Üçlü negatif sporadik meme kanserinde eksozomal uzun kodlanmayan rna'ların biyobelirteç olarak araştırılması
Investigation of exosomal long non-coding rnas as biomarkers in triple negative sporadic breast cancer
- Tez No: 963921
- Danışmanlar: PROF. DR. HAKAN GÜRKAN, DOÇ. DR. SİNEM YALÇINTEPE
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Trakya Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Üçlü negatif meme kanseri moleküler olarak oldukça karmaşık bir alt yapıya sahiptir, moleküler bazlı sınıflandırmada ER/PR ve HER2 ekspresyonu yoktur ve invaziv meme kanserlerinin %18-21'sini oluşturur. Eksozomlar, meme kanseri hücreleri dahil tüm hücre tipleri tarafından salınan, hücre dışı veziküllerdir. Lipid kompozisyonları ve taşıdıkları vezikül içeriklerine göre diğer hücre dışı veziküllerden ayrılırlar. Vezikül içerikleri protein, lipid, metabolit, DNA, mRNA, kodlanmayan RNA'lardan oluşur. Eksozomlar, yüzeylerinde veya veziküler uzun kodlanmayan RNA'lar yoluyla tümör progresyonuna ve metastazına olanak sağlamakta ve tümörle ilişkili sinyal moleküllerinin transferine aracılık etmektedirler. Bu nedenle kanser ile ilgili çalışmalarda, tanı ve progresyonda potansiyel biyobelirteçlerdir. Çalışmamız kapsamında HOTAIR, NEAT1, MALAT 1, AFAP1-AS1, ANRIL, HULC uzun kodlanmayan RNA'ların biyobelirteç potansiyelleri araştırıldı. Trakya Üniversitesi, Tıp Fakültesi, Tıbbı Genetik, Genel Cerrahi, , Radyoloji ve Tıbbi Onkoloji Anabilim Dallarına ailesel olmayan üçlü negatif meme kanseri tanısı ile gelen hastalardan tümör dokusu ve periferik kan örneği alındı. Çalışmamızda yer alan 62 adet TNBC tanısı almış hastanın ise sadece 21 (%33,87) sporadiktir. RNA izolasyon aşamalarından sonra uygun yöntemler ile komplementer DNA (cDNA)'ya Polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) ile dönüştürüldü. Real Time PCR ile lncRNA'ların gen ekspresyonları incelendi ve uygun program seçilerek istatistiki analizleri yapıldı. Çalışmadan elde edilen veriler *SPSS 20.0 (lisans:10240642) programında Mann-Whitney U ve Wilcoxon W testleri (Bonferroni düzeltmesi p<0,001) ile değerlendirildi. Hasta ve kontrol grubu arasındaki değerlendirmede HOTAIR, HULC, ANRIL, NEAT1, AFAP1_AS1, MALAT1 uzun kodlanmayan RNA'ların gen ifadesi açısından anlamlı olduğu saptandı. Hasta grubunda yer alan bireylerin doku ve serumdaki HOTAIR, HULC, ANRIL, AFAP1_AS1 gen ifadelerinin kontrol grubuna göre daha az (downregüle) olduğu; NEAT1, ve MALAT1 'de ise daha fazla (upregüle) olduğu tespit edildi. Ayrıca HOTAIR, HULC, ANRIL'in biyobelirteç niteliği taşıdığı ve hastadan invaziv girişim yapmadan serumdan elde edilen eksozomal RNA örneği ile çalışılabileceğini düşünmekteyiz.
Özet (Çeviri)
Triple-negative breast cancer has a very complex molecular substructure, there is no ER/PR and HER2 expression in molecular-based classification, and it constitutes 18-21% of invasive breast cancers. Exosomes are extracellular vesicles released by all cell types, including breast cancer cells. They are distinguished from other extracellular vesicles according to their lipid composition and the vesicle contents they carry. Vesicles contain protein, lipids, metabolites, DNA, mRNA, and non-coding RNAs. Exosomes facilitate tumor progression and metastasis via their surface or vesicular long non-coding RNAs and mediate the transfer of tumor-associated signaling molecules. Therefore, they are potential biomarkers in cancer studies, diagnosis, and progression. Our study investigated biomarker potentials of long non-coding RNAs HOTAIR, NEAT1, MALAT 1, AFAP1-AS1, ANRIL, and HULC. Tumor tissue and peripheral blood samples were taken from patients who came to Trakya University, Faculty of Medicine, Departments of Medical Genetics, General Surgery, Radiology, and Medical Oncology with the diagnosis of non-familial triple-negative breast cancer. Only 21 (33.87%) of our study's 62 patients diagnosed with TNBC were sporadic. After the RNA isolation stages, it was converted to complementary DNA (cDNA) using appropriate methods, such as polymerase chain reaction (PCR). Gene expressions of lncRNAs were examined with Real-Time PCR, and statistical analyses were performed by selecting the appropriate program. Data obtained from the study were evaluated with Mann-Whitney U and Wilcoxon W tests (Bonferroni correction p<0.001) in the program *SPSS 20.0 (license: 10240642). The evaluation between the patient and control groups determined that HOTAIR, HULC, ANRIL, NEAT1, AFAP1_AS1, and MALAT1 long non-coding RNAs were significant regarding gene expression. It was determined that HOTAIR, HULC, ANRIL, and AFAP1_AS1 gene expressions in the tissue and serum of the individuals in the patient group were less (downregulated) compared to the control group, while NEAT1 and MALAT1 were more (upregulated). We also think that HOTAIR, HULC, and ANRIL are biomarkers that can be studied with exosomal RNA samples obtained from the patient's serum without any invasive procedures.
Benzer Tezler
- Ön işlemenin ve askorbik asitin dondurularak depolanan yılan balıklarının (Anguilla anguilla) kalitesine etkileri
Başlık çevirisi yok
H.VOLKAN GÖKSEL
Yüksek Lisans
Türkçe
1985
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiSu Ürünleri Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYDIN URAL
- Kalkınmada öncelikli yörelerde görev yapan vali-kaymakam il ve ilçe Milli Eğitim Gençlik ve Spor Müdürlerinin ilköğretim yönetiminde karşılaştıkları güçlükler
Başlık çevirisi yok
MUSTAFA YALÇINKAYA
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
Eğitim ve ÖğretimGazi ÜniversitesiEğitim Yönetimi Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AYŞEGÜL ATAMAN
- Liorhyssus hyalinus (F.) (heteropterar haopalidae)'ta anten rejenerasyon kapasitesinin saptanması üzerinde araştırmalar
Investigations on the Antennal regenerative capasity of Lrorhyssus hyalinus (F.) (heteroptera: rhappalidea)
SACİDE BÜLBÜL
- Dondurularak saklamanın tavuk etinin bazı kalite özellikleri üzerine etkisi
Başlık çevirisi yok
Ö.EVREN ATASOY
Yüksek Lisans
Türkçe
1987
Gıda MühendisliğiEge ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DR. SUMRU TÖMEK