Programlanmış hücre ölümü süreçlerine ilişkin verilerin küresel dağılımına ilişkin biyoinformatik bir yaklaşım
A bioinformatic approach to the global distribution of data on programmed cell death processes
- Tez No: 972013
- Danışmanlar: PROF. DR. EMRE YÖRÜK
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Histoloji ve Embriyoloji, Histology and Embryology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Yeni Yüzyıl Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Histoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Programlanmış hücre ölümü, çok hücreli canlılarda hücresel dengeyi sağlamak için gereksiz veya hasarlı hücrelerin denetimli biçimde ortadan kaldırılmasını sağlayan yaşamsal bir süreçtir. Hücre ölümü üç ana başlıkta incelenmektedir: zar bütünlüğünün bozulduğu ve genellikle hastalıkla ilişkili olan nekroz, genetik olarak denetlenen apoptoz, ve hücrenin kendi içeriğini parçalayarak yeniden kullanımını sağlayan otofaji. Ayrıca, nekroptoz adı verilen ve denetimli olmasına rağmen iltihabi yanıta yol açan bir ölüm biçimi de özellikle kanser ve bağışıklık süreçleri bağlamında önem taşımaktadır. Bu çalışmada, programlanmış hücre ölümü türlerinin embriyogenez süreciyle bağlantılı küresel dağılımı incelenmiş, elde edilen veriler biyoinformatik yaklaşımlar ile detaylandırılmıştır. Veriler üzerinde korelasyon analizi, ısı haritası, temel bileşen analizi (PCA) ve yıllara göre dağılım incelemesi yapılmış; analizlerde R yazılımı ve Prism 9.0 programı kullanılmıştır. Yapılan istatistiksel değerlendirmelerde, apoptoz ve embriyogenez başlıkları ile ilişkili makale/yıl verileri arasında yüksek düzeyde pozitif bir korelasyon (p<0.01) saptanmıştır. Otofaji ile embriyogenez arasında da anlamlı ve pozitif bir ilişki bulunurken (p<0.05), piroptoz ve nekroptoz için ilişkilerin daha sınırlı düzeyde kaldığı belirlenmiştir. Sonuçlar, apoptoz ve otofajinin gelişimsel süreçlerdeki düzenleyici rollerinin daha güçlü biçimde incelendiğini ve bu alanlarda makale sayılarının doygunluğa ulaştığını göstermektedir. Buna karşılık, nekroptoz ve piroptoz ile ilgili yayınların görece daha az olması, bu mekanizmaların daha yakın dönemde tanımlanmış olmasından ve embriyogenezle ilişkilerinin henüz yeterince araştırılmamış olmasından kaynaklanabilir. Çalışma, yalnızca mevcut verilerin küresel dağılımını ortaya koymakla kalmamış; aynı zamanda bilimsel ilginin hangi alanlarda yoğunlaştığını, hangi mekanizmaların görece geri planda kaldığını da göstermiştir. Bu yönüyle araştırma, gelişimsel biyoloji alanında yeni soruların ve hipotezlerin geliştirilmesine katkı sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Programmed cell death is a vital process that ensures cellular balance in multicellular organisms by eliminating unnecessary or damaged cells in a controlled manner. Cell death is generally classified into three main categories: necrosis, characterized by disruption of membrane integrity and mostly associated with pathological conditions; apoptosis, a genetically regulated process; and autophagy, in which the cell degrades its own components for recycling. In addition, necroptosis, a regulated form of cell death that nevertheless induces inflammation, has gained particular importance in the context of cancer and immune responses. In this study, the global distribution of programmed cell death mechanisms in relation to embryogenesis was examined, and the data were elaborated through bioinformatic approaches. Statistical evaluations included correlation analysis, heat mapping, principal component analysis (PCA), and temporal trend assessment, conducted using R software and GraphPad Prism 9.0. The analyses revealed a strong positive correlation between the data related to the article/year ofapoptosis and embryogenesis titles (p<0.01). A significant positive association was also observed between autophagy and embryogenesis (p<0.05), while the correlations for pyroptosis and necroptosis remained more limited. The results indicate that the regulatory roles of apoptosis and autophagy in developmental processes have been more extensively investigated, with publication counts in these areas approaching saturation. In contrast, the relatively lower number of studies on necroptosis and pyroptosis may be attributed to their more recent identification and the limited exploration of their roles in embryogenesis. Overall, this study not only highlights the global distribution of research on programmed cell death mechanisms but also provides insight into the scientific areas of greater interest and those that remain underexplored. In this respect, the findings contribute to the formulation of new questions and hypotheses in developmental biology.
Benzer Tezler
- Lösemide apoptozun prognostik marker olarak kullanılabilirliğinin incelenmesi
Investigation of possibility of apoptosis can use a prognostic marker in leukemia
ESRA GÜREL (BALABAN)
Doktora
Türkçe
2001
Tıbbi Biyolojiİstanbul ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. MAHMUT ÇARİN
- Küçük hücreli dışı akciğer kanserlerinde volümetrik PET-BT (pozitron emisyon tomografisi-bilgisayarlı tomografi) parametreleri ve sistemik enflamasyon indekslerinin (nötrofil/lenfosit oranı (NLR) ve trombosit/lenfosit oranı (PLR)) PD-L1(programlanmış hücre ölüm ligandı-1) ekspresyonu ile ilişkisi: histopatolojik alt tipler (adenokarsinom ve skuamöz hücreli) ve biyopsi kaynağına (primer tümör, lenf nodu, metastaz) göre karşılaştırmalı retrospektif analiz
The relationship between volumetric PET-CT (positron emission tomography/computed tomography) parameters, systemic inflammatory indices (neutrophil-to-lymphocyte ratio [NLR] and platelet-to-lymphocyte ratio [PLR]), and PD-L1 (programmed death-ligand 1) expression in non-small cell lung cancer: A comparative retrospective analysis according to histopathological subtypes (adenocarcinoma and squamous cell carcinoma) and biopsy source (primary tumor, lymph node, and metastasis)
ZELİHA SENA GÜRBÜZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
Göğüs HastalıklarıDokuz Eylül ÜniversitesiGöğüs Hastalıkları Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖKÇEN ÖMEROĞLU ŞİMSEK
- In Vitro Parkinson hastaliği modelinde herpes simpleks glikoprotein b'nin nekroptozis yolaği üzerindeki etkisinin değerlendirilmesi
Evaluation of the effect of herpes simplex glycoprotein b on the necroptosis pathway in In Vitro Parkinson's disease model
BERFU ŞURA GÜNEŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
Farmasötik ToksikolojiHacettepe ÜniversitesiFarmasötik Toksikoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ÜLFET PINAR ERKEKOĞLU
- Schizosaccharomyces pombe'de endoplazmik retikulum stresinin hücresel etkilerinin araştırılması
Investigation of cellular effects of endoplasmic reticulum stress in Schizosaccharomyces pombe
NEZAHAT GÖKÇE ÖZSAMUR
Yüksek Lisans
Türkçe
2020
Genetikİstanbul ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. BEDİA PALABIYIK
- Galleria mellonella (Lepidoptera: Pyralidae) yağ dokusunda programlanmış hücre ölümüne juvenil hormon analogu fenoksikarb'ın etkisinin araştırılması
Investigation of juvenile hormone analogue, fenoxycarb, effect on programmed cell death of fat body in Galleria mellonella (Lepidoptera: Pyralidae)
ESEN POYRAZ TINARTAŞ
Doktora
Türkçe
2018
BiyolojiCelal Bayar ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. KAMİL KOÇ
DOÇ. DR. NESRİN EBRU GÖNCÜ