Ankara Bilkent Şehir Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarına gelen HAV IgM pozitif hasta örneklerinin farklı bir ELISA testi ve PCR yöntemi ile karşılaştırılması
Comparison of different ELISA tests and PCR method in anti-HAV IgM positive patient samples received at Ankara Bilkent City Hospital Medical Microbiology Laboratory
- Tez No: 970574
- Danışmanlar: DR. ALPARSLAN TOYRAN
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
- Anahtar Kelimeler: Hepatit A, anti-HAV IgM, ELISA, gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu, genotiplendirme, Hepatitis A, anti-HAV IgM, ELISA, real-time polymerase chain reaction, genotyping
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Sağlık Bilimleri Üniversitesi
- Enstitü: Ankara Bilkent Şehir Hastanesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Amaç: Hepatit A virüsü (HAV), akut viral hepatitin en sık nedenlerinden biridir ve fekal-oral yolla bulaşarak toplum sağlığını tehdit etmektedir. HAV tanısında en sık kullanılan yöntemlerden biri olan ELISA testi, zaman zaman yalancı pozitifliklere neden olabilmektedir. Bu çalışmada; Ankara Bilkent Şehir Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarında ELISA yöntemi ile anti-HAV IgM pozitif bulunan serum örneklerinin farklı bir ELISA testi ve gerçek zamanlı polimeraz zincir reaksiyonu (Polymerase Chain Reaction, PCR) yöntemi ile karşılaştırılması amaçlanmıştır. Ayrıca, tanının doğruluğunu artırmak amacıyla HAV RNA varlığı moleküler yöntemle araştırılmıştır. Hepatit A enfeksiyonunun tanısında henüz altın standart olarak kabul edilen bir yöntem bulunmaması, serolojik testler arasında uyumsuzluklar yaşanması ve erken dönemde yalancı pozitifliklerin gözlenmesi, tanı algoritmalarının geliştirilmesini gerekli kılmaktadır. Bu çalışmayla, tanı yöntemlerinin performansını karşılaştırarak daha güvenilir, özgül ve erken tanı sağlayabilecek bir yaklaşım geliştirerek bulaş zincirinin kırılması, olası salgınların engellenmesi ve toplum sağlığının korunmasına katkı sağlanması amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Ağustos 2023 – Kasım 2024 tarihleri arasında Sağlık Bilimleri Üniversitesi Ankara Bilkent Şehir Hastanesi Tıbbi Mikrobiyoloji Laboratuvarı'na gönderilen ve Siemens Atellica IM Hepatit A IgM (Siemens, Almanya) kiti ile anti-HAV IgM pozitif saptanan 130 serum örneği çalışmaya dahil edilmiştir. İlk ELISA testiyle pozitif olarak değerlendirilen bu örnekler, testlerin tanısal performansını değerlendirmek amacıyla ikinci bir ELISA testi olan Architect HAVAb-IgM (Abbott, ABD) kiti ile yeniden çalışılmıştır. Tüm örneklerde viral RNA varlığının gösterilmesi amacıyla Bioeksen Quadripleks Gerçek Zamanlı PCR kiti ile HAV RNA varlığı araştırılmıştır. PCR testi sonucunda pozitif olarak saptanan 5 örnek, genotiplendirme amacıyla Sanger sekanslama yöntemi ile analiz edilmiştir. Bulgular: Çalışmaya dahil edilen hastaların %50'si kadın, %50'si erkek olup yaş ortalaması 49,9 olarak belirlenmiştir. Architect HAVAb-IgM (ELISA 2) kitiyle yapılan yeniden değerlendirmede örneklerin %63,8'i pozitif, %11,5'i ara değer, %24,6'sı ise negatif olarak sonuçlanmıştır. ELISA 1 test sonuçları incelendiğinde, cut-off değeri ≥2.42 örneklerin ikinci testte %95'in üzerinde pozitiflik gösterdiği görülmüştür. Gerçek zamanlı PCR testi ile 130 örneğin %22,3'ünde HAV RNA pozitifliği saptanmıştır. Hastaların serum Alanin aminotransferaz (ALT) değerleri Atellica CH Alanine Aminotransferase P5P (ALTPLc) (Siemens,Almanya) kitiyle test edildiğinde ELISA 2'de pozitif saptanan 83 örneğin 31'inde ALT düzeyleri yüksek bulunmuştur. ALT yüksekliği ile ELISA 2 testi arasında anlamlı ancak zayıf bir ilişki bulunmuş, PCR CT değerleri ile ALT düzeyleri arasında ise negatif yönlü orta düzeyde bir korelasyon saptanmıştır. PCR pozitif saptanan 5 örnek Sanger sekanslama sonucunda HAV genotipi tip IB olarak analiz edilmiştir. Sonuç: ELISA 1 testinde cut-off değeri ≥2.42 olan örneklerin ikinci testte yüksek oranda pozitiflik göstermesi, bu değerin tanısal öngörü gücünü ortaya koymuştur. Ancak, ELISA 1 testinde pozitif saptanan örneklerin yalnızca %34'ünde PZR ile HAV RNA saptanmıştır. Moleküler doğrulama testlerinin özellikle erken enfeksiyon döneminde veya klinik olarak şüpheli vakalarda tanı sürecine dâhil edilmesi, tanının güvenilirliğini artıracaktır. ALT düzeyi ile PCR CT değerleri arasında negatif korelasyon bulunmuş; bu durum, biyokimyasal parametrelerin ancak moleküler ve serolojik testlerle birlikte anlam kazandığını göstermiştir.
