A comparative evaluation of functional smn expression either with motor neuron-specific promoters or screening of crispr-prime editing associated pegrnas
Motor nöron-spesifik promotörler veya crispr-prime editing tabanlı pegrna'ların tarama yaklaşımı i̇le fonksiyonel smn ekspresyonunun karşılaştırmalı değerlendirmesi
- Tez No: 1005512
- Danışmanlar: DOÇ. DR. CİHAN TAŞTAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2025
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Üsküdar Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji Bilim Dalı
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Spinal Müsküler Atrofi (SMA), SMN1 geninin homozigot mutasyonu veya delesyonu sonucu ortaya çıkan, motor nöron dejenerasyonu ile karakterize otozomal resesif kalıtsal bir hastalıktır. Bu tez çalışmasında, SMA tedavisine yönelik iki farklı genetik yaklaşım karşılaştırmalı olarak değerlendirilmiştir: motor nöron-spesifik promotörler aracılığıyla SMN1 gen ekspresyonunun sağlanması ve CRISPR-Prime Editing temelli SMN2 düzeltmesi amacıyla tasarlanmış pegRNA'ların taranması. Çalışmada, lentiviral vektör sistemleri kullanılarak EF1α, HB9_mCMV ve CAG promotörleriyle SMN1 taşıyan konstrüksiyonlar oluşturulmuş ve SMA Tip 1 ve Tip 2 fibroblast hücre hatlarına transdüklenmiştir. Paralel olarak, CRISPR-Prime Editing sistemine uygun şekilde tasarlanan pegRNA'lar lentiviral vektörlerle SMA Tip 2 PE (+) hücrelerine uygulanmıştır. SMN proteini düzeyleri değerlendirilmiştir. Promotör karşılaştırmalarında EF1α, her iki hücre hattında da en yüksek SMN ifadesini sağlamıştır. PegRNA taramaları sonucunda ise, doğrudan mutasyon düzeltme değil, ekzon 7'nin alternatif splicing yoluyla daha fazla dahil edilmesini sağlayan bazı tasarımların SMN düzeyini anlamlı şekilde artırdığı belirlenmiştir. Ayrıca, artan SMN ekspresyonunun hücre büyüklüğünü artırdığı gözlemlenmiştir. Sonuç olarak, hem promotör tabanlı SMN1 ekspresyonu hem de Prime Editing ile SMN2 modifikasyonu, SMA tedavisinde potansiyel taşıyan stratejilerdir. Klinik uygulamalara geçişte promotör seçiminin ve pegRNA tasarımının optimizasyonu büyük önem taşımaktadır.
Özet (Çeviri)
Spinal Muscular Atrophy (SMA) is an autosomal recessive hereditary disorder characterized by motor neuron degeneration, caused by homozygous mutations or deletions in the SMN1 gene. This thesis presents a comparative evaluation of two genetic strategies for SMA therapy: expression of the SMN1 gene via motor neuron-specific promoters and screening of pegRNAs designed for CRISPR-Prime Editing–based correction of SMN2. In this study, SMN1-expressing lentiviral constructs were generated using EF1α, HB9_mCMV, and CAG promoters, and transduced into SMA Type 1 and Type 2 fibroblast cell lines. In parallel, pegRNAs designed in accordance with the CRISPR-Prime Editing system were delivered to SMA Type 2 PE (+) cells via lentiviral vectors. SMN protein levels were subsequently evaluated. Among the promoters tested, EF1α demonstrated the highest SMN expression levels across both cell lines. The pegRNA screening revealed that some designs significantly increased SMN levels not through direct mutation correction, but by enhancing exon 7 inclusion via alternative splicing. Furthermore, increased SMN expression was associated with greater cell size. In conclusion, both promoter-driven SMN1 expression and Prime Editing-mediated SMN2 modification represent promising strategies for SMA therapy. Optimization of promoter selection and pegRNA design is critical for potential clinical translation.
Benzer Tezler
- Functional capabilities of lentiviral motor neuron-specific promoter driven SMN1 gene expression and SMN2 gene editing strategy using crispr-prime editing
Motor nöron-spesifik promotör kontrollü lentiviral smn1 gen ekspresyonunun ve crıspr-prime editing kullanılarak smn2 gen düzenleme stratejisinin fonksiyonel kapasiteleri
SEVGİ OLTAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
GenetikÜsküdar ÜniversitesiMoleküler Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. CİHAN TAŞTAN
- Development of iron cobalt bimetallic fischer-tropsch catalysts for production of light olefins
Hafif olefinlerin üretimi için demir kobalt bimetalik fıscher-tropsch katalizörlerinin geliştirilmesi
DENİZ UYKUN MANGALOĞLU
Doktora
İngilizce
2025
Kimya Mühendisliğiİstanbul Teknik ÜniversitesiKimya Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF. DR. HÜSNÜ ATAKÜL
- Bazı kuruyemiş örneklerinde eser element analizi ve antioksidan özelliklerinin belirlenmesi
Determination of trace element analysis and antioxidant properties in some nuts samples
BEKARYS ABDIGALI
- Fibromiyalji hastalarında serebral metabolizmanın değerlendirilmesinde 3t mr spektroskopisinin kullanımı: sağlıklı kontrollerle karşılaştırmalı bir çalışma
Utilization of 3t mr spectroscopy in the evaluation of cerebral metabolism in patients with fibromyalgia: a comparative study with healthy controls
TUĞRUL KOTUR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2026
Fiziksel Tıp ve RehabilitasyonKaradeniz Teknik ÜniversitesiFiziksel Tıp ve Rehabilitasyon Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GONCA SAĞLAM AKKAYA
- Urban ecotherapy: A comparative evaluation on the therapy potentials of park features in Istanbul
Kentsel ekoterapi: İstanbul'daki park özelliklerinin terapi potansiyelleri üzerine karşılaştırmalı bir değerlendirme
DİDEM KARA
Yüksek Lisans
İngilizce
2021
Şehircilik ve Bölge Planlamaİstanbul Teknik ÜniversitesiKentsel Tasarım Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. GÜLDEN DEMET ORUÇ