Klinik örneklerden izole edilen karbapeneme dirençli Klebsıella pneumonıae suşlarında yeni antibiyotiklerin in vitro duyarlılıklarının araştırılması
Investigation of in vitro susceptibility of new antibiotics in carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae strains isolated from clinical samples
- Tez No: 963374
- Danışmanlar: PROF. DR. BETİGÜL ÖNGEN
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae, sefiderokol, seftazidim-avibaktam, meropenem-vaborbaktam, imipenem-relebaktam, eravasiklin, Carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae, cefiderocol, ceftazidime–avibactam, meropenem–vaborbactam, imipenem–relebactam, eravacycline
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 109
Özet
Karbapeneme dirençli Klebsiella pneumoniae (KRKP) enfeksiyonları, sınırlı tedavi seçenekleri nedeniyle küresel bir tehdit haline gelmiştir. Çalışmamızda, KRKP suşlarında yeni tedavi seçeneklerinden sefiderokol (FDC), seftazidim-avibaktam (CZA), meropenem-vaborbaktam (M/V), imipenem-relebaktam (I/R) ve eravasiklin (ERV)'in in vitro duyarlılıkları ve ayrıca saptanan direncin karbapenemaz genleriyle ilişkisi araştırılmıştır. Çalışmamıza, 2020-2022 arasında çeşitli klinik örneklerden izole edilen 85 KRKP suşu dahil edilmiştir. Suşların tanımlanması ve rutin antibiyotik duyarlılıkları konvansiyonel yöntemler ve VİTEK-2 sistemiyle gerçekleştirilmiştir. Karbapenemaz direnç genleri (blaKPC, blaNDM, blaIMP, blaVIM ve blaOXA-48), Gene-Xpert sistemi kullanılarak gerçek zamanlı PCR yöntemiyle tespit edilmiştir. FDC duyarlılığı, hem disk difüzyon (DD) hem de referans yöntem olan sıvı mikrodilüsyon (SMD) yöntemiyle araştırılmış ve DD yönteminin referans yönteme göre performansı değerlendirilmiştir. CZA, M/V, I/R ve ERV duyarlılıkları ise DD ve GT yöntemleriyle araştırılmıştır. Duyarlılık sonuçları FDC, CZA, M/V ve I/R için EUCAST, ERV için FDA kriterlerine göre yorumlanmıştır. KRKP suşlarının biri hariç tamamında, araştırılan karbapenemaz direnç genlerinden en az biri tespit edilmiştir. En yaygın saptanan direnç geni, blaOXA-48 [%88,2; (blaOXA-48 %55,3; blaOXA-48+blaNDM %32,9)] olup bunu blaNDM [%37,6; (blaNDM %4,7; blaOXA-48+blaNDM %32,9)] ve blaKPC (%5,9) izlemiştir. Suşların hiçbirinde blaVIM veya blaIMP saptanmamıştır. FDC'ye duyarlılık SMD yöntemiyle %56,5 oranında saptanmış ve MİK50/MİK90 değerleri 2/8 mg/l olarak bulunmuştur. FDC'ye duyarlılığın %43,5 saptandığı DD yönteminin duyarlılığı %100, özgüllüğü %77, pozitif prediktif değeri %77, negatif prediktif değeri %100, kategorik uyumu %87,06, büyük hata oranı %22,9 bulunmuş, çok büyük hataya rastlanmamıştır. CZA'ya duyarlılık oranı DD ve GT yöntemleriyle %63,5 saptanmış, MİK50/MİK90 değerleri 1,5/>256 mg/l bulunmuştur. M/V ve I/R'ye duyarlılık oranı DD yöntemiyle her ikisi için de %7,06 iken GT yöntemiyle sırasıyla %18,8 ve %21,18 saptanmış olup MİK50/MİK90 değerleri sırasıyla 48/>256 mg/l ve 4/>32 mg/l olarak bulunmuştur. Suşların ERV'ye duyarlılığı ise DD yöntemiyle %90,6 bulunmuşken GT yöntemiyle %68,2 saptanmış ve MİK50/90 değerleri 0,38/1 mg/l olarak belirlenmiştir. CZA'nın, tüm KPC ve OXA-48 üreticilerini inhibe ettiği ve bir suş hariç NDM üreticilerinde aktivite göstermediği; M/V ve I/R'nin ise yalnızca KPC üreticilerinde etkili olduğu gözlenmiştir. Sonuç olarak, OXA-48 üreticilerinin yaygın olduğu ülkemizde, sınırlı tedavi seçeneklerinden biri olan CZA'nın metallo-β-laktamaz (MBL) haricindeki karbapenemaz üreticilerine karşı değerli bir seçenek olduğu; FDC ve ERV'nin ise başta MBL olmak üzere karbapenemaz üreten KRKP'lerle mücadelede umut verici olduğu gözlenmiştir. Ayrıca FDC duyarlılığı için DD yönteminin, teknik belirsizlik alanı içinde sonuç veren izolatlarda doğrulanması kaydıyla, rutin kullanım için yoğun emek gerektiren SMD'ye bir alternatif olabileceği görülmüştür. Türkiye'de henüz kullanıma girmemiş olan FDC için saptanan direnç oranı küresel verilere göre beklenenden yüksek bulunmuş olup altta yatan direnç mekanizmalarının araştırılmasının değerli olacağı düşünülmüştür.