Özet (Çeviri)
Objective: Hepatitis A virus (HAV) is one of the most common causes of acute viral hepatitis and poses a threat to public health through fecal-oral transmission. Although ELISA is one of the most widely used diagnostic methods for HAV, it may occasionally lead to false-positive results. This study aimed to compare anti-HAV IgM positive serum samples, initially identified by ELISA in the Medical Microbiology Laboratory of Ankara Bilkent City Hospital, using a second ELISA test and real-time polymerase chain reaction (PCR) method. Furthermore, HAV RNA presence was investigated molecularly to enhance diagnostic accuracy. Since there is currently no established gold standard for HAV diagnosis, inconsistencies among serological tests and false-positives in early stages necessitate improved diagnostic algorithms. By comparing the performance of diagnostic methods, this study seeks to develop a more specific, reliable, and early diagnostic approach, thereby contributing to the interruption of transmission chains, prevention of potential outbreaks, and protection of public health. Materials and Methods: Between August 2023 and November 2024, a total of 130 serum samples sent to the Medical Microbiology Laboratory of Ankara Bilkent City Hospital, University of Health Sciences, and found to be anti-HAV IgM positive using the Siemens Atellica IM Hepatitis A IgM kit (Siemens, Germany), were included in the study. The samples that were initially determined to be positive by the first ELISA test were retested with a second ELISA assay, Architect HAVAb-IgM (Abbott, USA), to evaluate the diagnostic performance of the tests. To demonstrate the presence of viral RNA, all samples were analyzed using the Bioeksen Quadriplex Real-Time PCR kit for HAV RNA detection. Among these, five PCR-positive samples were further analyzed for genotyping using the Sanger sequencing method. Results: Among the patients, 50% were female and 50% male, with a mean age of 49.9 years. In the second ELISA test (ELISA 2), 63.8% of the samples were positive, 11.5% borderline, and 24.6% negative. A cut-off value of ≥2.42 in ELISA 1 predicted over 95% positivity in the second test. Real-time PCR detected HAV RNA in 22.3% of the samples. Serum alanine aminotransferase (ALT) levels, measured using the Atellica CH Alanine Aminotransferase P5P (ALTPLc) kit (Siemens, Türkiye), were elevated in 31 of the 83 ELISA 2-positive cases. A weak but statistically significant correlation was observed between ALT elevation and ELISA 2 positivity, while a moderate negative correlation was found between ALT levels and PCR cycle threshold (CT) values. Genotyping of five PCR-positive samples revealed HAV genotype IB. Conclusion: The high rate of ELISA 2 positivity in samples with a cut-off value of ≥2.42 in ELISA 1 indicates a strong predictive value of this threshold. However, HAV RNA was detected by PCR in only 34% of ELISA 1-positive cases. Incorporating molecular confirmation tests into the diagnostic process, especially in early-stage infections or clinically suspicious cases, enhances diagnostic reliability. The negative correlation between ALT levels and PCR CT values supports the notion that biochemical parameters gain diagnostic value when interpreted alongside molecular and serological tests.
Benzer Tezler
- Yoğun bakım hastalarından izole edilen çoklu ilaca dirençli pseudomonas aeruginosa izolatlarında amikasin, tigesiklin ve meropenemin seftolozan/tazobaktam ile kombinasyonlarının in vitro etkinliğinin araştırılması
Investigation of in vitro efficacy of combinations of amikacin, tigecycline and meropenem with ceftolozane/tazobactam in multidrug-resistant pseudomonas aeruginosa strains isolated from intensive care patients
ESRA YARTAŞI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEDİA DİNÇ
- Karbapenem dirençli Klebsiella pneumoniae ve Pseudomonas aeruginosa klinik izolatlarında seftazidim-avibaktam duyarlılığı için yöntem karşılaştırılması ve karbapenem direnç genlerinin araştırılması
Comparison of methods for ceftazidime-avibactam susceptibility and investigation of carbapenem resistance genes in carbapenem-resistant Klebsiella pneumoniae and Pseudomonas aeruginosa clinical isolates
EZGİ SAYIN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NİLAY ÇÖPLÜ
- Klinik örneklerden izole edilen 'klebsıellapneumonıae' izolatlarında kolistin duyarlılığınındeğerlendirilmesinde altın standartmikrodilüsyon ve güncel otomatize ticarisistemin performans kıyaslaması ve mcr genvarlığının araştırılması
Performance Comparison of Gold Standard Microdilution and CurrentAutomated Commercial System in the Evaluation of ColistinSusceptibility in 'Klebsiella Pneumoniae' Isolates from Clinical Samplesand Investigation of mcr Gene Presence
IRMAK ÖZKUBAT KORKMAZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2024
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEDİA DİNÇ
- Üriner sistem enfeksiyonları tanısında akım sitometri ve multipleks PCR yöntemlerinin idrar kültürü ile karşılaştırılması
Comparison of flow cytometry and multiplex PCR methods with urine culture in the diagnosis of urinary tract infections
ESRA AYATA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEDİA DİNÇ
- Klinik örneklerden izole edilen cytomegalovırus (CMV) suşlarında antiviral ilaç direnci araştırılması
Investigation of antiviral drug resistance in cytomegalovirus (CMV) strains isolated from clinical samples
PINAR GÜN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiSağlık Bilimleri ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. SİBEL AYDOĞAN