Geri Dön

Bazı anacamptis (orchidaceae) türlerinin asimbiyotik ve simbiyotik yöntemlerle tohumdan üretimi ve farklı gelişme aşamalarının transkriptomik analizi

Propagation of some anacamptis (orchidaceae) species from the seeds asymbiotic and symbiotic methods and transcriptomic analysis of different developmental stages

PDF İndir

  1. Tez No: 968610
  2. Yazar: BUSE ÇÖKMEZ
  3. Danışmanlar: PROF. DR. YASEMİN ÖZDENER KÖMPE
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 172

Özet

Orchidaceae familyası 750'den fazla cins ve 29,000' den fazla tür içeren en büyük kapalı tohumlu bitki familyalarından biridir. Orkidelerin çoğaltımında bitki doku kültürü teknikleri sıklıkla kullanılmaktadır. Bu çalışmada, Anacamptis coriophora ve Anacamptis sancta'nın in vitroda, asimbiyotik tohum çimlenmesi, fide oluşumu, funguslu ve fungussuz olarak toprağa adaptasyonu ve tohum ve asimbiyotik protokorm aşamalarındaki de novo transkriptom profili araştırıldı. A coriophora tohumlarında denenen besiyerlerinde en yüksek çimlenme oranının azotsuz VWD (VWD-N) ortamına eklenen 1 mg/L ME'da, olduğu en düşük çimlenmenin ise 1 mg/L ME +SUC WVD-N besiyerinde olduğu sonucuna varıldı. A. sancta tohumlarında en iyi çimlenme oranının 2 mg/L GA3 besiyerinde ve en düşük çimlenme oranının ise 3 g/L ME+SUC besiyerinde olduğu bulundu. A. coriophora ve A. sancta fide gelişimi için kullanılan besiyerlerinde (MM, VWD ve EBP) en iyi fide oluşumunun EBP besiyerinde en düşük fide gelişimi ise Azotlu WVD besiyerinde meydana geldi. In vitro koşullarda meydana gelen A. coriophora (ON939729) ve A.sancta (MG762693) fidelerine kendi köklerinden izole edilmiş olan Ceratobasidiım sp. izolatları aşılanmış ve hem A. coriophora hem de A. sancta fidelerinin (50 adet) doğal ortama adapte olarak ilk yumruların meydana gelmesi başarılmıştır. A. coriophora ve A. sancta' da tohum ve protokorm aşamalarında de novo transkriptom analizinde elde edilen sonuçlar bu orkide türlerinin 2 farklı aşamasında hangi metabolik yolaklarda hangi genlerin rol oynadığını ortaya çıkaran öncü çalışma niteliğindedir. Elde edilen sonuçlara göre, A. coriophora tohumlarında temiz okuma sayısı 26,377849, A. sancta tohumlarında ise temiz okuma sayısı 25,833182 olarak bulundu. A.coriophora' da protokorm aşamasında temiz okumalar 30,393917 iken A. sancta protokormlarında 23,992566 temiz okuma elde edildi. Unigenlerin anatasyonunda maksimum transkript uzunluğu 10279 olarak bulundu. A.coriophora' nın tohum aşamasında TIFY gen ailesi, LIM proteinleri, GEBP gen ailesi, A.sancta tohumlarında MED7 genleri, oksin sinyalinde AUX/IAA genlerinin var olduğu görüldü. A. coriophora ve A. sancta protokormlarında YUCCA geninin ve MAPK4 geninin aktif olduğu soncuna varıldı. Bu çalışma A. coriophora ve A. sancta' da funguslu ve fungussuz olarak toprağa adaptasyonunu inceleyen öncü çalışma olduğu gibi ilk kez A. coriophora ve A. sancta' da tohum ve protokorm aşamalarındaki transkriptomik profilleri karşılaştırmalı olarak ortaya konmuştur.

