Gerçek zamanlı RT-PCR metodu ile HIV-1 proviral DNA kantitasyonunun optimizasyonunda kullanılan kantitasyon standartlarının gen klonlama teknolojisi ile geliştirilmesi
Development of quantitation standards used in the optimization of HIV-1 proviral DNA quantitation by real-time RT-PCR method with gene cloning technology
- Tez No: 969122
- Danışmanlar: PROF. DR. ELİF SEVİM
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
- Anahtar Kelimeler: HIV enfeksiyonları, HIV infections
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Kırşehir Ahi Evran Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Tıbbi Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
HIV-1 proviral DNA, retrovirüs olan HIV-1'in konak hücre genomuna entegre olmuş formunu temsil eder ve antiretroviral tedavi altındaki bireylerde viral kalıntının değerlendirilmesinde kritik bir biyobelirteçtir. Proviral DNA düzeylerinin doğru şekilde kantitatif olarak belirlenmesi, viral rezervuarın takibi ve tedavi etkinliğinin değerlendirilmesi açısından büyük önem taşımaktadır. Bu tez çalışmasında, HIV-1 proviral DNA'nın PZR ile tespitinde testin kalite kontrolü amacıyla kullanılacak olan pozitif kontrol materyalinin gen klonlama teknolojisi kullanılarak üretimi amaçlanmıştır. Çalışmada, HIV-1 genomunun yüksek düzeyde korunan Long Terminal Repeat (LTR) bölgesi konvansiyonel PCR ile çoğaltılmış, pJET1.2/blunt vektörüne klonlanmış ve elde edilen rekombinant plazmidin doğruluğu Sanger sekanslama ile teyit edilmiştir. Geliştirilen bu rekombinant standart materyal, gerçek zamanlı PCR uygulamaları için referans olarak kullanılmak üzere tasarlanmıştır. Çalışma kapsamında geliştirilen bu yerli ve özgün standart, hem düşük maliyetli hem de yüksek çoğaltılabilirlik ve güvenilirlik özellikleri ile ön plana çıkmaktadır. Literatürde benzer çalışmalarla kıyaslandığında, LTR bölgesinin hedef olarak seçilmesi sayesinde yüksek özgüllük sağlandığı, pJET1.2/blunt vektörünün pozitif seleksiyon özelliği sayesinde ise klonlama sürecinin kolaylaştırıldığı gözlemlenmiştir. Elde edilen bu standart materyalin, ilerleyen aşamalarda klinik örneklerde yapılacak validasyon çalışmalarıyla birlikte tanısal süreçlerde güvenilir şekilde kullanılabileceği öngörülmektedir.
Özet (Çeviri)
HIV-1 proviral DNA represents the integrated form of the retrovirus HIV-1 within the host cell genome and serves as a critical biomarker for assessing viral persistence in individuals undergoing antiretroviral therapy. Accurate quantification of proviral DNA levels is of great importance for monitoring the viral reservoir and evaluating treatment efficacy. In this thesis, the production of a positive control material to be used for quality control in the detection of HIV-1 proviral DNA by PCR was aimed through the application of gene cloning technology. The highly conserved Long Terminal Repeat (LTR) region of the HIV-1 genome was amplified by conventional PCR, cloned into the pJET1.2/blunt vector, and the accuracy of the recombinant plasmid was confirmed through Sanger sequencing. The resulting recombinant standard material was designed to serve as a reference in real-time PCR applications. This locally produced and original standard stands out due to its cost-effectiveness, high reproducibility, and reliability. Compared to similar studies, the selection of the LTR region provided high specificity, while the positive selection feature of the pJET1.2/blunt vector facilitated an efficient cloning process. It is anticipated that this standard material can be reliably used in future diagnostic applications following validation with clinical samples.
Benzer Tezler
- Mısır bitkisinin genetiği değiştirilmiş organizma (GDO) analizinde gerçek zamanlı PCR (Polimerase Chain Reaction) parametrelerinin merkezi kompozit tasarım ile optimizasyonu
Optimization of real time PCR (Polimerase Chain Reaction) parameters by central composite design in genetically modified organism (GMO) analysis of crop plant
MERYEM DEMİRCİOĞLU
Doktora
Türkçe
2022
Gıda Mühendisliğiİstanbul Üniversitesiİşletme Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZLEM AKÇAY KASAPOĞLU
- Hücre kültürü pasajlarının PPR virus P geni düzeyinde etkisinin araştırılması ve tanısal amaçlı gerçek zamanlı reverz transkritaz polimeraz zincir reaksiyonu (rtRT ? PCR) protokollerinin geliştirilmesi
The investigation of the effects of cell culture passages on the PPR virus P gene and development of realtime reverse transcriptase polymerase chain reaction (rtRT ? PCR) methods for diagnostic purposes
ENDER DİNÇER
- Anaplasma capra'nın teşhisinde kullanılmak üzere real-timePCR geliştirilmesi, etkenin karadeniz bölgesinde sığırlardaaraştırılması
Development of real-time PCR to be used in the diagnosis ofAnaplasma capra and its investigation in cattle in blacksearegion
HÜSNÜ FURKAN ŞAKAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
ParazitolojiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiVeterinerlik Parazitolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KÜRŞAT ALTAY
- Çeltikte tuz tolerans gen ekspresyonlarının incelenmesi
Investigation of salinity tolerance gene expression in rice
ATİLLA SALMAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Biyoteknolojiİstanbul Kültür ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALP AYAN
- Actn3 rs1815739 polimorfizmi ile deepbite vakaları arasındaki ilişkinin incelenmesi
Examining the relationship between ACTN3 rs1815739 polymorphism and deepbite cases
BÜŞRA ORUÇ
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2023
Diş HekimliğiMarmara ÜniversitesiOrtodonti Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ELVAN ÖNEM ÖZBİLEN
DR. ÖĞR. ÜYESİ BESTE TACAL ASLAN