Türk toplumunda insan mitokondri DNA'sı dizi çeşitliliğinin araştırılması
An Investigation of the human mitochondrial DNA sequence variations in Turkish population
- Tez No: 97781
- Danışmanlar: PROF. DR. CİHAN ÖNER
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2000
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 129
Özet
m ÖZET insan mitokondri DNA'sı (mtDNA) 16,569 baz çifti uzunluğunda, kapalı dairesel, çift zincirli bir moleküldür ve oksidatif fosforilasyon için gerekli protein alt birimlerinden onüçüne ait genler ve bu genlerin ekspresyonu için gerekli rRNA ve 22 adet tRNA genlerini içerir. Çekirdek DNA'sından bağımsız replike olması, maternal kalıtım göstermesi, replikatif segregasyon özelliğine sahip olması, mtDNA'sının eşik değerdeki ekspresyonu ve evrim hızının çekirdek DNA'sından daha fazla olmasından dolayı, mtDNA genetiği çekirdek DNA genetiğinden büyük farklılıklar göstermektedir. Son yıllarda moleküler biyolojide geliştirilen teknikler sayesinde, çekirdek genomu ile çalışmaların yanı sıra mtDNA'sı da çok çalışılmaya başlanmıştır. Bu çalışmalar hem mitokondriyal hastalıklara neden olan mutasyonların saptanması şeklinde, hem de toplumlarda mtDNA'sı üzerindeki polimoriîk nükleotJd dizilerinin araştırılmasına dayanan arkeolojik ve evrimsel çalışmalar şeklinde görülmektedir. Bu tez çalışmasının amacı; 1. pekçok Avrupa, Asya, Afrika ve Amerika toplumunda yapılan ve mtDNA'sının translasyona uğramayan ve mutasyon oranı çok yüksek olan mtDNA D-loop bölgesinde ortaya çıkan dizi çeşitliliğinin araştırılmasını kapsayan çalışmaların Türk toplumunda yapılması ve Türk toplumundaki mtDNA dizi çeşitliliğinin araştırılması, Türk toplumundan elde edilen verilerin diğer toplumlardan elde edilen verilerle karşılaştırılması, 2. mitokondriyal hastalık şüphesi taşıyan kişilerde hastalığa belirli bölgedeki mitokondriyal mutasyonların neden olup olmadığının araştırılmasıdır. Türk toplumundaki mtDNA'sı D-Loop bölgesindeki dizi çeşitliliğinin araştırılması için, Türkiye'nin 5 farklı coğrafik bölgesinden (doğu, batı, güney, orta ve kuzey Anadolu olmak üzere) en az 14'er kişi olmak üzere toplam 75 kişiden alınan örneklerde DNA dizi analizi yöntemi ile mtDNA'sındaki polimorfık noktalar saptanmıştır. D-loop bölgesinde, yaklaşık 600 baz çifti (bç) uzunluğundaki değişken bölgelerin dizi analizi yapılmıştır. Türk toplumuna aitIV Neighbour-Joining filogenetik ağacı PHYLIP 3.5c bilgisayar programında bulunan NEIGHBOUR programı kullanılarak çizilmiştir. Sekanslar arasındaki genetik uzaklık,“Kimura two parameter distance method-Kimura iki parametreli uzaklık metodu”kullanılarak, gruplar arasındaki genetik yapı ise ARLEQUIN paketindeki“Molecular Variance Analysis Programı- Moleküler varyans analiz programı”(AMOVÂ) ile incelenmiştir Yapılan çalışma sonucunda, Türkiye genelinde mtDNA dizi çeşitliliği açısından heterojen bir yapı olduğu gözlenmiştir. Türkiye'deki coğrafik bölgelerde mtDNA D-loop bölgesindeki çeşitlilikte özgüllük görülmemiştir. Hiçbir bölge kendi içinde ayrı bir haplogrup oluşturmamaktadır. Daha önce diğer toplumlar üzerinde yapılan benzer çalışmalara ait sekans verileri ile, Türk toplumundan elde edilen verilerin karşılaştırılması sonucu ise, Avrupa ve Asya kıtalarına özgül olduğu bilinen haplogruplarTürk toplumunda da görülmüştür. Tez kapsamında yapılan diğer çalışmalarda ise mitokondriyal hastalık şüphesi taşıyan kişilere ait örneklerde Polimeraz Zincir Reaksiyonu (Polymerase Chain Reaction-PCR), Restriksiyon Fragment Uzunluk Polimorfizmi (Restriction Fragment Length Polymorphism-RFLP) ve Southern blot teknikleri ile mtDNA mutasyonları taranmıştır. Mitokondriyal hastalık şüphesi taşıyan toplam 95 bireyden alınan kan ve doku örneklerinde Southern blot analizi ile mtDNA delesyonları araştırılmıştır. İncelenen hiçbir hastada mtDNA delesyonuna rastlanmamıştır. Ayrıca diyabet hastalığı ile ilişkili olduğu bilinen mtDNA tRNALeu geninin 3243. pozisyonunda ortaya çıkan A-^G mutasyonu PCR ve RFLP teknikleri kullanılarak araştırılmıştır. Tez çalışması kapsamında 53 insüline bağımlı olmayan (NIDDM) ve 47 insüline bağımlı olan (IDDM) diyabetli hastaya ait DNA örnekleri mtDNA 3243 A-»G mutasyonu ve 10.5 kb'lık delesyon açısından taranmıştır, incelenen örneklerde söz konusu mutasyonların bulunmaması, Türk toplumunda gözlenen Diabetes mellitus hastalığının etiyopatolojisirıde mtDNA 3243 A-*G mutasyonu ve 10.5 kb'lık delesyonun bir rolü olmadığı sonucunu ortaya çıkarmıştır.
