Gut microbiota composition in COVID-19 survived patients
COVID-19 hayatta kalmış hastalarda bağırsak mikrobiyota kompozisyonu
- Tez No: 991371
- Danışmanlar: PROF. DR. FARUK SÜZERGÖZ
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Harran Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Önerilen doktora araştırması, COVID-19'u atlatmış hastaların bağırsak mikrobiyotasındaki kronik değişiklikleri, cinsiyete bağlı farklılıklar ve post-akut COVID-19 sendromu (PACS) ile ilişkileri bağlamında incelemektedir. Çalışma, COVID-19'u atlatmış 30 bireyin (21 kadın, 9 erkek) dışkı örnekleri ile eşleştirilmiş 10 sağlıklı bireyin dışkı örneklerini kullanarak, bakteri kültürü, 16s rRNA dizilemesi ve metagenomik yaklaşımlar gibi çeşitli yöntemlerle Irak'ın Erbil kentinde karşılaştırmalı olarak analiz etmiştir. Elde edilen bulgular, COVID-19'u atlatan bireylerin enfeksiyondan üç ay sonra dahi bağırsak disbiyozisini sürdürdüklerini ortaya koymuştur. Bu bireylerde alfa çeşitliliği (Shannon indeksi: 3.1 vs. 4.2, p < 0.001) anlamlı derecede daha düşük bulunmuş, bu da tür çeşitliliği ve eşitliğinin azaldığını göstermektedir. Beta çeşitliliğindeki değişimler ise kontrol ve hasta grupları arasında anlamlı farklılık göstermiş ve bu farklılıklar cinsiyete göre belirgin örüntüler sergilemiştir. Yararlı mikroorganizmaların (ör. Faecalibacterium prausnitzii) düzeyi anlamlı şekilde azalmış (2.8 kat, p = 0.003), buna karşılık pro-inflamatuvar mikroorganizmalar (erkeklerde Prevotella copri, kadınlarda Bifidobacterium pseudocatenulatum) artış göstermiştir. PICRUSt2 fonksiyonel tahminleri, özellikle karbonhidrat metabolizmasının baskılanması gibi cinsiyete özgü metabolik anormallikleri ortaya koymuş ve bu bulgular, glukoz intoleransı gibi uzun COVID etkileriyle ilişkilendirilmiştir. Ayrıca çalışma, PACS için aday biyobelirteç olarak iki yeni ekolojik ölçüt önermektedir: bimodal sıralı-bolluk dağılımı ve orta eğri tükenmesi. Mikrobiyal dengesizlik ile gastrointestinal semptomlar arasında güçlü bir ilişki (r = 0.72, p = 0.008) saptanmış ve bu durum, bağırsak mikrobiyotasının post-COVID sorunlardaki rolünü desteklemiştir. Belirgin cinsiyete bağlı mikrobiyal farklılıklar nedeniyle, bu çalışma, hassas probiyotikler ve kişiselleştirilmiş diyetler gibi cinsiyete özgü mikrobiyom temelli tedavilerin gerekliliğini vurgulamaktadır. Nedensel ilişkilerin ortaya konması ve klinik uygulamalara yönelik içgörülerin geliştirilmesi açısından uzunlamasına ve çoklu-omik çalışmaların yürütülmesi önerilmektedir.
Özet (Çeviri)
The proposed doctoral research examines the chronic changes in the intestinal microbiome of patients with COVID-19 survivors with attention to their sex-dependent differences and associations with post- acute COVID-19 syndrome. The study used stool samples of 30 COVID-19 recovered (21 female, 9 male) and 10 matched healthy individuals and compared them using various methods such as bacteria culture, 16s rRNA sequencing, and a metagenomics approach in Erbil, Iraq. Findings showed that COVID-19 survivors maintain gut dysbiosis three months after infection. The survivors had much lower alpha-diversity (Shannon index 3.1 vs. 4.2, p < 0.001), meaning that they had fewer species and lower equality. Shifts in beta-diversity were significantly different between control and survivor groups, with appreciable patterns of sex. The beneficial microbes (Faecalibacterium prausnitzii) were reduced significantly (2.8-fold, p = 0.003), whereas pro- inflammatory microbes (Prevotella copri in case of males and Bifidobacterium pseudocatenulatum in case of females) were augmented. PICRUSt2 functional predictions showed sex dissimilar metabolic abnormalities, such as inhibited carbohydrate metabolism, which could be associated with long COVID effects such as glucose intolerance. The paper has also suggested new ecological measures--bimodal rank-abundance and midcurve depletion-- as a candidate with post- acute COVID-19 syndrome biomarker. Close relations (r = 0.72, p = 0.008) between microbial imbalance and gastrointestinal symptoms also underpinned the role of the gut in post-COVID issues. Because of evident sex-related microbial differences, the given study underlines the necessity of gender-specific microbiome therapies, such as precision probiotics and personalized diets. Longitudinal and multi-omics studies may help to define causal relationships and provide insights into clinical approaches to dealing with post- acute COVID-19 syndrome.
Benzer Tezler
- COVİD-19 hastalarının bağırsak mikrobiyota profillerinin araştırılması
Investigation of gut microbiota profiles of COVİD-19 patients
HATİCE ERDEM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
MikrobiyolojiSelçuk ÜniversitesiTıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. UĞUR ARSLAN
- A probabilistic assessment of SARS-CoV-2 host interactions in the context of meta-community and urban ecology
Meta-topluluk ve kentsel ekoloji bağlamında SARS-CoV-2 konak etkileşimlerinin olasılıksal bir değerlendirmesi
LEMAN NUR NEHRİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
BiyolojiOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ SEÇKİN EROĞLU
- Investigation of effects of turkish black tea polyphenols on human gut microbiota In in-vitro fermenter cultures
Türk siyah çayı polifenollerinin insan kalın bağırsak mikrobiyotasına etkisinin In-vitro fermentör kültürlerinde incelenmesi
SELEN GEZEN
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
BiyoteknolojiYeditepe ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA YEŞİM EKİNCİ
- Üveit öyküsü olan ve olmayan behçet hastalarında bağırsak mikrobiyota analizi
Analysis of gut microbiota in behçet's disease patients with and without a history of uveitis
SİMGE GİZEM BOLAT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Göz HastalıklarıMarmara ÜniversitesiGöz Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HANDE ÇELİKER ATABERK
- Yetişkin bireylerde psikobiyotik özellik gösteren probiyotik besin tüketiminin vücut kompozisyonu, depresyon, bağırsak sağlığı ve yaşam kalitesi üzerine etkisinin değerlendirilmesi
Evaluation of the effects of psychobiotic probiotic food consumption on body composition, depression, gut health, and quality of life in adults
KÜBRA KESKİN
Yüksek Lisans
Türkçe
2026
Beslenme ve DiyetetikHaliç ÜniversitesiBeslenme ve Diyetetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ NURAY ESRA AKSAKAL