Antimikrobiyal direnç sürveyansı için nextflow tabanlı in siliko iş akışı geliştirme
Nextflow-based pipeline development for in silico antimicrobial resistance surveillance
- Tez No: 997919
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ KEMAL ŞANLI
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Bilim ve Teknoloji, Science and Technology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: İstanbul Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoteknoloji ve Genetik Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Antimikrobiyal Direnç (AMD), yaygınlığını ve yayılımını izlemek için güçlü sürveyans önlemleri gerektiren kritik bir küresel sağlık tehdididir. Metagenomik shotgun dizileme, mikrobiyal toplulukların ve direnç etmenlerinin kapsamlı profillemesini sağlayarak AMD sürveyansı için güçlü bir araç olarak ortaya çıkmıştır. Ancak, metagenomik verilerin analizi noktasında ortaya çıkan hesapsal zorluklar, biyoinformatik yazılımlara, analiz araçlarına veya iş akışlarına olan ihtiyacı arttırmaktadır. Bu tezde, metagenomik shotgun dizi verilerinde AMD sürveyansı için Nextflow programlama dilini kullanan yeni bir iş akışı geliştirdik. Geliştirdiğimiz iş akışı, metagenomik okuma ön işleme, eşleme, derleme, genom binleme, patojen taksonomik sınıflandırma, gen tahmini ve fonksiyonel anotasyon gibi AMD analizlerinde kullanılan en gelişmiş biyoinformatik araçları entegre ederek analiz sürecini kolaylaştırmakta ve tekrarlanabilirliği sağlamaktadır. Mevcut iş akışları karşısında yaptığımız kapsamlı doğrulama ve kıyaslama çalışmaları ile geliştirdiğimiz iş akışının duyarlılığını, verimliliğini ve işlevselliğini gösterdik. Nihayetinde, bu çalışmamız, in siliko AMD sürveyansı için metagenomiğin erişilebilirliğini ve kullanışlılığını artırmayı hedeflemekte ve antimikrobiyal dirence karşı küresel mücadele girişimlerine katkı sağlamaktadır.
Özet (Çeviri)
Antimicrobial resistance (AMR) is a critical global health threat, necessitating robust surveillance measures to monitor its prevalence and spread. Metagenomics shotgun sequencing has emerged as a powerful tool for AMR surveillance, enabling comprehensive profiling of microbial communities and their resistance determinants. However, the analysis of metagenomic data poses significant computational challenges, highlighting the need for efficient bioinformatics software, tools, or pipelines. In this thesis, a novel pipeline utilizing the Nextflow domain-specific language for AMR surveillance in metagenomic shotgun sequence data was developed. The pipeline integrates state-of-the-art bioinformatics tools used in AMR analyses for read preprocessing, mapping, assembly, genome binning, pathogen taxonomic classification, gene prediction and functional annotation, streamlining the analysis workflow and facilitating reproducibility. Through rigorous validation and benchmarking against existing pipelines, we demonstrated the sensitivity, efficiency, and functionality of the developed pipeline. Ultimately, our work endeavors to enhance the accessibility and utility of metagenomics for in silico AMR surveillance, contributing to the global efforts to combat antimicrobial resistance.
Benzer Tezler
- Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesinde 2008-2011 yılları arası hastane kaynaklı enfeksiyon etkenleri ve antimikrobiyal direnç değişimleri
Kahramanmaraş Sütçü İmam Üniversitesi Araştırma ve Uygulama Hastanesinde 2008-2011 yılları arası hastane kaynaklı enfeksiyon etkenleri ve antimikrobiyal direnç değişimleri
REMZİ TOPRAK
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2012
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. HASAN UÇMAK
- Bir üniversite hastanesinde vankomisin dirençli enterokok (VRE) epidemisi: Risk faktörlerinin belirlenmesi
An epidemic of vancomycin resistant enterococcus (VRE) in a teaching hospital: Determination of risk factors
MÜNEVVER ŞEN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2014
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiCumhuriyet ÜniversitesiDahili Tıp Bilimleri Bölümü
PROF. DR. NAZİF ELALDI
- Sağlık hizmeti ilişkili enfeksiyonların dağılımı, etken özellikleri, direnç profili ve sonuçları: 10 yıllık değerlendirme
Distribution, causative agents, resistance profiles, and outcomes of healthcare-associated infections: A 10-year retrospective evaluation
HATİCE ASLAN
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
Enfeksiyon Hastalıkları ve Klinik MikrobiyolojiKırşehir Ahi Evran ÜniversitesiEnfeksiyon Hastalıkları ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MUSTAFA GÖKHAN GÖZEL
- Yoğun bakım ünitesinde infeksiyon sürveyansı
Surveıllance of infections in intensive care unıts
SEYFİ KAYA
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2006
Anestezi ve ReanimasyonKahramanmaraş Sütçü İmam ÜniversitesiAnesteziyoloji ve Reanimasyon Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. HAFİZE ÖKSÜZ
- İntraabdominal enfeksiyonlarda sekonder ve tersiyer peritonit etkeni olan gram negatif bakterilerin moleküler sürveyansı
Moleculer surveillance of gram negative bacteria causung seconder and tertiary peritonitis in intraabdominal infections
TÜLAY KANDEMİR
Yüksek Lisans
Türkçe
2015
MikrobiyolojiÇukurova ÜniversitesiMikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. TOĞRUL NAĞIYEV