Herediter meme over kanser sendromu düşünülen ve klinik ekzom dizileme yöntemiyle varyant tespit edilemeyen hastalarda optik haritalama yöntemiyle genomik yapısal varyant araştırılması
Investigation of genomic structural variants by optical genome mapping in patients suspected of hereditary breast and ovarian cancer syndrome with no variants detected by clinical exome sequencing
- Tez No: 994218
- Danışmanlar: PROF. DR. MEHMET ALİ ERGÜN, PROF. DR. ESRA TUĞ
- Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
- Konular: Genetik, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Gazi Üniversitesi
- Enstitü: Tıp Fakültesi
- Ana Bilim Dalı: Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Herediter meme-over kanser sendromu BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C ve RAD51D gibi genlerdeki patojen varyantların neden olduğu bir kanser yatkınlık sendromudur. Bu sendromdan şüphelenilen hastaların bir kısmında yapılan dizileme ve MLPA/CNV analizlerinde kanser ile ilişkili genlerde varyant saptanırken, anlamlı bir kısmında da bu genlerde patojen/olası patojen varyant saptanmamaktadır. Optik genom haritalama (OGM) tekniği, >150 kbp ultra uzun DNA moleküllerinin işaretlenerek optik olarak değerlendirilmesi, bu sayede genomdaki dengeli/dengesiz yapısal varyantların tespit edilmesine olanak sağlayan bir yöntemdir. Bu çalışmada herediter meme-over kanser sendromundan şüphelenilen ancak yapılan klinik ekzom dizileme analizinde patojen/olası patojen SNV/CNV saptanmayan 10 hastada OGM yöntemiyle yapısal varyant araştırılmıştır. Bir hastada, RAD51C geninde 6 kb boyutunda intronik insersiyon tespit edilmiştir. Bu insersiyonun orijininine yönelik ileri testler planlanmıştır. Diğer hastalarımızda, kanser yolaklarında görevli çeşitli genlerde <500 kbp yapısal varyantlar saptanmış olup, bu varyantların ikinci yöntemle doğrulanmaları ve kanser ile ilişkilerinin daha net araştırılmaları gerekmektedir. Ek olarak bir hastamızda, klinik önemi bilinmeyen 718 kb duplikasyon saptanmıştır. Bu duplikasyon bölgesinde kanser yolağında görevli CHD6 ve PTPRT genleri mevcut olup, bu varyantın da klinik etkisi bilinmemektedir. Bu çalışma, herediter meme over kanser sendromunun etiyolojisinde yapısal varyantların rolü hakkında önemli bilgiler vermiş olup, bu hastaların tanısında OGM yönteminin ileri dönemlerde kullanıldığındaki olası katkılarını tanımlamıştır.
Özet (Çeviri)
Hereditary breast and ovarian cancer syndrome (HBOCS) is a cancer predisposition syndrome caused by pathogenic variants in genes such BRCA1, BRCA2, PALB2, RAD51C and RAD51D. In sequencing and MLPA/CNV analysis, pathogenic variants are detected in cancer-related genes in some of the patients suspected of this syndrome, while in a significant proportion of patients no pathogenic/likely pathogenic variants are identified. Optical genome mapping (OGM) is a technique that enables the detection of constitutional balanced/unbalanced structural variants across the genome by labeling and optically analyzing DNA molecules larger than 150 kbp. In this study, structural variants were investigated using the OGM method in 10 patients who were suspected of HBOCS but in whom no pathogenic/likely pathogenic SNV/CNV variants were detected by clinical exome sequencing. In one patient, a 6 kb intronic insertion was identified in RAD51C gene. Further analyses are planned to investigate the origin of this insertion. In addition, structural variants were detected in various genes involved in cancer pathways in other patients. Moreover, a 718 kb duplication of unknown clinical significance was identified in one patient; this duplicated region includes the CHD6 and PTPRT genes, which are involved in cancer pathways, and the clinical impact of this variant is currently unknown. This study provides important information on the role of structural variants in the etiology of HBOCS and defines the potential contribution of the OGM method to the diagnosis of these patients in the future.
Benzer Tezler
- Meme, over ve tuba karsinomlarında BRCA1 ve BCRA2 protein ekspresyonlarının prognostik önemi: immünohistokimyasal ve klinikopatolojik çalışma
The prognostical importance of BRCA1 and BRCA2 protein expression in breast, ovary and tube carcinomas: immunohistochemical and clinicopathological study
ELİF GÜVELOĞLU KANBER
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2006
PatolojiÇukurova ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. E. HANDAN ZEREN
- Mutational spectrum of the Turkish hereditary breast and colon cancer patients
Türkiye'deki kalıtsal meme ve kolon kanseri hastalarında mutasyon spektrumu
ELİFNAZ ÇELİK
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Genetikİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- Variant detection in inflammatory diseases
İnflamatuvar hastalıklarda varyant belirlenmesi
GİZEM ALKURT
Doktora
İngilizce
2024
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
PROF. DR. GİZEM DİNLER DOĞANAY
- MUTYH varyantlarının derin fenotipleme ve bilgisayar temelli yapısal biyoloji araçları ile değerlendirilmesi
Evaluation of MUTYH variants with deep phenotyping and in silico structure modeling tools
RAVZA NUR YILDIRIM
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2023
GenetikDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AHMET OKAY ÇAĞLAYAN
- Meme ve over kanserli hastalarda yeni nesil dizileme analizlerinin retrospektif değerlendirilmesi
Retrospective evaluation of next generation sequencing analyses in patients with breast and ovarian cancer
SEYED HAMID HASSANI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
GenetikPamukkale ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ TANER DURAK