Geri Dön

Akvaryum suyu kökenli citrobacter freundii izolatlarının fenotipik ve moleküler karakterizasyonu

Phenotypical and molecular characterization of citrobacter freundi̇i̇ isolates of aquarium water origin

PDF İndir

  1. Tez No: 989593
  2. Yazar: ŞENOL BASTEM
  3. Danışmanlar: PROF. DR. ERTAN EMEK ONUK
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Veteriner Hekimliği, Su Ürünleri, Microbiology, Veterinary Medicine, Aquatic Products
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2025
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Su Ürünleri Hastalıkları Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Su Ürünleri Hastalıkları Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Citrobacter cinsi, Enterobacteriaceae familyasına ait Gram negatif, fakültatif anaerobik bakterilerden oluşmaktadır. C. freundii, bu cinsin en yaygın görülen fırsatçı patojeni olup hem insanlarda hem de hayvanlarda önemli enfeksiyonlara neden olabilmektedir. Bu çalışmanın amacı, Samsun ilindeki akvaryum işletmelerinden izole edilen C. freundii suşlarının biyokimyasal, fenotipik ve moleküler özelliklerini ayrıntılı biçimde ortaya koymaktır. Bu kapsamda, 2024 yılında Samsun ilinde ticari akvaryum işletmelerinden toplanan akvaryum suyu örneklerinden elde edilen toplam 11 Citrobacter izolatı kullanılmıştır. İzolatların ön tanımlaması MALDI-TOF MS yöntemi ile yapılmıştır. Kesin tür tayini Oxford Nanopore PromethION platformunda tüm genom sekans analizi (Whole Genome Sequencing, WGS) ile gerçekleştirilmiştir. İzolatların virülans faktörleri VFDB (Virulence Factor Database), antimikrobiyal direnç genleri ise CARD (Comprehensive Antibiotic Resistance Database) aracılığıyla belirlenmiştir. Fenotipik karakterizasyon API 20E test sistemi kullanılarak gerçekleştirilmiştir. MALDI-TOF MS analizi sonucunda 11 izolat C. freundii olarak tanımlanmıştır. Ancak, WGS analizi sonucu 11 izolattan 7'si C. freundii, 4'ü ise C. portucalensis olarak identifiye edilmiştir. Bu sonuç, MALDI-TOF MS'in yakın akraba türleri ayırt etmede sınırlı kalabildiğini göstermiştir. C. freundii izolatlarının 25 ile 32 arasında değişen sayıda AMR genine sahip olduğu belirlenmiştir. Tüm izolatlar temel direnç çekirdeğini oluşturan 21 adet ortak AMR genine sahip olduğu belirlenmiştir. T3DYS izolatı aminoglikozit, rifamisin, sülfanamid ve dezenfektan direnci ile ilişkili yalnızca kendisinde bulunan benzersiz genler içermektedir. Virülans analizi ile izolatların 37 ile 40 arasında değişen sayıda virülans genine sahip olduğu ortaya konulmuştur. T3DYS izolatı diğer izolatlardan farklı olarak efektör taşınım sistemi ile ilişkili genleri ve regülasyon genlerini taşımaktadır. API 20E test sonuçlarına göre tüm izolatlar C. freundii'nin karakteristik biyokimyasal profilini göstermiştir. Bu çalışma, Türkiye'de akvaryum kaynaklı C. freundii izolatlarının genomik düzeyde incelendiği ilk kapsamlı araştırmadır. Elde edilen bulgular, akvaryum işletmelerinde düzenli mikrobiyolojik izleme yapılmasının, hijyen uygulamalarının iyileştirilmesinin ve antibiyotik kullanımının kontrol altına alınmasının gerekli olduğunu ortaya koymaktadır. Ayrıca izolatlarda belirlenen çoklu ilaç direnci hem akvaryum sektörü hem de halk sağlığı açısından önemli bir risk faktörüdür.

