Construction of high-density genetic linkage maps and QTL analysis in almond
Bademde yüksek yoğunlukta genetik haritanın oluşturulması ve QTL analizi
- Tez No: 625252
- Danışmanlar: PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Badem, SSR, SNP, Genetik haritalama, QTL, Almond, SSR, SNP, genetic mapping, QTL
- Yıl: 2020
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 176
Özet
Badem (Prunus dulcis (Mill) D.A. Webb), Rosaceae familyasındaki tek sert kabuklu meyve türüdür ve Türkiye için önemli sert kabuklu meyvelerinden biridir. Badem çeşit ıslah çalışmaları gençlik kısırlığı sebebiyle uzun zaman almaktadır. Bu nedenle, bu gibi sorunların üstesinden gelebilmek için moleküler çalışmaların yapılmasına ihtiyaç vardır. Genetik bağlantı haritaları ve kantitatif özellik lokus analizleri, ekonomik öneme sahip ve ıslah verimliliğini artıran fenotipik karakterlerle ilişkili markör geliştirmek için oldukça önemli araçlardır. Bu çalışmanın amacı 1) bademde yüksek yoğunlukta genetik haritalar oluşturmak ve 2) ekonomik olarak önemli fenotipik karakterlerle ilgili QTL bölgelerini belirlemektir. Genetik haritalama ve QTL analizlerinde 'Gülcan-2 x Lauranne' ve 'Guara x Nurlu' populasyonları kullanılmıştır. QTL analizlerinde 2015, 2016, 2017 ve 2018 yıllarına ait 21 adet fenotipik karakterden elde edilen veriler kullanılmıştır. SSR, DArT ve SNP markörleri yoğun genetik haritalar oluşturmak için kullanılmıştır. 'Gülcan-2 x Lauranne' populasyonunda; Gülcan-2 ana genetik haritası toplam 3,338 marköre, 469.92 cM harita uzunluğuna ve 7.1 markör yoğunluğuna sahip olurken, Lauranne baba haritası ise 3,442 marköre, 6.23 markör yoğunluğuna ve 572.27 cM harita uzunluğuna sahip olmuştur. 'Guara x Nurlu' populasyonunda; Guara ana haritasında 2,563 markör, 443.92 cM toplam harita uzunluğuna ve 5.79 markör yoğunluğuna sahip olurken, Lauranne baba haritası ise 3,135 markör ile 6.14 yoğunluğa ve toplam 516.02 cM harita uzunluğuna sahip olmuştur. QTL analizlerinde sonucunda Gülcan-2, Lauranne, Guara ve Nurlu genetic haritalarında sırasıyla 12, 11, 23 ve 22 fenotipik karakterler ile ilişkili QTL bölgeleri belirlenmiştir. Sonuç olarak, bu çalışma kapsamında elde edilen veriler bademde gelecekte yapılacak olan ıslah ve genetik çalışmalar için oldukça yararlı olacaktır.
Özet (Çeviri)
Almond (Prunus dulcis (Mill) D.A. Webb) is the only nut tree species in Rosaceae family and it is one of the most important nut crops in Turkey. Cultivar breeding programs in almond take a long time due to its long juvenile period. So, it is necessary to use molecular approach to overcome such problems. Construction of genetic linkage maps and quantitative trait locus (QTLs) analysis are important tools to develop markers linked to economically important phenotypic characters, which can significantly shorten the breeding efficiency. Therefore, in this study, we aimed (1) to construct a high-density genetic linkage map and (2) to detect QTLs associated with economically important phenotypic characters in almond. 'Gülcan-2 x Lauranne' and 'Guara x Nurlu' F1 populations were used in genetic linkage mapping and QTL analysis. The phenotypic data obtained from 2015, 2016, 2017 and 2018 growing seasons and from 21 characters were used. SSR, DArT and SNP markers were used for high-density genetic linkage map construction. In 'Gülcan-2 x Lauranne' population, the Gülcan-2 maternal linkage map included 3,338 markers, and the total map length was 469.86 cM with 7.1 marker density (marker/cM), whereas the Lauranne male genetic map contained 3,442 markers, and the total map length was 572.27 cM with 6.23 marker density. In 'Guara x Nurlu' population, the Guara maternal linkage map included 2,563 markers, and total map length was 443.92 cM with 5.79 marker density (marker/cM), whereas the Nurlu male genetic map contained 3,135 markers, and the total map length was 516.02 cM with 6.14 marker density. QTL analysis was conducted using genetic linkage maps and phenotypic data analysis. As a result, a total of 12, 11, 23 and 22 major QTLs were detected in Gülcan-2, Lauranne, Guara and Nurlu maps, respectively. The data produced in this study will be very useful for breeding and genetic studies in the future for almond.
Benzer Tezler
- Construction of high-density genetic linkage map and QTL analysis using an interspecific F1 population in pistachio
Antepfıstığı türlerarası F1 populasyonunda yüksek yoğunlukta genetik haritanın eldesi ve QTL analizleri
MD RASHEDUL ISLAM
Doktora
İngilizce
2020
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Cevizin SSR, SNP ve DArT markörleri ile yoğun genetik bağlantı haritasının oluşturulması
Construction of high density genetic linkage map of walnut by SSR, SNP AND DArT markers
SINA KEFAYATI
Doktora
Türkçe
2018
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
PROF. DR. MEHMET SÜTYEMEZ
- Farklı DNA markörleri kullanarak amasya elmasının doymuş genetik haritasının oluşturulması
Construction of high density genetic linkage map of amasya apple using different DNA markers
MURAT GÜNEY
Doktora
Türkçe
2016
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SALİH KAFKAS
- Zeytinde (Olea europaea L.) yeni nesil DNA dizileme teknolojisi ile geliştirilen SNP moleküler işaretleyicilerine dayalı genetik haritanın oluşturulması
Development of SNP markers using next generation DNA sequencing technologies and construction of a SNP based genetic map in olive
KÜBRA YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2016
BiyoteknolojiUludağ ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. AHMET İPEK
- Mikrosatellit markörleri ile Amasya elmasının genetik bağlantı gruplarının oluşturulması
Construction of genetic linkage groups of Amasya apple by microsatellite markers
ELMİRA ZİYA MOTALEBİ POUR