Geri Dön

Quantitative changes in repetitive DNA elements during replicative senescence of human mammary epithelial cells

İnsan meme epitel hücrelerinin replikatif senesensi sırasında tekrarlayan DNA elementlerindeki nicel değişimler

PDF İndir

  1. Tez No: 990567
  2. Yazar: BÜŞRANUR ÇELTİK
  3. Danışmanlar: DOÇ. DR. CİHANGİR YANDIM
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Moleküler Tıp, Genetik, Biology, Molecular Medicine, Genetics
  6. Anahtar Kelimeler: Biyoinformatik, DNA dizileme, DNA-satellit, Hücre yaşlanması, Mikrosatelitler, Retrotranspozon, Bioinformatics, DNA sequencing, DNA-satellite, Cellular senescence, Microsatellites, Retrotransposon
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: İzmir Ekonomi Üniversitesi
  10. Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Tekrarlayan DNA, insan genomunun yaklaşık yarısını oluşturur ve yaşlanma boyunca yapısal değişiklikler geçirdiği bilinmektedir. Bu değişiklikler kanser dahil birçok hastalıkla ilişkilendirilmiştir. Bazı tekrar ailelerinde yaşa bağlı ekspresyon ve kopya sayısı farklılıkları bildirilmiş olsa da hücresel senesens sırasında tekrarlayan DNA'daki nicel değişimlerin kapsamı sistematik olarak araştırılmamıştır. Özellikle epitel hücrelerinde tekrarlayan element dinamiklerinin yaşlanmaya veya kanserleşmeye nasıl katkı sağlayabileceği hâlen belirsizdir. Bu çalışma, replikatif senesensin insan epitel hücrelerinde tekrarlayan elementlerde ölçülebilir değişikliklere yol açıp açmadığını incelemek amacıyla tasarlanmıştır. Bu doğrultuda, genç ve senesens durumundaki HMEC örneklerinin genomik değişimlerini değerlendirmek için kısa-okuma tam genom dizileme kullanılmıştır. Satelit DNA hem de novo kümelendirme yöntemi hem de okuma-haritalama temelli analizlerle incelenmiştir. Senesens sırasında nicel değişim gösteren birkaç aday satelit tekrar saptandı; ancak ALR_alpha, tüm örneklerde tutarlı biçimde artan tek satelit ailesi olup, bu yönüyle ortak ve özellikle dikkat çekici bir tekrar olarak öne çıktı. Diğer satelitler ise örnekler arasında değişken desenler sergilemiştir. STR analizi, yaşlanma sürecinde tekrar uzunluğu değişen lokuslarla örtüşen belirli gen gruplarını ortaya koymuş ve gen zenginleştirme analizi bu genlerin gelişimsel ve yapısal süreçlerle ilişkili olduğunu göstermiştir. Transpozon eklenmesi analizi ise senesense özgü bir mobilizasyon olmadığını ortaya koymuştur. Bu bulgular, bazı tekrarların senesensle ilişkili olabileceğini ve küçük genomik değişikliklerin dahi epitel yaşlanması üzerinde önemli biyolojik etkiler yaratabileceğini düşündürmektedir. Sonuçlar, senesens ve erken karsinogenez arasındaki olası bağlantılara işaret etmektedir. Gelecek çalışmalarda istatistiksel gücü artırmak için daha geniş örneklem gruplarına ve tekrarlayan elementlerin daha doğru çözümlenmesini sağlayacak uzun-okuma dizileme teknolojilerine ihtiyaç vardır.

Özet (Çeviri)

Repetitive DNA, which makes up nearly half of the human genome, is known to undergo structural changes during aging, and these alterations have been associated with various diseases, including cancer. For certain repeat families, age-related variation has been observed both at the expression level and in copy number, particularly in the context of cancer and other age-associated disorders. However, global quantitative changes in repetitive DNA during cellular senescence have not been systematically examined. Moreover, no comprehensive study has explored how repetitive element dynamics in epithelial cells may contribute to age-related genomic alterations or cancer development. Based on this gap, the present work investigates whether replicative senescence leads to quantitative changes in repetitive elements within human epithelial cells. In this thesis, short-read whole-genome sequencing was used to characterize genome-wide changes in HMECs as they progressed from young to replicative senescence state. Satellite DNA was evaluated using both de novo clustering and read-mapping–based quantification. Several candidate satellite repeats showed quantitative changes during senescence; however, ALR_alpha was the only satellite family that consistently increased across all samples, making it a shared and particularly noteworthy repeat. Some other satellites exhibited non-parallel, sample-dependent patterns. STR analysis identified a set of genes consistently overlapping STR loci that showed repeat-length variation during aging. Gene enrichment analysis indicated that these STR-associated genes participate in developmental and structural pathways. In addition, transposable element insertion analysis did not reveal any senescence-specific TE mobilization. These results suggest that certain repeats may be characteristic of senescence, and that even very small alterations within these elements could have meaningful biological consequences. Such changes may potentially be linked to both the senescence process itself and early steps of carcinogenesis. Future studies will require larger cohorts to strengthen statistical significance and validate these observations, as well as long-read sequencing approaches to more accurately resolve and characterize repetitive elements.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    531377

    Pseudomonas aeruginosa kökenlerinde lipid metabolizması ve antibiyotik direncinde rol alan ACPP ve mMEXA genlerinin antisens oligonükleotitler ile susturulması

    Silencing acpp and MEXA genes which take part in lipid metabolism and antibiotic resistance in pseudomonas aeruginosa isolates BY antisense oligonucleotids

    YAMAÇ TEKİNTAŞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2018

    MikrobiyolojiEge Üniversitesi

    Farmasötik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MİNE HOŞGÖR LİMONCU

  2. Tez No

    661808

    Depresyonda TMU öncesi ve sonrası farklılıkların analizi

    Analysis of differences before and after TMS in depression

    RAHİME TUNCEL

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    NörolojiÜsküdar Üniversitesi

    Nörobilim Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. TÜRKER TEKİN ERGÜZEL

  3. Tez No

    114998

    Assessment and monitoring of environmental impacts in Eynez Surface Coal Mine by using remote sensing

    Eynez Açık Ocağının çevresel etkilerinin uzaktan algılama kullanılarak değerlendirilmesi ve izlenmesi

    EMİN ORÇUN MENGENLİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2001

    Maden Mühendisliği ve MadencilikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Maden Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ERDAL ÜNAL

  4. Tez No

    953836

    Türk ve göçmen ortaokul öğrencilerinde zorbalık: Duygusal ve davranışsal problemler ile yaşam doyumunun rolü

    Bullying in Turkish and immigrant secondary school students: The role of emotional and behavioral problems and the satisfaction with life

    HİLAL YAZICI

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2025

    PsikolojiTrabzon Üniversitesi

    Eğitim Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞE KALYON

  5. Tez No

    235614

    Türkçe derslerinde (1-5. sınıflar) metin işleme sürecinin değerlendirilmesi

    Evaluation of the process of teaching a text in turkish lessons (1st to 5th grade)

    MURAT ALKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2009

    Eğitim ve ÖğretimMustafa Kemal Üniversitesi

    Türkçe Eğitimi Ana Bilim Dalı

    YRD. DOÇ. DR. EYYUP COŞKUN

Geri Dön