'guara x nurlu' f1 badem populasyonunda qtl-seq haritalama yöntemi kullanılarak meyve iç ağırlığı ile bağlantılı dna markörlerinin geliştirilmesi
Development of dna markers associated with fruit kernel weight using the qtl-seq mapping method in the 'guara x nurlu' f1 almond population
- Tez No: 1017529
- Danışmanlar: PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Ziraat, Agriculture
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Badem (Prunus dulcis) ülkemizin birçok bölgelerinde yetişen ve farklı iklim koşullarında iyi adaptasyon göstermiş oldukça önemli bir sert kabuklu meyve türlerinden biridir. Küçük meyveye sahip, acı ve kalın kabuklu bazı badem türleri kültür badem çeşidine anaç olarak kullanılması sonucunda yabani badem çeşitlerine yapılan seleksiyon çalışmaları badem türlerinin pomolojik ve morfolojik özelliklerinin saptanmasında önem arz etmektedir. Dolayısıyla bu çalışmada QTL-seq haritalama yöntemi kullanılarak bademde iç meyve büyüklüğü ile bağlantılı DNA lokusu bulunması hedeflenmiştir. Bu çalışmada 105 adet badem F1 genotipi 4 yıl boyunca iç meyve büyüklüğü ile ilgili fenotipik gözlemler kullanılmıştır. Bu veriler kullanılarak yapılan QTL-seq analizinde iki ebeveyn ve iki adet bulk DNA, 58.4 ile 79.2x sekanslama yoğunluğu aralığında Illumina NovaSeq 6000 NGS (yeni nesil sekanlama) cihazında PE150 (çift yönlü) diziler elde edilmiştir. QTL-seq analizleri ile badem genomuna haritalanması sonucunda toplam 1,515,430 SNP ve 369,556 InDel belirlenmiştir. QTL-seq analizleri sonucunda 'Guara x Nurlu' F1 populasyonunda belirlenen ilişkili markörler genom anotasyonu Annovar programıyla analizi yapılmış olup yapılan genom anotasyonu sonucunda kromozom 1 ve kromozom 3'te yüksek ilişkili lokuslar tespit edilmiştir. Ayrıca yüksek bağlantılı markörlerin sağındaki ve solundaki baz dizileri kullanılarak fonsiyonel anotasyonları ile GO ve KEGG yolakları tespit edilmiştir. Bu tezden elde edilen sonuçlar ileride yapılacak badem ıslah programlarında markör destekli seleksiyonda kullanılabileceği düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Almond (Prunus dulcis) is one of the important nut tree species that grow in many regions of our country and show good adaptation to various climatic conditions. Some almond varieties with small fruit size, bitter taste, and thick shells are used as rootstocks for cultivated almond varieties, and as a result, the selection studies on wild almond varieties play a significant role in determining the pomological and morphological characteristics of almond species. Therefore, this study aimed to identify the DNA locus associated with inner fruit size in almonds using the QTL-seq mapping method. In this study, phenotypic observations related to inner fruit size of 105 almond F1 genotypes were collected over a period of 4 years. Using the obtained data, QTL-seq analysis was performed with two parental lines and two bulk DNA samples. Paired-end reads (PE150) were generated using the Illumina NovaSeq 6000 next-generation sequencing (NGS) platform, with sequencing depths ranging from 58.4x to 79.2x Upon mapping the sequencing data to the almond genome, a total of 1,515,430 single nucleotide polymorphisms (SNPs) and 369,556 insertions and deletions (InDels) were identified. In the QTL-seq analysis of the 'Guara x Nurlu' F1 population, the associated markers were analyzed using the genome annotation program Annovar. The analysis revealed highly associated loci on chromosome 1 and chromosome 3. Furthermore, functional annotations were carried out using the base sequences adjacent to the highly linked markers, and GO (Gene Ontology) and KEGG (Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes) pathways were identified. The results obtained from this thesis are expected to be useful for MAS (marker-assisted selection) in future almond breeding programs.
Benzer Tezler
- Construction of high-density genetic linkage maps and QTL analysis in almond
Bademde yüksek yoğunlukta genetik haritanın oluşturulması ve QTL analizi
AIBIBULA PAIZILA
Doktora
İngilizce
2020
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Gülcan 2' x 'Lauranne' ve 'Guara' x 'Nurlu' F1 badem populasyonlarının meyvelerinde tokoferol ve besin element içeriklerinin karakterizasyonu
Characterization of nutrient element ve tocopherol content of 'Gulcan 2' x 'Lauranne' and 'Guara' x 'Nurlu' F1 almond population
HATİCE ÖZCAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyokimyaÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESİBE EBRU KAFKAS
- ''Gülcan 2 x Lauranne'' ve ''Guara x Nurlu'' melez F1 badem populasyonunlarında bitkisel ve yağ asidi özelliklerinin karakterizasyonu
Plant and fatty acid characterization of ''Gülcan 2 x Lauranne'' and ''Guara x Nurlu'' F1 hybrid almond population
KADER ERÇİK
Doktora
Türkçe
2018
ZiraatÇukurova ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NESİBE EBRU KAFKAS
- Genetic mapping in almond using 'Gülcan-2 x Lauranne' and 'Guara x Nurlu' F1 populations by SSR markers
Bademde Gülcan-2 x Lauranne ve Guara x Nurlu F1 populasyonları kullanılarak SSR markörlerı İle genetık haritalaması
AIBIBULA PAIZILA
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Yerli ve yabancı değişik badem çeşitleri ile melez genotiplerin bazı yaprak ve stoma özelliklerinin belirlenmesi
Determination of some leaf and stoma characteristics of domesticand foreign almond types and melez genotypes
MESUT CAN
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
ZiraatHarran ÜniversitesiBahçe Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BEKİR EROL AK