Canine parvovirüs enfeksiyonunun moleküler tanısı ve interferon alfa-2'nin potansiyel terapötik rolünün in siliko analizler yoluyla araştırılması
Molecular diagnosis of canine parvovirus infection and investigation of the potential therapeutic role of interferon alpha-2 through in silico analyses
- Tez No: 1021199
- Danışmanlar: DOÇ. DR. BİLGE KAAN TEKELİOĞLU
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Biotechnology
- Anahtar Kelimeler: Canine Parvovirus (CPV), RT-PCR, İnterferon Alfa-2, İn silico, Canine Parvovirus (CPV), RT-PCR, Interferon alpha-2, In silico
- Yıl: 2026
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Çukurova Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Canine Parvovirus (CPV), köpeklerde yüksek morbidite ve mortalite oranları ile seyreden, ciddi gastrointestinal enfeksiyonlara yol açan önemli bir viral patojendir. Bu çalışmada, köpek dışkı örneklerinde CPV varlığının moleküler yöntemlerle belirlenmesi ve interferon alfa-2'nın potansiyel antiviral etkinliğinin bilgisayarlı in silico analizlerle değerlendirilmesi amaçlanmıştır. Çalışma kapsamında toplam 76 adet köpek dışkı örneği incelenmiştir. Örneklerden elde edilen nükleik asitler EvaGreen temelli Gerçek Zamanlı Polimeraz Zincir Reaksiyonu (RT-PCR) yöntemi ile analiz edilmiş ve Ct değeri 28 ve altında olan örnekler pozitif olarak değerlendirilmiştir. Analizler sonucunda toplam 29 örnekte (%38,2) CPV'ye ait genom varlığı tespit edilmiştir. Pozitif örneklerde saptanan düşük Ct değerlerinin yüksek viral yük varlığına işaret ettiği yorumlanmıştır. Kontrol örneklerinde beklenen sonuçlar elde edilerek yöntemin güvenilirliği doğrulanmıştır. Canine Parvovirus (CPV) viral kapsid protein 2 (VP2) ile interferon alfa-2 (IFN-α2) arasındaki olası protein–protein etkileşimi, HADDOCK 2.4 sunucusu kullanılarak in silico olarak incelenmiştir. Elde edilen docking çıktıları; HADDOCK skoru, Z-score, RMSD/i-RMSD değerleri, enerji bileşenleri (van der Waals, elektrostatik ve desolvasyon enerjileri), gömülü yüzey alanı (BSA) ve grafiksel analizler birlikte değerlendirilmiştir. Sonuçlar RT-PCR yönteminin CPV'nin tespitinde güvenilir, hızlı sonuç veren ve etkili bir tanı testi yöntemi olduğunu göstermektedir. İn silico analizler interferon alfa-2'nın CPV enfeksiyonunun tedavisinde kullanılabilecek potansiyel etkili bir antiviral ajan olabileceğini göstermiştir. Bu alanda yapılacak ileri moleküler ve hesaplamalı çalışmaların, tedavi stratejilerinin geliştirilmesine katkı sağlayacağı düşünülmektedir.
Özet (Çeviri)
Canine Parvovirus (CPV) is a significant viral pathogen in dogs that causes serious gastrointestinal infections with high morbidity and mortality rates. This study aimed to determine the presence of CPV in dog fecal samples using molecular methods and to evaluate the potential antiviral efficacy of Interferon Alpha-2 through computational in silico analyses. A total of 76 dog fecal samples were examined in the study. Nucleic acids extracted from the samples were analyzed using EvaGreen-based Real-Time Polymerase Chain Reaction (RT-PCR), and samples with a Ct value of 28 or below were considered positive. As a result of the analyses, the presence of CPV genome was detected in 29 samples (38.2%). The low Ct values observed in positive samples were interpreted as indicating a high viral load. Expected results were obtained from control samples, confirming the reliability of the method. The possible protein–protein interaction between Canine Parvovirus viral capsid protein 2 (VP2) and Interferon Alpha-2 (IFN-α2) was examined in computational silico analyses using the HADDOCK 2.4 server. The docking outputs obtained—including HADDOCK score, Z-score, RMSD/i-RMSD values, energy components (van der Waals, electrostatic, and desolvation energies), buried surface area (BSA), and graphical analyses—were evaluated together. The results indicated that the RT-PCR method is a reliable, rapid, and effective diagnostic test for detecting CPV. In silico analyses suggest that Interferon Alpha-2 could be a potential antiviral agent against CPV infection. It is thought that further molecular and computational studies in this field will contribute to the development of treatment strategies.
Benzer Tezler
- Kedi ve köpeklerin parvovirus enfeksiyonunda klinikopatolojik bulguların değerlendirilmesi ve tanısal yöntemlerle karşılaştırılması
Comparative diagnostic approachment toclinicopathological findings in parvovirus infection of cat and dogs
FATMA SERAP DOĞAN
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Veteriner HekimliğiKırıkkale ÜniversitesiPatoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. MEHMET ERAY ALÇIĞIR
- Evcil hayvan pansiyonlarında barındırılan köpeklerde Canine parvovırus enfeksiyonunun virolojik araştırılması
Virological investigation of canine parvovirus infection in dogs housed in pet boarding houses
AHMET ARVASİ GÜNEL
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
Veteriner HekimliğiBurdur Mehmet Akif Ersoy ÜniversitesiVeterinerlik Viroloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. YAKUP YILDIRIM
- Türkiye'nin Erzurum ilinde köpeklerde parvovirüs enfeksiyonunun prevalansı ve risk faktörlerinin araştırılması
Investigation of the prevalence and risk factors of parvovirus infection in dogs in Erzurum city, Turkey
WALIED FADULALSEED AHMED ISMAIL
Yüksek Lisans
Türkçe
2022
İç HastalıklarıAtatürk ÜniversitesiVeterinerlik İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. BAŞAK HANEDAN
- Canine parvovirüs enfeksiyonu tanısında rt-pcr, elısa ve hematolojik yöntemlerin kullanılması ve c-reaktif protein değerinin araştırılması
The use of rt-pcr, elisa and hematological methods in the diagnosis of canine parvovirus infection and investigation of c-reactive protein levels
PINAR PALANCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2021
BiyoteknolojiÇukurova ÜniversitesiBiyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ BİLGE KAAN TEKELİOĞLU
- Çocuklarda bocavirüs enfeksiyonlarının klinik özelliklerinin araştırılması
Clinical features of bocavirus infections in children
BEGÜM MURT
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2019
Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıAnkara ÜniversitesiÇocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ERGİN ÇİFTCİ