Özet (Çeviri)

The genus Citrobacter consists of Gram-negative, facultatively anaerobic bacteria belonging to the Enterobacteriaceae family. C. freundii is the most common opportunistic pathogen of this genus and can cause significant infections in both humans and animals. The aim of this study was to detailed the biochemical, phenotypic, and molecular characteristics of C. freundii strains isolated from aquarium businesses in Samsun province. In this context, a total of 11 Citrobacter isolates obtained from aquarium water samples collected from commercial aquarium businesses in Samsun province in 2024 were used. The isolates were preliminary identified using MALDI-TOF MS. Definitive species identification was achieved using whole genome sequencing analysis (WGS) on the Oxford Nanopore PromethION platform. Virulence factors of the isolates were identified using the VFDB (Virulence Factor Database), and antimicrobial resistance genes were identified using the CARD (Comprehensive Antibiotic Resistance Database). Phenotypic characterization was performed using the API 20E test system. MALDI-TOF MS analysis identified 11 isolates as C. freundii. However, WGS analysis identified 7 of the 11 isolates as C. freundii and 4 as C. portucalensis. This result demonstrates that MALDI-TOF MS has limited ability to distinguish closely related species. C. freundii isolates were found to possess a number of AMR genes ranging from 25 to 32. All isolates were found to share 21 common AMR genes, which constitute the core resistance core. The T3DYS isolate contains unique genes associated with aminoglycoside, rifamycin, sulfonamide, and disinfectant resistance. Virulence analysis revealed that the isolates possess a number of virulence genes ranging from 37 to 40. Unlike other isolates, the T3DYS isolate carries genes associated with the effector transport system and regulatory genes. According to API 20E test results, all isolates exhibited the characteristic biochemical profile of C. freundii. This is the first comprehensive study in Turkey to examine C. freundii isolates from aquariums at the genomic level. The findings demonstrate the need for regular microbiological monitoring, improved hygiene practices, and controlled antibiotic use in aquarium facilities. Furthermore, the multidrug resistance identified in the isolates poses a significant risk to both the aquarium industry and public health.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    382239

    In vitro kuşullarda akvaryum bitkisi Shinnersia rivularis'in çoğaltımı

    In vitro propagation of aquarium plant Shinnersia rivularis

    ESRA KAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2015

    BiyolojiKaramanoğlu Mehmetbey Üniversitesi

    Biyoloji Bölümü

    PROF. DR. MEHMET KARATAŞ

  2. Tez No

    119659

    Mimarlıkta su öğesi ve akvaryum yapıları

    Water in architecture and modern public aquariums

    SELCEN DOĞAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2002

    MimarlıkDokuz Eylül Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. İLKİM KAYA

  3. Tez No

    703715

    Hercai menekşenin (Viola tricolor) gelişim ve kalite parametreleri üzerine farklı konsantrasyonlardaki akvaryum suyunun etkisi

    The impact of aquarium water at different concentrations on growth and quality parameters of pansies (Viola tricolor)

    YEŞİM KARAKAYA

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Peyzaj MimarlığıÇankırı Karatekin Üniversitesi

    Peyzaj Mimarlığı Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ NURAY ÇİÇEK

  4. Tez No

    424471

    Deniz anemonlarının genel özellikleri ve Actinia equina türünün kültüre alınması

    General information about sea anemones and cultivation of Actinia equina

    FATİH MEHMET MAVİ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Su ÜrünleriSinop Üniversitesi

    Su Ürünleri Yetiştiriciliği Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. MUSTAFA ORHAN ARAL

  5. Tez No

    299095

    Arsenic removal from drinking waters by electrocoagulation and filtration

    İçme sularından elektrokoagülasyon ve filtrasyonla arsenik giderimi

    CEREN UÇAR

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2011

    Çevre MühendisliğiDokuz Eylül Üniversitesi

    Çevre Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYŞEGÜL PALA

Geri Dön