Geri Dön

Mikrodizin analizi çalışılan olgularda raporlanan kopya sayısı değişimlerinin güncel literatür verileri ve klinik korelasyonlarıyla reanalizi

Reanalysis of reported copy number variants with current literature data and clinical correlations in microarray-analyzed

PDF İndir

  1. Tez No: 961133
  2. Yazar: DERYA HAZAL ÖZBAKIR
  3. Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ SİNEM KOCAGİL
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Genetik, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Eskişehir Osmangazi Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: 154

Özet

Genom boyunca gözlenen kopya sayısı değişimleri (CNV), bireyler arası fenotipik farklılıklara katkı sağlamaktadır. Ancak bu değişimlerin klinik etkisi her zaman kesin verilerle ortaya konulamamaktadır. İnsan genomunun çoklu parametrelerle değerlendirilmesini sağlayan yeni teknolojiler ve mevcut verilerin yeniden analizi tanısal süreçteki belirsizlikleri azaltarak tanı başarısını artırmaktadır. Bu çalışmada, olası patojenik, patojenik ve klinik önemi bilinmeyen (VUS) CNV'lerin, olguların klinikleri ve güncel literatür ışığında yeniden değerlendirilmesinin tanısal verimliliğe katkısı araştırıldı. Çalışmaya, 2017-2023 yılları arasında mikrodizin analizi çalışılmış 272 olguya ait 310 CNV dahil edildi. Reanaliz sonucunda başlangıçta VUS olarak sınıflandırılan 174 varyantın %6'sı (11/174) benign, %1'i (1/174) olası patojenik ve %1'i (2/174) patojenik olarak yeniden sınıflandırıldı. Varyant bazında yeniden sınıflandırma oranı %4,5, olgu bazında ise %5,1 olarak saptandı. En fazla değişim 2018 yılına ait ilk değerlendirmelerde gözlendi. Sınıflandırması değişen varyantların büyük çoğunluğunun >400 kb büyüklüğünde olduğu belirlendi. Benign reklasifikasyonların çoğu sağlıklı ebeveynden kalıtılmış duplikasyonlardan oluştu (8/11). Yeniden sınıflandırılan olgularda tamamlayıcı moleküler testlerin tanısal katkısı dikkat çekti, özellikle kliniği açıklamayan VUS varyantlarda ileri analizlerin yapılması önerildi. En sık reklasifiye edilen değişim, prenatal ve postnatal grupta ortak olarak saptanan Xp22.31 duplikasyonu oldu. Sınıflandırma değişiklikleri, özellikle prenatal grupta anormal USG bulgusu olan olgularda ve postnatal grupta entelektüel yetersizlik tanısı olanlarda gözlendi. Sınıflandırması değişmemiş olsa da üç olguda güncel klinik ve/veya literatür verisinin tanısal incelemede katkısı oldu. Çalışmamız, CNV'lerin klinik korelasyon ve literatür desteğiyle yeniden değerlendirilmesinin, tanısal sürece anlamlı katkı sağladığını ve VUS varyantların yönetiminde yol gösterici olduğunu göstermiştir.

Özet (Çeviri)

Copy number variations (CNVs) observed throughout the genome contribute to phenotypic differences among individuals. However, the clinical impact of these variations cannot always be demonstrated with definitive evidence. Novel technologies enabling comprehensive evaluation of the human genome through multiple parameters and reanalysis of existing data reduce diagnostic uncertainty, enhancing diagnostic success. This study aimed to investigate the contribution of re-evaluating CNVs classified as likely pathogenic, pathogenic, or variant of uncertain significance (VUS), in light of patients' clinical features and current literature data to diagnostic yield. The study included 310 CNVs reported in 272 cases subjected to microarray analysis between 2017 and 2023. Upon reanalysis, among the 174 variants initially classified as VUS, 6% (11/174) were reclassified as benign, 1% (1/174) as likely pathogenic, and 1% (2/174) as pathogenic. The reclassification rate was 4.5% for the variants and 5.1% for the cases. The highest number of reclassifications was observed during initial evaluations at year 2018. Most reclassified variants were >400 kb, with the majority of benign reclassifications being inherited duplications from healthy parents (8/11). In reclassified cases, the contribution of additional molecular tests was significant, particularly recommending further analysis for VUS variants that did not correlate with clinical findings. The most frequently reclassified variant was the Xp22.31 duplication, observed in both prenatal and postnatal groups. Reclassification was most common in prenatal cases with abnormal ultrasound findings and postnatal cases with intellectual disability. In three cases, despite no change in classification, updated clinical and/or literature data provided additional support in diagnostic evaluation. Our findings demonstrate that re-evaluating CNVs based on clinical correlation and updated literature significantly enhances the diagnostic process and guides management of VUS variants.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    637355

    Disease gene identification using linkage and exome analysis

    Bağlantı ve ekzom analizi kullanarak hastalık geni keşfi

    DERYA YAVUZ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2020

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EDA TAHİR TURANLI

  2. Tez No

    818583

    Development of mirna biomarkers for the differentiation between gingivitis and periodontitis: A pilot study

    Gingivitis ve periodontitis ayrımı için mirna biyobelirteçlerinin geliştirilmesi: Pilot çalışma

    DHAFIR LATIEF FAYADH FAYADH

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyokimyaSüleyman Demirel Üniversitesi

    Kimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSTAFA CALAPOĞLU

  3. Tez No

    285641

    Comparative effects of emodin on biological activities of MCF-7 and MDA-231 cell lines

    Emodinin MCF-7 ve MDA-231 hücre hatlarının biyolojik aktiviteleri üzerindeki karşılaştırmalı etkileri

    ELİF SAKALLI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyokimyaOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MESUDE İŞCAN

  4. Tez No

    442175

    Meta-analysis of gene expression reversals in ageing brain

    Gen anlatım geri dönüşlerinin yaşlanan beyinde meta-analizi

    HANDAN MELİKE DÖNERTAŞ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2016

    BiyolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. MEHMET SOMEL

  5. Tez No

    529682

    Investigating the effect of different feature selection strategies for classification of gene expression signatures of tumor cells

    Tümör hücrelerin gen ifade imzalarinin siniflandirilmasina ilişkin farkli özellik seçim stratejilerinin etkisinin incelenmesi

    ABUBAKHARI SSERWADDA

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2017

    Biyoistatistikİstanbul Teknik Üniversitesi

    Bilgisayar Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. YUSUF YASLAN

Geri Dön