
- Tez No: 961133
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SİNEM KOCAGİL
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Mikrodizin, Microarray
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Eskişehir Osmangazi Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Genom boyunca gözlenen kopya sayısı değişimleri (CNV), bireyler arası fenotipik farklılıklara katkı sağlamaktadır. Ancak bu değişimlerin klinik etkisi her zaman kesin verilerle ortaya konulamamaktadır. İnsan genomunun çoklu parametrelerle değerlendirilmesini sağlayan yeni teknolojiler ve mevcut verilerin yeniden analizi tanısal süreçteki belirsizlikleri azaltarak tanı başarısını artırmaktadır. Bu çalışmada, olası patojenik, patojenik ve klinik önemi bilinmeyen (VUS) CNV'lerin, olguların klinikleri ve güncel literatür ışığında yeniden değerlendirilmesinin tanısal verimliliğe katkısı araştırıldı. Çalışmaya, 2017-2023 yılları arasında mikrodizin analizi çalışılmış 272 olguya ait 310 CNV dahil edildi. Reanaliz sonucunda başlangıçta VUS olarak sınıflandırılan 174 varyantın %6'sı (11/174) benign, %1'i (1/174) olası patojenik ve %1'i (2/174) patojenik olarak yeniden sınıflandırıldı. Varyant bazında yeniden sınıflandırma oranı %4,5, olgu bazında ise %5,1 olarak saptandı. En fazla değişim 2018 yılına ait ilk değerlendirmelerde gözlendi. Sınıflandırması değişen varyantların büyük çoğunluğunun >400 kb büyüklüğünde olduğu belirlendi. Benign reklasifikasyonların çoğu sağlıklı ebeveynden kalıtılmış duplikasyonlardan oluştu (8/11). Yeniden sınıflandırılan olgularda tamamlayıcı moleküler testlerin tanısal katkısı dikkat çekti, özellikle kliniği açıklamayan VUS varyantlarda ileri analizlerin yapılması önerildi. En sık reklasifiye edilen değişim, prenatal ve postnatal grupta ortak olarak saptanan Xp22.31 duplikasyonu oldu. Sınıflandırma değişiklikleri, özellikle prenatal grupta anormal USG bulgusu olan olgularda ve postnatal grupta entelektüel yetersizlik tanısı olanlarda gözlendi. Sınıflandırması değişmemiş olsa da üç olguda güncel klinik ve/veya literatür verisinin tanısal incelemede katkısı oldu. Çalışmamız, CNV'lerin klinik korelasyon ve literatür desteğiyle yeniden değerlendirilmesinin, tanısal sürece anlamlı katkı sağladığını ve VUS varyantların yönetiminde yol gösterici olduğunu göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Copy number variations (CNVs) observed throughout the genome contribute to phenotypic differences among individuals. However, the clinical impact of these variations cannot always be demonstrated with definitive evidence. Novel technologies enabling comprehensive evaluation of the human genome through multiple parameters and reanalysis of existing data reduce diagnostic uncertainty, enhancing diagnostic success. This study aimed to investigate the contribution of re-evaluating CNVs classified as likely pathogenic, pathogenic, or variant of uncertain significance (VUS), in light of patients' clinical features and current literature data to diagnostic yield. The study included 310 CNVs reported in 272 cases subjected to microarray analysis between 2017 and 2023. Upon reanalysis, among the 174 variants initially classified as VUS, 6% (11/174) were reclassified as benign, 1% (1/174) as likely pathogenic, and 1% (2/174) as pathogenic. The reclassification rate was 4.5% for the variants and 5.1% for the cases. The highest number of reclassifications was observed during initial evaluations at year 2018. Most reclassified variants were >400 kb, with the majority of benign reclassifications being inherited duplications from healthy parents (8/11). In reclassified cases, the contribution of additional molecular tests was significant, particularly recommending further analysis for VUS variants that did not correlate with clinical findings. The most frequently reclassified variant was the Xp22.31 duplication, observed in both prenatal and postnatal groups. Reclassification was most common in prenatal cases with abnormal ultrasound findings and postnatal cases with intellectual disability. In three cases, despite no change in classification, updated clinical and/or literature data provided additional support in diagnostic evaluation. Our findings demonstrate that re-evaluating CNVs based on clinical correlation and updated literature significantly enhances the diagnostic process and guides management of VUS variants.
Benzer Tezler
- Termaller ve cumuluslerde meteorolojik parametrelerin ölçülmesi, analizi ve konvektif yapının modellenmesi
Measurements and analysis of the meteorological parameters in thermals and cumulus clouds and modelling of the conventive structure
ZAFER ASLAN
- Üçüncü nesil adhesiv dentin bonding sistemlerin kaydırma kuvvetlerine karşı olan dirençlerinin ve kavite duvar uyumlarının karşılaştırmalı olarak incelenmesi
Başlık çevirisi yok
N. BALİNÇ BULUCU (AKTAN)
Doktora
Türkçe
1993
Diş HekimliğiSelçuk ÜniversitesiDiş Hastalıkları ve Tedavisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İ. TİMUR ESENER
- Kron-köprü protezlerinde kullanılan akrilik ve kompozit resinlerle soy olmayan metal altyapı arasında oluşan mikrosızıntının değerlendirilmesi
Başlık çevirisi yok
ENGİN KOCABALKAN
Doktora
Türkçe
1993
Diş HekimliğiGazi ÜniversitesiProtetik Diş Tedavisi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YAVUZ BURGAZ
- Ultrasonik enerji kullanılarak mikroelyafın boyanması
Başlık çevirisi yok
NİGAR BAYDUZ
Doktora
Türkçe
1994
Tekstil ve Tekstil MühendisliğiMarmara ÜniversitesiTekstil Eğitimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. YUSUF İNANICI
- Mikroliflerin boyanması
Dyeing of the microfibre
GAMZE BOZCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
1999
Eğitim ve ÖğretimMarmara ÜniversitesiTekstil Eğitimi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. NİGAR BAYDUZ