Bağlanma modlarının eldesiyle öncü bileşik keşfine yönelik sanal tarama iş akışı oluşturulması
Designing a virtual screening workflow for lead compound discovery by eliciting binding modes
- Tez No: 990083
- Danışmanlar: PROF. DR. TUNCA DOĞAN, DR. ÖĞR. ÜYESİ ABDURRAHMAN OLĞAÇ
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Eczacılık ve Farmakoloji, Bilgisayar Mühendisliği Bilimleri-Bilgisayar ve Kontrol, Pharmacy and Pharmacology, Computer Engineering and Computer Science and Control
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
- Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoinformatik Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
- Bilim Dalı: Biyoinformatik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İlaç etken maddelerinin keşif ve geliştirilmesine yönelik yürütülen çalışmalarda en kritik aşamalardan biri, ilgili bileşiğin moleküler seviyede hedefe bağlanmaya yönelik farmakodinamik özelliklerinin belirlenmesi ve iyileştirilmesidir. Bu nedenle hedef proteinlerin moleküler düzeyde tanınması ve bağlanması, bileşik geliştirme çalışmalarının merkezinde yer alır. Fizik temelli yaklaşımlar uzun yıllardır temel araçlar arasında yer alırken, yapay zekâdaki gelişmeler bu alandaki ilerlemeyi hızlandırmıştır. Bu çalışma kapsamında, uygun farmakodinamik ve farmakokinetik özellikler taşıması beklenen, sentetik olarak türevlendirilebilir yeni öncü moleküllerin fizik temelli ve yapay zekâ güdümlü sanal tarama yaklaşımlarıyla belirlenmesini sağlayan bir iş akışı oluşturulmuş ve uygulanmıştır. Süreç boyunca hedefe özgü bağlanma özelliklerini değerlendirmeye yönelik modeller geliştirilmiş ve sanal tarama akışları optimize edilmiştir. Taramalar sonucunda elde edilen aday bileşiklerin hedefle yapısal uyumu, bağlanma kararlılığı ve etkileşim dinamikleri ise moleküler dinamik temelli değerlendirmeler, bağlanma enerjisi analizleri ve protein-ligand birlikte katlanma davranışını inceleyen ek yapısal doğrulama adımlarıyla desteklenmiştir. Ardından hedef olarak belirlenmiş çözünebilir epoksit hidrolaz için en umut verici aday bileşikler seçilmiş ve biyolojik deneyler ile değerlendirilerek hesaplamalı iş akışının tahmin gücü doğrulanmıştır. Çalışma sonucunda literatürde yer almayan, ilaç benzeri özellikler taşıyan ve fikri sınai mülkiyet haklarının korunmasına uygun yeni kemotipler elde edilmiştir. Ayrıca geliştirilen yaklaşımın farklı biyolojik hedeflere uyarlanabilir nitelikte olduğu ve çok yönlü yeni araştırmalara temel oluşturabileceği gösterilmiştir.
Özet (Çeviri)
In drug discovery and development, one of the most critical stages is to determine and improve the pharmacodynamic properties of a compound, particularly its ability to recognize and bind the intended target at the molecular level. Accordingly, molecular-level target recognition and binding of proteins lie at the core of lead identification and optimization. While physics-based methods have long served as foundational tools, advances in artificial intelligence have accelerated progress in this domain. In this study, a comprehensive workflow was designed and implemented to identify novel, synthetically derivatizable lead molecules expected to exhibit favourable pharmacodynamic and pharmacokinetic profiles, using a combination of physics-based and AI-driven screening strategies. Throughout the process, target-specific models were developed to assess binding characteristics, and virtual screening pipelines were iteratively optimized. For the candidate compounds emerging from screening, structural compatibility with the target, binding stability, and interaction dynamics were further supported through molecular dynamics–based evaluations, binding energy analyses, and additional structural validation steps examining protein–ligand co-folding behavior. Subsequently, the most promising candidates against the selected target, soluble epoxide hydrolase, were prioritized and evaluated in biological experiments, thereby validating the predictive power of the proposed workflow. As an outcome, previously unreported chemotypes with drug-like properties were identified, suitable for protection under intellectual property frameworks. The study also demonstrated that the proposed approach is adaptable to other biological targets and can serve as a basis for future research.
Benzer Tezler
- Investigation of gearbox noise and comparison of varying transfer path analysis methods
Şanzıman sesinin incelenmesi ve çeşitli iletim yolu analiz yöntemleriyle karşılaştırılması
MUSTAFA TOSUN
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Makine Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İSMAİL AHMET GÜNEY
- Bağlanma ile mükemmeliyetçi yapı arasında şema modlarının aracılık rolü
The mediating role of schema modes between attachment and perfectionism
HAYRETTİN IRMAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Psikolojiİstanbul Rumeli ÜniversitesiKlinik Psikoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜLİN GÜNERİ YÜCEULUĞ
- Metakrilat esaslı kanal dolgu patının koronal mikrosızıntısının ve kök kanalına bağlanma dayanımının in vitro koşullarda incelenmesi
An investigation of coronal microleakage and bond strength of methacrylate based canal sealer to root canal under in vitro conditions
ZEYNEL EMRE NAGAŞ
- Laminat vener restorasyon yapımında kullanılan farklı yüzey pürüzlendirme işlemleri uygulanmış CAD/CAM materyallerinin mineye olan makaslama bağlanma dayanımı
The effect of various surface treatments for laminate veneer indicated CAD/CAM block materials of feldspathic, nanocomposite and hybrid ceramic on shear bond strength to enamel
YUSUF EMRE MERAL
- Yeni nesil kendinden adeziv kaplanmış metal braketlerde led ışık cihazının farklı ışık güçlerinin bağlanma dayanımı üzerine etkisi
The effect of different light powers of led light device on bond strength of new generation self-adhesive coated metal brackets
MUHAMMED VELİ ALPARSLAN
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2022
Diş HekimliğiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiOrtodonti Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ZEYNEP ÇOBAN BÜYÜKBAYRAKTAR