Özet (Çeviri)

Orchidaceae is one of the largest families of closed-seeded plants, containing more than 750 genera and more than 29,000 species. Plant tissue culture techniques are frequently used in the propagation of orchids. In this study, we investigated the de novo transcriptome profile of Anacamptis coriophora and Anacamptis sancta during asymbiotic seed germination, seedling formation, soil adaptation with and without fungus, and seed and asymbiotic protocorm stages in vitro. It was concluded that the highest germination rate of A. coriophora seeds was in 1 mg/L ME added to nitrogen-free VWD (VWD-N) medium and the lowest germination rate was in 1 mg/L ME +SUC WVD-N medium. In A. sancta seeds, the best germination rate was found in 2 mg/L GA3 medium and the lowest germination rate was found in 3 g/L ME+SUC medium. In the media used for A. coriophora and A. sancta seedling development (MM, VWD and EBP), the best seedling formation occurred in EBP medium and the lowest seedling development occurred in WVD medium with nitrogen. In vitro A. coriophora (ON939729) and A. sancta (MG762693) seedlings were inoculated with Ceratobasidium sp. isolates and both A. coriophora and A. sancta seedlings (50 pieces) were adapted to the natural environment and the first tubers were formed. The results obtained from de novo transcriptome analysis of A. coriophora and A. sancta at the seed and protocorm stages are pioneering studies that reveal which genes are involved in which metabolic pathways at 2 different stages of these orchid species. According to the results obtained, the number of clean reads in A. coriophora seeds was 26.377849 and in A. sancta seeds the number of clean reads was 25.833182. At the protocorm stage in A. coriophora, clean reads were 30.393917, while 23.992.566 clean reads were obtained in A. sancta protocorms. The maximum transcript length was found to be 10279 in unigenes anatation. TIFY gene family, LIM proteins, GEBP gene family, MED7 genes in A. sancta seeds, AUX/IAA genes in auxin signalling were found to be present in seed stage in A. coriophora. It was concluded that YUCCA gene and MAPK4 gene were active in A. coriophora and A. sancta protocorms. This study is the pioneering study investigating the soil adaptation of A. coriophora and A. sancta with and without fungus, and for the first time, the transcriptomic profiles of A. coriophora and A. sancta at the seed and protocorm stages were comparatively revealed.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    258744

    Batı Karadeniz bölgesinde salep elde edilmesinde kullanılan bazı orkide türlerinin (Orchidaceae) çoğaltım yöntemleri üzerinde araştırmalar

    Investigations for the reproduction methods of some of the orchid species (Orchidaceae) used for obtaining salep in Western Black Sea region

    CEVDET GÜMÜŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. EKREM SEZİK

    PROF. DR. ŞEBNEM ELLİALTIOĞLU

  2. Tez No

    390395

    Bazı salep orkidelerinin in vitro ortamda çimlenme, protokorm ve bitkicik oluşumunu etkileyen faktörlerin araştırılması

    Evalution of factors affecting in vitro germination, protokorm formation and plantlet regeneration in some salep orchids

    BEHİYE KARAKUŞ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi

    Tarımsal Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. HAMDİ KAMÇI

  3. Tez No

    449269

    Bazı orkidelerin rizosferinden bitki gelişimini arttırıcı bakterilerin izolasyonu ve karakterizasyonu

    Isolation and characterization of plant growth promoting bacteria from the rhizosphere of some orchids

    HİLAL ALTINKAYNAK

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    BiyolojiOndokuz Mayıs Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. İBRAHİM ÖZKOÇ

  4. Tez No

    465145

    Kahramanmaraş bölgesinde yetişen bazı orkide türlerinin mikorizalarının izolasyonu ve tanımlanması

    Isolation and identification of mycorrhizal fungi of some orchids species grown in the Kahramanmaras region

    ALAADDİN ÖZDEMİR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    ZiraatKahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi

    Bahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SERMİN AKINCI

  5. Tez No

    577196

    Bazı yabani orkide türlerinden elde edilen saleplerin maraş usulü dondurma üretiminde kullanım olanaklarının araştırılması

    A study on potential use of salep from some wild orchid species in maras type ice cream manufacture

    NAZLI TÜRKMEN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    ZiraatAnkara Üniversitesi

    Süt Teknolojisi Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞA GÜRSOY

Geri Dön