Özet (Çeviri)
ABSTRACT Human mitochondrial DNA (mtDNA) is a double stranded, closed circular molecule of 16,569 base pair in length and contains 13 genes coding for protein subunits which are necessary for oxidative phosphorylation and rRNA and 22 tRNA genes which are necessary for expression. Mitocohndria! DNA genetics differs from nuclear DNA with its independent replication, maternal inheritance, replicative segregation, threshold expression and faster evolution rate than nuclear DNA. In recent years due to the techniques developed in molecular biology, the studies on mitochondrial DNA (mtDNA) as well as nuclear DNA have increased with utmost interest. These studies have been concentrated on both the identification of mtDNA mutations causing mitochondrial diseases and evolution of the population genetics and archeological studies based on the polymorphic nucleotide changes. The aim of this study was; 1. to detect polymorphic sequence variations of the non-coding D-loop region of the mtDNA which is characterized with the high mutation rate in Turkish population and also to compare the results obtained from the mtDNA gene pool of Turkish population to the various European, Asian, African and American populations. 2. to screen the notorious mitochondrial gene mutations in the patients who are suspected having the mitochondrial diseases. Total of 75 DNA samples from the individuals whose at least 14 of than from 5 different geographical regions of Turkey (eastern, western, northern, southern and central part of Turkey) have been sequenced to determine the nucleotide differences in the D-loop region of mtDNA in Turkish population. Sequencing region was limited for approximately 600 bp hypervariable regions of D-loop. The Neighbour-Joining tree of Turkish poulation was performed by using the NEIGHBOUR programme in PHYLIP 3.5c computer programme. Genetic distances between the sequences were calculated by“Kimura two parameterVI distance method”and genetical structures of the groups were analyzed by“Molecular Variance Analysis Programme”(AMOVA) in ARLEQUIN computer programme. This study indicated the presence of the heterogenous distrubiton of the mitochondrial genetic variations throughout Turkey. There is no genomic differentiation between the geographic regions of Turkey. None of the regions have their own specific haplotypes. Comparing the data obtained from Turkish population to the previous studies those were performed on the other populations has shown that Turkish population has close similarity to mitochondrial genetic structures observed in both European and Asian populations. The haplogroups which are specific for the European and Asian groups are also seen in Turkish population. In this study, the screening of the known mtDNA mutation was performed by using PCR, RFLP, and Soutiiern blot hybridization techniques. Total of 95 blood and tissue samples from the individuals who are suspected having the mitochondrial diseases were evaluated. Any mutation was not detected in any of the studied samples. The mtDNA 3243 A-»G mutation which is attributed to the Diabetes mellitus was also investigated by using PCR and RFLP techniques. We have screened 53 patients with non- insuline-dependent-diabetes mellitus (type II, NIDDM) and 47 patients with insuline- dependent-diabetes mellitus (type I, IDDM) for this mutation and also for 10.5 kb deletion. The absence of these mutations in all studied patients with Diabetes mellitus supports the evidence that there is no significant relation between the mtDNA mutations and Diabetes mellitus.
Benzer Tezler
- Mobil telefon kullanımına bağlı oluşan 900-1800 mhz radyo frekans dalgalarının meydana getirdiği elektromanyetik alanın iliak kanat kemik mineral yoğunluğuna etkisi
The effect of electromagnetic fields on bone mineral density of iliac bone produced by 900-1800 mhz radio frequency waves dependent on cellular phone usage
BEŞİR ANDAÇ AKSOY
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2006
Ortopedi ve TravmatolojiSüleyman Demirel ÜniversitesiOrtopedi ve Travmatoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. NEVRES HÜRRİYET AYDOĞAN
- Tekrarlayan vulvovajinal kandida enfeksiyonlarında insan dectin-1 gen mutasyonu
The role of human dectin-1 y238x gene mutation in recurrent vulvovaginal candidiasis infections
BETÜL USLUOĞULLARI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2013
Kadın Hastalıkları ve DoğumTurgut Özal ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HASAN KAFALI
- Türk Anayasalarında yer alan temel hak ve hürriyetler açısından insan
Human by the terms of fundamental rights and freedom covered in Turkish constitutions
VEDAT DOĞAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2006
HukukYüzüncü Yıl ÜniversitesiEğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NECMETTİN TOZLU
- The Origins and structures of Y-chromosome variation in the Turkish population
Türk toplumunda Y-kromozomu çeşitliliğinin kökeni ve yapısı
HAMDİ JARJANAZİ
Doktora
İngilizce
1999
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. S. HANDE ÇAĞLAYAN
- Türk toplumunda obez hastalarda melanokortin-4 reseptör (MC4R) gen mutasyonlarının araştırılması
Başlık çevirisi yok
MEHMET MERGEN