In-silico analysis of astrocytic GABA transporter GAT3 stability and dynamics related to C-terminal truncation
Astrositik GABA taşıyıcı GAT3 stabilitesi ve C-terminal kesilmesiyle ilgili dinamiklerinin siliko analizi
- Tez No: 968943
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ YASEMIN ÖNDER
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyokimya, Biyoloji, Biochemistry, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Kadir Has Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Bilgisayar Bilimleri ve Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Esas olarak astrositlerde ifade edilen GABA taşıyıcısı 3 (GAT3) GABAerjik sistemin bir parçasıdır ve hücre dışı γ-aminobütirik asit (GABA) seviyelerini düzenleyerek merkezi sinir sisteminde inhibe edici/uyarıcı dengenin korunmasına katkıda bulunur. GAT3 bozuklukları ile çeşitli nöropsikiyatrik ve nörodejeneratif bozukluklar arasında karmaşık bir ilişki olduğu düşünülmektedir. Örneğin, Alzheimer hastalığına odaklanan çalışmalarda GAT3'ün rolü konusunda çelişkili sonuçlar mevcuttur. Bazı çalışmalarda hastalık durumunda GAT3 ifadesinde artış gözlenirken, bazılarında gen ifadesinde düşüş gösterilmiştir. Fizyolojik ve patolojik önemine rağmen, GAT3'ün protein yapısı ve işlevi henüz tam olarak karakterize edilmemiştir. Bu tez, GAT3'ün C-terminal bölgesinin yapısal stabiliteyi koruma, konformasyonel geçişleri düzenleme ve substrat bağlama etkileşimlerini etkilemedeki rolünü araştırırken, Alzheimer gibi hastalıklar için terapötik uygulamalara potansiyel etkileri olabilecek GAT3'ün yapısı hakkında daha fazla bilgi elde etmeyi amaçlamaktadır. Homoloji modellemesi kullanılarak, C-terminal (+C) ve C-terminal çıkarılmış (-C) varyantları ile hem içe açık (iGAT3) hem de dışa açık (oGAT3) konformasyonlarda protein yapıları oluşturulmuştur. Biyolojik koşullara benzerlik sağlamak için nano ölçekli moleküler dinamik (NAMD) kullanılarak 1000 nanosaniye boyunca moleküler dinamik simülasyonları gerçekleştirilmiştir. Bulgular, C-terminalinin GAT3'ün genel stabilitesine olası katkısını ve protein ve bağlanma bölgesi içindeki dinamik çapraz korelasyonları etkilediğini göstermektedir.
Özet (Çeviri)
GABA transporter 3 (GAT3) is a part of the GABAergic system, primarily expressed in astrocytes, and it contributes to maintaining the balance of excitation in the central nervous system (CNS) through regulating extracellular γ-aminobutyric acid (GABA) levels. A complex connection between the dysregulation of GAT3 and various neuropsychiatric and neurodegenerative disorders was suggested. For example, studies focusing on AD are conflicted on the influence of GAT3, as some suggest its upregulation and others its downregulation. Despite its physiological and pathological relevance, a complete characterization of GAT3 structure and function remains incomplete. This thesis explores the role of GAT3's C-terminal domain in maintaining structural stability, modulating conformational transitions, and affecting substrate-binding interactions. It aims to expand our knowledge of GAT3 structure, which can have potential implications for therapeutic applications for diseases such as AD. Using homology modeling, both inward-open (iGAT3) and outward-open (oGAT3) conformations were generated with the C-terminal (+C) and truncated (-C) variants. Molecular dynamics simulations were conducted for 1000 nanoseconds using Nanoscale Molecular Dynamics (NAMD) to mimic biological conditions. The findings demonstrate the possible contribution of the C-terminal to GAT3's global stability, influencing dynamic cross-correlations within the protein and its binding site.
Benzer Tezler
- Integrated kinetic, genetic, and thermodynamic investigation of brain energy metabolism in neurons and astrocytes
Nöron ve astrositlerde beyin enerji metabolizmasının bütünleşik kinetik, genetik ve termodinamik incelemesi
SEDA GENÇ
Doktora
İngilizce
2013
Kimya MühendisliğiYeditepe ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA ÖZİLGEN
PROF. DR. IŞIL AKSAN KURNAZ
- The interaction of ETS and GCM transcription factors in glial vs neuronal differentiation
Glial ve nöronal farklılaşmada ETS ve GCM transkripsiyon faktörlerinin etkileşimi
EKİN SÖNMEZ
Doktora
İngilizce
2023
BiyoteknolojiGebze Teknik ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. IŞIL KURNAZ
DR. ANGELA GIANGRANDE
- Reconstruction of human tissue-specific genome-scale metabolic models for therapeutic applications
Tedavisel uygulamalar için insan dokusuna özgü genom-ölçekli metabolik modellerin kurulması
MUSTAFA SERTBAŞ
Doktora
İngilizce
2024
BiyomühendislikBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN
- In silico analysis of mutant p53(R249S) oncogenicity in Hepatocellular carcinoma
Hepatosellüler karsinomadaki mutant p53(R249S) onkojenisitenin in silico analizi
GUVANCHMURAD OVEZMURADOV
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
Onkolojiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. RENGÜL ÇETİN ATALAY
- In silico analysis of neutral sphingomyelinase 2
Nötral sfingomyelinaz 2'nin in siliko analizi
ZARİFE BEGÜM YAĞCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Kimya MühendisliğiBoğaziçi ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ŞEFİKA KUTLU ÜLGEN
DOÇ. DR. ELİF ÖZKIRIMLI ÖLMEZ