Patojen escherichia coli izolatlarının crıspr ı lokus varlığının incelenmesi ve faj transdüksiyon integrasyonlarının açığa çıkarılması
Investigation of crispr I locus presence in pathogenic escherichia coli isolates and elucidation of phage transduction integrations
- Tez No: 970064
- Danışmanlar: PROF. DR. İSMAİL AKYOL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Ziraat, Biyoteknoloji, Genetics, Agriculture, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: CRISPR, Escherichia coli, Faj dirençliliği, CRISPR, Escherichia coli, Phage resistance
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Zootekni Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Escherichia coli keşfinden bu yana moleküler biyoloji alanında en yaygın kullanılan model organizmadır. Bakterinin doğal ortamı insan ve hayvanların gastrointestinal sistemleridir. E. coli suşları doğada yaşam döngüleri boyunca plazmit ve bakteriyofajlar gibi hareketli genetik elementlerin biyolojik saldırılarına maruz kalmaktadırlar. Bu saldırılar bakterilerdeki direnç mekanizmalarının evrimsel gelişim sürecinde etkili rol almaktadır. İlk olarak 1987 yılında E. coli genomunda keşfedilen CRISPR dizileri (Kümelenmiş Düzenli Aralıklı Palindromik Tekrarlar) ve Cas (CRISPR ile İlişkili Proteinler) sistemleri bakterileri korumada etkin rol almaktadır. İstilacı genetik elementlere karşı özgün ve kalıtsal bağışıklık sağlayan CRISPR/ Cas sistemi, prokaryotik genomların stabilitesini korumak için fajlar ve plazmidler gibi yabancı hareketli DNA'ların saldırılarına karşı etkili bir bağışıklık hafızası oluşturmaktadır. Bu tez çalışmasında farklı doğal ortamlardan daha önceden izole edilen ve çalışma kapsamında izole edilmiş 45 E. coli izolatının moleküler tür tanımlaması yapılmıştır. Tür tanımlamaları teyit edilen izolatlarda CRISPR Tip I lokus varlığı JSCRIPR-F1-R1, JSCRISPR-F2-R2, JSEc1-F3-R3 primerleri kullanılarak PCR metodu ile belirlenmiştir. PCR sonucunda amplifikasyon farklılıkları tespit edilen 12 E. coli izolatınının CRISPR amplifikasyonları Sanger dizileme yaklaşımı ile iki yönlü olarak dizilenmiştir. Biyoinformatik araçlar kullanılarak nüleotid dizi analizleri gerçekleştirilmiş ve faj enfeksiyon geçmişi açığa çıkarılmıştır. Çalışmada analizi gerçekleştirilen 12 farklı PCR amplifikasyonunda 166 aralayıcı dizi tespit edilmiş ve aralayıcı dizi tipleri arasındaki interaksiyonları belirlenmiştir.
Özet (Çeviri)
Since its discovery, Escherichia coli has been the most widely used model organism in molecular biology. The natural habitat of this bacterium is the gastrointestinal tract of humans and animals. During their life cycles in nature, E. coli strains are exposed to biological attacks from mobile genetic elements such as plasmids and bacteriophages. These assaults play a significant role in the evolutionary development of resistance mechanisms in bacteria. The CRISPR sequences (Clustered Regularly Interspaced Short Palindromic Repeats) and Cas (CRISPR-associated) systems, first identified in the E. coli genome in 1987, play a crucial role in protecting bacteria. The CRISPR/Cas system provides a specific and heritable immunity against invasive genetic elements, establishing an effective immunological memory to defend against foreign mobile DNAs such as phages and plasmids, thereby preserving the stability of prokaryotic genomes. In this thesis study, molecular species identification was performed on 45 E. coli isolates, some previously collected from various natural environments and others newly isolated during this study. In isolates confirmed to be of the same species, the presence of CRISPR Type I loci was determined by PCR using the primers JSCRIPR-F1-R1, JSCRISPR-F2-R2, and JSEc1-F3-R3. Twelve E. coli isolates showing amplification differences in the PCR results were subjected to bidirectional Sanger sequencing of their CRISPR amplicons. Nucleotide sequence analyses were conducted using bioinformatic tools, and the phage infection histories of the isolates were revealed. A total of 12 distinct PCR amplifications were analyzed, in which 166 spacer sequences were identified, and interactions between spacer types were characterized.
Benzer Tezler
- Prevalence, extended-spectrum beta-lactamase production, antimicrobial resistance, and biofilm formation of Escherichia coli and Salmonella spp. from unpacked ice creams sold in Bolu
Bolu'da satılan açık dondurmalarda Escherichia coli ve Salmonella türlerinin varlığı, geniş spektrumlu beta-laktamaz üretimi, antimikrobiyal direnci ve biyofilm oluşumu
ŞERİFE TOPÇUOĞLU
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
BiyolojiBolu Abant İzzet Baysal ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEZA ARSLAN
- Kanatlı patojenik escherichia coli'lerin antimikrobiyal direnç ve integron profillerinin araştırılması
Investigation of antimicrobial resistance and integron profiles of poultry pathogenic escherichia coli
TAYLAN EĞİLMEZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
MikrobiyolojiAydın Adnan Menderes ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SÜHEYLA TÜRKYILMAZ
- Irak'ın Nasriye ilinde idar yolu enfeksiyonlarına neden olan Escherichia coli bakterilerinin identifikasyonu ve antibiyotik dirençlerinin incelenmesi
Identification of Escherichia coli bacteria causing urinary tract infections and investigation of their resistance to antibiotics in the Nasria province of Iraq
HADEEL ADIL MAHDI AL-HAMADANI
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyolojiKütahya Dumlupınar ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ALİ ADEM BAHAR
DR. ÖĞR. ÜYESİ BURHAN AHMED MOHAMED ALİ
- Kinolon dirençli ve duyarlı invaziv escherichia coli kan izolatlarında ST131/H30 klon/subklonunun virülans ile ilişkisi
Correlation between ST131/H30 clone/subclone and the virulence in fluoroquinolone resistant and sensitive invasive blood isolates of escherichia coli
ÖZNUR GÜRPINAR
Yüksek Lisans
Türkçe
2018
MikrobiyolojiHacettepe ÜniversitesiMikrobiyoloji Bilim Dalı
PROF. DR. ÖZGEN ESER
- Kefirden izole edilen mayaların antimikrobiyal etkileri
Antimicrobial effect of yeast isolated from kefir
CEYDA SARI
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
Gıda Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HATİCE FUNDA KARBANCIOĞLU GÜLER