Transcriptomic analysis of the effect of trail on human macrophages in inducing T and NK cell activation and recruitment
İnsan makrofajlarında Trail'in T ve NK hücre aktivasyonu ve göçünü indüklemedeki etkisinin transkriptomik analizi
- Tez No: 988636
- Danışmanlar: DOÇ. DR. DUYGU SAĞ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Allerji ve İmmünoloji, Genetik, Biology, Allergy and Immunology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Dokuz Eylül Üniversitesi
- Enstitü: İzmir Uluslararası Biyotıp ve Genom Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
TNF ilişkili apoptoz indükleyici ligand (TRAIL), DR4 ve DR5 reseptörlerine bağlanarak hücre içinde apoptoz veya hayatta kalma sinyallerini başlatabilir. Araştırma grubumuz daha önce TRAIL'in insan makrofajlarını pro-inflamatuvar, M1-benzeri bir fenotipe yönlendirdiğini göstermiştir. Ancak bu fenotipin, T ve NK hücrelerinin aktivasyonu ve göçü gibi fonksiyonel sonuçlara yansıyıp yansımadığı hâlâ net değildir. Bu nedenle, bu çalışma TRAIL'in insan makrofajlarının T ve NK hücrelerini ortama çekme ve aktive etme kapasitesi üzerindeki etkisini transkriptomik düzeyde incelemeyi amaçlamaktadır. Primer insan monositlerinden türetilen makrofajlar, belirlenen sürelerde 200 ng/mL çözünür TRAIL ile uyarılmıştır. T ve NK hücre kemotaksisi ve aktivasyonu ile ilişkili diferansiyel gen ekspresyonları RNA dizileme (RNA-seq) ile belirlenmiş, mRNA düzeyindeki değişiklikler qPCR ile doğrulanmış ve protein düzeyi analizleri akış sitometrisi ile değerlendirilmiştir. TRAIL uygulaması sonucunda transkriptomik düzeyde CCL3, CCL4, CCL8, ICAM-1, RSAD2, CCL19 ve IL-18 genlerinin ekspresyonu artmıştır. qPCR analizleri, CCL3, CCL4, CCL8 ve ICAM-1 genlerinin anlamlı şekilde yükseldiğini doğrulamıştır. Buna karşın RSAD2 gen ekspresyonu azalmış; IL-18 ve CCL19 için ise istatistiksel olarak anlamlı bir değişim gözlenmemiştir. Protein düzeyinde, CCL4 ekspresyonu belirgin şekilde artarken, CCL3 protein düzeyleri tüm donörlerde tutarlı bir artış göstermemiştir. Bu durum, post-transkripsiyonel düzenlemeler, protein stabilitesi veya sekresyon dinamikleri ile ilişkili olabilir. Sonuç olarak, TRAIL insan makrofajlarında CCL3 ve CCL4 artışıyla karakterize edilen pro-inflamatuvar bir fenotip oluşturmakta ve T ile NK hücrelerinin kemotaksisi ve aktivasyonunu destekleyebilmektedir. Bu bulgular, TRAIL'in makrofaj aracılı immün yanıtları şekillendirebilen immünomodülatör bir rolü olabileceğini ve inflamasyon ile anti-tümör bağışıklığı açısından önemli bir molekül olduğunu göstermektedir.
Özet (Çeviri)
TNF-related apoptosis-inducing ligand (TRAIL) can trigger either apoptotic or survival pathways through its receptors DR4 and DR5. Our research group has previously demonstrated that TRAIL drives human macrophages toward a pro-inflammatory M1-like phenotype. However, it remains unclear whether this phenotype translates into functional outcomes, such as the activation and recruitment of T and NK cells. Therefore, this study aims to investigate the effect of TRAIL on the ability of human macrophages to recruit and activate T and NK cells at the transcriptomic level. Primary human monocyte-derived macrophages were stimulated with 200 ng/mL soluble TRAIL for defined time intervals. Differentially expressed genes related to T and NK cell chemotaxis and activation were identified using RNA sequencing, validated at mRNA level by qPCR, and further examined at protein level using flow cytometry. TRAIL stimulation increased the expression of CCL3, CCL4, CCL8, ICAM-1, RSAD2, CCL19, and IL-18 at the transcriptomic level. qPCR confirmed significant upregulation of CCL3, CCL4, CCL8, and ICAM-1, whereas RSAD2 was downregulated, and IL-18 and CCL19 showed no statistically significant change. At protein level, CCL4 expression was significantly elevated, whereas CCL3 protein levels did not consistently increase across all donors, likely due to post-transcriptional regulation, protein stability, or secretion dynamics. In summary, TRAIL induces a pro-inflammatory phenotype in human macrophages, characterized by enhanced CCL3 and CCL4 expression, potentially promoting the chemotaxis and activation of T and NK cells. These findings suggest an immunomodulatory role of TRAIL in shaping macrophage-driven immune responses and highlight its relevance in inflammation and anti-tumor immunity.
Benzer Tezler
- Transcriptomic analysis of the effect of DR4/5 death receptor activation on the differentiation of primary human monocytes to M1 macrophages
Ölüm reseptörü aktivasyonunun primer insan monositlerinin M1 makrofajlarına dönüşmesine etkisinin transkriptomik analizi
AYŞENUR ÖNER
Yüksek Lisans
İngilizce
2022
Allerji ve İmmünolojiDokuz Eylül ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DUYGU SAĞ
- Transcrıptomıc analysıs of the molecular mechanısm of traıl-medıated m1 polarızatıon ın human macrophages
İnsan makrofajlarında traıl kaynaklı m1 polarizasyonunun moleküler mekanizmasının transkriptomik analizi
SERHAT SONGÖREN
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiGenom Bilimleri ve Moleküler Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. DUYGU SAĞ
- Seçilmiş yerel buğday çeşitlerinin karşılaştırmalı transkriptomik analizi ve çinko uygulamasının bazı enzim genlerinin ifade düzeyine olan etkisi
Comparative transcriptome analysis of selected local wheat varieties and effects of zinc treatment on expression levels of some enzyme genes
AYŞEGÜL BİLGE UĞUZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Gıda MühendisliğiHacettepe ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. REMZİYE YILMAZ
DR. AYTEN SALANTUR
- Molecular characterization of silver-resistant Saccharomyces cerevisiae
Gümüş stresine dirençli Saccharomyces cerevisiae'nin moleküler karakterizasyonu
ERGİ TERZİOĞLU
Doktora
İngilizce
2021
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. ZEYNEP PETEK ÇAKAR
PROF. DR. CENK SELÇUKİ
- Aksolotl kol rejenerasyonu alanında mikrobiyota ve transkriptom verisinin madenciliği vasıtasıyla yeni aday biyobelirteçlerin keşfi
Discovery of novel candidate biomarkers in the field of axolotl limb regeneration through mining of axolotl microbiota and transcriptome data
MUHAMMED MUSTAFA ÖGDÜR
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
Biyoistatistikİstanbul Medipol ÜniversitesiSağlık Sistemleri Mühendisliği Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DR. ÖĞR. ÜYESİ KIVANÇ KÖK