Nükleolitik senzim dizaynı ve nükleik asitlerle etkileşiminin incelenmesi
Design of nucleolytic synzymes and their interactions with nucleic acids
- Tez No: 96795
- Danışmanlar: DOÇ. DR. SAADETTİN GÜNER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Kimya, Chemistry
- Anahtar Kelimeler: Oksim, Nükleik Asit, Bakır(II), Süpersarmal DNA, Nükleaz, Bakır, DNA, Oksimler, Spektrofotometri, Oxime, Nucleic Acid, Copper(II), Supercoiled DNA, Nuclease VI, Copper, DNA, Nuclease, Nucleic acids, Oximes, Spectrophotometry
- Yıl: 2000
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Karadeniz Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Kimya Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
ÖZET Bu çalışmada yeni bir oksim ligandının homodinükleer bakır (Kİ), heterodinükleer bakır-mangan (K2) ve homotrinükleer bakır (K3) komplekslerinin nükleolitik özellikleri, nötral agaroz elektroforezi ve görünür bölge spektrofotometrisi yardımıyla araştırıldı. Her üç kompleksin de MMPP yokluğunda, ayrıca MMPP'nin de yalnız başına pCYTEXP plazmid DNA' sı üzerinde bir etki yapmadığı, dolayısıyla kompleks ve MMPP varlığında gözlenen aktivitenin komplekslerden kaynaklandığı sonucu ortaya çıkmaktadır. Özellikle 0.1 uM'dan daha düşük konsantrasyonlarda Kİ ve K2 süpersarmal DNA üzerinde kırıklar oluşturmuş, 0.1 uM ve daha yukansındaki konsantrasyonlarda ise doğrusal DNA formlarının baskın olduğu görülmüştür. K3 ise böyle bir nükleolitik aktiviteyi ancak 100 uM civarında sağlaması K3'ün diğer iki komplekse göre daha zayıf bir kimyasal nükleaz olabileceği sonucunu göstermektedir. Konsantrasyon bağımlı bu nükleolitik özellikler, komplekslerin etkin konsantrasyonlarında ve ilk 5 dakikalık reaksiyon sürelerinde süpersarmal DNA formunun tamamen kırık formuna dönüşmesi ve ilerleyen sürelerde bu form üzerinden doğrusal formun oluştuğunun gözlenmesi, her üç kompleksin de benzer mekanizmalarla etkinlik gösterdiğini ortaya koymaktadır. Komplekslerin nükleolitik etkinliklerinin pH bağımlılıkları incelendiğinde yine Kİ ve K2'nin oldukça benzer davranış gösterdikleri görülmüştür. K3 ise yine Kİ ve K2'den daha farklı bir pH bağımlı nükleolitik etkinlik göstermiştir. pCYTEXP DNA' sı üzerinde çalışılan komplekslerin nükleolitik etkinlikleri spektroskopi ile de tespit edilmiştir. Bu komplekslerin görünür bölge spektrumlanndaki bazı sinyallerde DNA ilavesi ile kaymaların olması ve absorbanstaki değişimler kompleksler ile DNA arasında bir interkalasyon ihtimalinin zayıf olduğunu göstermektedir. Sonuç olarak, cünükleer kompleksler (Kİ ve K2) oldukça benzer kimyasal yapılan da dikkate alınarak birbirine yakın ve muhtemelen benzer mekanizmalarla nükleolitik etkinlik gösterdikleri ortaya çıkmıştır. Daha çok bir fizibilite niteliğinde olmasma rağmen elde edilen sonuçların oksim esaslı DNA parçalayan moleküllerin ve antikanser maddelerin dizaynında yeni düşüncelerin ortaya çıkmasını sağlayacağı açıktır.
Özet (Çeviri)
SUMMARY Desing of Nucleolytic Synzymes and Their Interactions with Nucleic Acids In this study, nucleolytic capabilities of the complexes of a novel oxime-type ligand, homodinuclear copper (Kl), heterodinuclear copper-manganese (K2) and homotrinuclear copper (K3) complexes were investigated by neutral agarose gel electrophoresis and visible spectrophotometry. All the complexes in the absence of MMPP had no nucleolytic activity on the pCYTEXP. Therefore, it is obvious that the observed nucleolytic activities in the presence of MMPP were originated from the nature of the complexes. Kl and K2 especially at below 0. 1 uM nick the supercoiled DNA however at their greater concentrations linear forms were dominant. K3, however, has shown such nucleolytic activity at approximately 100 uM indicating that its activity is weaker than the other two complexes. At efficient concentrations of the complexes, within the first 5 minutes of reaction period all the supercoiled form transformed to the nicked form and then linear forms were formed. These results show that all of the complexes perform their nucleolytic activities by similar mechanisms. Kl and K2 have also shown very similar pH- dependent nucleolytic profiles but different than K3. The nucleolytic efficiencies of the examined complexes on the pCYTEXP DNA were also investigated by spectroscopy. Absorbance changes and very small shifts of some specific signals on the visible spectra of all the complexes indicate a weak possibility of intercalation with the DNA. It can be concluded by taking the chemical structures of the complexes into consideration that the complexes Kl and K2 possess potential nucleolytic efficiences by similar mechanisms. The results obtained in this preliminary study should give new ideas on the molecular design of DNA cleaving molecules and anticancer agents having oxime functionalities.
Benzer Tezler
- Purification of glutathione S-transferases and genetic characterization of zeta isozyme from Pinus brutia, Ten
Pinus brutia, Ten.'den glutatyon S-transferazların saflaştırılması ve zeta izoziminin genetik karakterizasyonu
ELİF ÖZTETİK
- Asetilsalisilik asidin amino asitler ve amino alkollerle yeni türevlerinin sentezi
Synthesis of new acetylsalicyclic acid derivatives via amino acids and amino alcohols
BETÜL DÖNMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
KimyaHacettepe ÜniversitesiEczacılık Temel Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEZİRE SAYGILI
- Antibacterial amphiphilic polymers based on enzymatically synthesized polycaprolactone
Enzimatik olarak sentezlenmiş polikaprolakton bazlı antibakteriyel amfifilik polimerler
NAZİF UĞUR KAYA
Doktora
İngilizce
2017
Polimer Bilim ve Teknolojisiİstanbul Teknik ÜniversitesiPolimer Bilim ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATOŞ YÜKSEL GÜVENİLİR
- A multiscale computational study to elucidate dynamics, reactivity, and inhibition of enzymes
Enzimlerin dinamiğinin, reaktivitesinin ve inhibisyonunun aydınlatılmasına yönelik hesaplamalı bir çalışma
ERDEM ÇİÇEK
Doktora
İngilizce
2025
Kimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiHesaplamalı Bilim ve Mühendislik Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. FETHİYE AYLİN SUNGUR
- Bazı Schiff bazları ve Mn(II), Ni(II), Cu(II), Zn(II) komplekslerinin nükleolitik aktivitelerinin incelenmesi
Determination of nucleolytic activities of some schiff bases and Mn(II), Ni(II), Cu(II), Zn(II) complexes
HÜLYA AĞIR