Özet (Çeviri)
Carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae (CRKP) infections have become a global threat due to limited treatment options. In our study, in vitro susceptibilities of new treatment options such as cefiderocol (FDC), ceftazidime-avibactam (CZA), meropenem-vaborbactam (M/V), imipenem-relebactam (I/R) and eravacycline (ERV) in CRKP strains and also the relationship between detected resistance and carbapenemase genes, were investigated. A total of 85 CRKP isolates, obtained from various clinical samples between 2020 and 2022, were included in the study. Identification of the isolates and routine antibiotic susceptibilities were performed by conventional methods and VITEK-2 system. Carbapenemase resistance genes (blaKPC, blaNDM, blaIMP, blaVIM, and blaOXA-48) were detected by real-time PCR using Gene-Xpert system. FDC susceptibility was investigated by both disk diffusion (DD) and reference broth microdilution (BMD) methods and the performance of the DD method was evaluated against the reference method. CZA, M/V, I/R and ERV susceptibilities were investigated by DD and GT methods. Susceptibility results were interpreted according to EUCAST criteria for FDC, CZA, M/V, I/R and FDA criteria for ERV. Except for one strain, at least one of the investigated carbapenemase resistance genes was detected in all CRKP isolates. The most commonly identified resistance gene was blaOXA-48 [88.2%; (blaOXA-48 alone: 55.3%; blaOXA-48 + blaNDM: 32.9%)], followed by blaNDM [37.6%; (blaNDM alone: 4.7%; blaOXA-48 + blaNDM: 32.9%)] and blaKPC (5.9%). None of the isolates harbored blaVIM or blaIMP genes.FDC susceptibility was found to be 56.5% by the BMD method, with MIC₅₀/₉₀ values of 2/8 mg/L. In contrast, susceptibility to FDC by the DD method was 43.5%, with a sensitivity of 100%, specificity of 77%, positive predictive value of 77%, negative predictive value of 100%, categorical agreement of 87.06%, and a major error rate of 22.9%, while no very major errors were observed. The susceptibility rate to CZA was 63.5% by both DD and GT methods, with MIC₅₀/₉₀ values of 1.5/>256 mg/L. While the susceptibility rate to M/V and I/R was 7.06% for both the DD method, it was determined as 18.8% and 21.18%, respectively, with the GT method and MIC₅₀/₉₀ values were found as 48/>256 mg/l and 4/>32 mg/l, respectively. The susceptibility of the strains to ERV was found as 90.6% with the DD method, while it was determined as 68.2% with the GT method, and MIC₅₀/₉₀ values were determined as 0.38/1 mg/l. It was observed that CZA inhibited all KPC and OXA-48 producers and showed no activity against NDM producers except for one strain, while M/V and I/R were only effective against KPC producers. In conclusion, in Turkey, where OXA-48-producing isolates are prevalent, CZA appears to be a valuable option for treating carbapenemase-producing CRKP, except for metallo-β-lactamase (MBL) producers. FDC and ERV are promising in the combat carbapenemase-producing CRKP, especially MBL. It was also observed that the DD method for FDC susceptibility could be an alternative for routine use to the labor-intensive SMD, provided that results in the technical uncertainty are confirmed. The resistance rate for FDC, which has not yet been used in Turkey, was found to be higher than expected compared to global data and it was thought that it would be valuable to investigate the underlying resistance mechanisms.
Benzer Tezler
- Farklı klinik numunelerden izole edilen Klebsiella pneumoniae suşlarında karbapenem ve kolistin direncinin üç farklı yöntem ile karşılaştırılması
Comparison of carbapenem and colistin resistance in Klebsiella pneumoniae strains isolated from different clinical specimens by three different methods
ŞULE ÇETİN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Mikrobiyolojiİstanbul Medeniyet ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. TUNCER ÖZEKİNCİ
- Karbapenemaz üreten enterobacterıaceae kökenlerinde çeşitli antibiyotik kombinasyonlarının in vitro etkinliklerinin araştırılması
In vitro evaluation of various antibiotic combinations for carbapenemase-producing enterobacteriaceae
ÜMİT KILIÇ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2018
MikrobiyolojiSakarya ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ALTINDİŞ
- Klebsiella pneumoniae klinik suşlarında betalaktam antibiyotik direnç genlerinin ve quorum sensing arasındaki ilişkinin araştırılması
Investigation of the relationship between betalactam antibiotic resistance genes and quorum sensing in clinical strains of klebsiella pneumoniae
MUHAMMET ŞÜKRÜ AĞRALI
Doktora
Türkçe
2025
MikrobiyolojiNecmettin Erbakan ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. METİN DOĞAN
- Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae ve pseudomanas aeruginosa suşlarında beta-laktamaz aktivitesi ve çeşitli beta-laktam antibiyotiklerin bu suçlara etkisinin araştırılması
Beta-lactamase activity in ekcherichia coli, klebsiella pneumoniae, pseudomanas aeruginosa strains and the effect of various beta-lactam antibiotics on these strains
YILDIZ ERBAŞ (ATAR)
- Genişlemiş spektrumlu beta-laktamaz üreten escherichia coli ve klebsiella SPP. izolatlarının ertapenem, meropenem, imipenem, kolistin, fosfomisin ve temosilin'e fenotipik duyarlılığının belirlenmesi ve direnç genlerinin in house PCR yöntemiyle araştırılması
Determination of phenotypic susceptibility to ertapenem, meropenem, imipenem, colistin, fosfomycin and temocillin in which producing extended spectrum beta-lactamase isolates of eschericha coli and klebsiella spp. and investigation of resistance genes by in house pcr method
ARZU TANRIVERDİ
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
MikrobiyolojiAdıyaman ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. GÜLNUR TARHAN