Glioblastoma progresyonunda bağırsak mikrobiyotası: Meta-analiz ve yolak analizi
Gut microbiota in glioblastoma progression: Meta-analysis and pathway analysis
- Tez No: 1004728
- Danışmanlar: DOÇ. DR. TİMUÇİN AVŞAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Genetik, Biyoistatistik, Onkoloji, Genetics, Biostatistics, Oncology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Bahçeşehir Üniversitesi
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Doku Mühendisliği ve Rejeneratif Tıp Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Doku Mühendisliği ve Rejeneratif Tıp Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Glioblastoma (GBM), immün disregülasyon ve hücresel bariyer bütünlüğündeki bozulmalarla karakterize heterojen bir tümör mikroçevresine sahiptir. Bu çalışmada, literatürde Mendelian randomizasyon ve mikrobiyota-GWAS analizleri ile nedensel etkisi raporlanan üç bağırsak bakterisinin GBM ile ilişkili moleküler mekanizmaları incelenmiştir. Öncelikle bu bakterilere ait SNP temelli ilişkiler değerlendirilmiş ve güven aralıkları hesaplanarak nedensel etkinin büyüklüğü özetlenmiştir. Ardından bakterilerin etkilediği genler ve biyolojik yolaklar literatür ve fonksiyonel anotasyon kaynakları üzerinden tanımlanmıştır. Bu mekanistik çerçeveyi doğrulamak amacıyla TCGA-GBM veri setinde normal ve tümör dokuları arasında diferansiyel gen ekspresyonu analizi yapılmış; elde edilen gen listeleri GO, KEGG ve WikiPathways zenginleştirme analizleriyle bütünleştirilmiştir. Bulgular, bakteriyel sinyal yolları ile GBM'de bozulmuş bağışıklık yanıtı, inflamasyon, sıkı bağlantı (tight junction) bütünlüğü ve Th17 hücre polarizasyonu arasında tutarlı fonksiyonel kesişimler ortaya koymuştur. Özellikle MAPK ailesinin her iki modül arasında merkezi bir düğüm görevi gördüğü ve hem immün sinyalleşmeyi hem de invaziv tümör davranışını yönlendiren kritik bir köprü oluşturduğu görülmüştür. Bu çalışma, mikrobiyota kaynaklı genetik etkilerin GBM patogenezi ile bağlantılı moleküler yolları nasıl şekillendirebileceğine ilişkin çok katmanlı bir genomik çerçeve sunmaktadır.
Özet (Çeviri)
Glioblastoma (GBM) is characterized by a heterogeneous tumor microenvironment marked by immune dysregulation and disruptions in cellular barrier integrity. In this study, the molecular mechanisms linking three gut bacteria previously reported to have causal effects through Mendelian randomization and microbiota-GWAS analyses to GBM were investigated. First, SNP based associations for these bacteria were evaluated and confidence intervals were calculated to summarize the magnitude of their causal effects. Subsequently, genes and biological pathways influenced by these bacteria were identified through literature screening and functional annotation resources. To validate this mechanistic framework, differential gene expression analysis was performed between normal and tumor tissues in the TCGA-GBM dataset and the resulting gene lists were integrated with GO, KEGG and WikiPathways enrichment analyses. The findings revealed consistent functional intersections between bacterial signaling pathways and key GBM related processes including impaired immune responses, inflammation, tight junction integrity and Th17 cell polarization. Notably, the MAPK family emerged as a central node bridging these modules forming a critical axis that modulates both immune signaling and invasive tumor behavior. This study provides a multilayered genomic framework illustrating how microbiota derived genetic influences may shape molecular pathways associated with GBM pathogenesis.
Benzer Tezler
- Glioblastoma'da NOTCH aracılı kemoterapi direncinin kodlamayan RNA'lar ile ilişkisinin incelenmesi ve potansiyel tedavilerin araştırılması
Identifying the relationship between NOTCH-mediated chemotherapy resistance and non-coding RNAs and investigating the potential therapies
BÜŞRA KARAÇAM
Doktora
Türkçe
2026
Genetikİstanbul ÜniversitesiGenetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEMA SIRMA EKMEKCİ
PROF. DR. MUSTAFA AZİZ HATİBOĞLU
- Exploring NFIB phosphorylation motifs and signaling pathways upstream of NFI phosphorylation in glioblastoma cell lines
Glioblastoma hücre hatlarında NFIB fosforilasyon motiflerinin ve NFI fosforilasyonundan yukarı yöndeki sinyal yollarının araştırılması
ELİF DİLEK
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Biyolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)
DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR
- Glioblastomada triptofan yolağının inflamatuar tümör mikroçevresi ve agresifliğe etkisi
Effect of tryptophan pathway on inflammatory tumor microenvironment and aggressiveness in glioblastoma
DAHİL CAN BUDAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2025
OnkolojiDokuz Eylül ÜniversitesiOnkoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GİZEM ÇALIBAŞI KOÇAL
- İntraserebral sıçan C6 glioblastomada COX-1, COX-2, COX-3 düzeyleri üzerine asetaminofen, metamizol ve indometazinin etkileri
The effect of acetaminophen, metamizole and indomethacin on COX-1, COX-2 and COX-3 levels in intracerebral rat C6 glioblastoma
ERSOY ÖKSÜZ
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2006
Eczacılık ve Farmakolojiİstanbul ÜniversitesiFarmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ZELİHA YAZICI
- The effects of temozolomide on exosomal stress proteins in glioma cells
Temozolomidin glioma hücrelerindeki eksozomal stres proteinleri üzerine etkileri
CANSU KILCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2019
Biyolojiİstanbul ÜniversitesiGenetik ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ MURAT PEKMEZ