Investigating the role of lncRNA DANCR in melanoma progression and adverse prognosis
Melanom progresyonu ve kötü prognozda lncRNA DANCR'ın rolünün araştırılması
- Tez No: 1021763
- Danışmanlar: DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜSEYİN ATAKAN EKİZ, PROF. DR. HATİCE GÜNEŞ ÖZHAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2026
- Dil: İngilizce
- Üniversite: İzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü
- Enstitü: Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
Melanom progresyonu, transkripsiyonel plastisite ve sinyal yolaklarının yeniden düzenlenmesi ile yönlendirilir. Ancak uzun kodlamayan RNA'ların bu süreçlere katkısı tam olarak tanımlanmamıştır. LncRNA DANCR, tümörle ilişkili hücresel fonksiyonlarla ilişkilendirilmiş olsa da, melanomdaki tümöre özgü rolü net değildir. Bu tez, A375 ve A2058 melanom hücre hatlarında DANCR'ın rolünü, CRISPR tabanlı transkripsiyonel perturbasyon ve shRNA aracılı susturma yaklaşımlarını, farmakolojik yolak modülasyonu, transkriptomik profilleme ve in vivo analizlerle birleştirerek incelemektedir. CRISPRi aracılı DANCR baskılanması, in vitro yara kapanma analizlerini etkilemezken, zebrafish ksenogreft modelinde melanom hücre göçünü azaltmıştır. Sinyalizasyon düzeyinde, DANCR susturulması PI3K yolak bileşenlerinde, özellikle artmış PTEN ve azalmış PDGF-A ekspresyonu ile karakterize edilen transkripsiyonel değişikliklerle ilişkili bulunmuştur. Ancak bu değişiklikler, bazal AKT fosforilasyonunda belirgin bir baskılanmaya yol açmamıştır. Dikkat çekici olarak, fenotipik etki gözlenmemesine rağmen, farmakolojik PI3K inhibisyonu DANCR ekspresyonunda azalmaya neden olmuş ve olası bir geri besleme ilişkisine işaret etmiştir. Bu bulguları bağlama oturtmak amacıyla gerçekleştirilen çapraz-model transkriptomik analizler, gen düzeyinde örtüşme sınırlı olsa da yolak düzeyinde yakınsama ortaya koymuş, özellikle G2M/E2F/MYC programları ile TNFα/NF-κB, IL6-JAK-STAT3 ve inflamatuvar yanıt imzasını içeren inflamatuvar sinyal yolaklarında tutarlı bir ortaklaşma göstermiştir. Ayrıca, tek hücreli RNA dizileme verilerinin yeniden analizi, DANCR ekspresyonunun ağırlıklı olarak tümör hücrelerine özgü olduğunu doğrulamıştır. İn vitro doğrulama çalışmaları, DANCR susturulmasının immünoregülatör gen ekspresyonunu modüle ettiğini göstermiştir. Toplu olarak bu bulgular, DANCR'ın in vivo hücre göçünü yönlendiren ve PI3K sinyalizasyonu ile inflamasyonla ilişkili transkripsiyonel programları düzenleyen tümöre özgü bir role sahip olduğunu desteklemektedir.
Özet (Çeviri)
Melanoma progression is driven by transcriptional plasticity and pathway rewiring. However, the contribution of long non-coding RNAs to these processes remains incompletely defined. The lncRNA DANCR has been implicated in tumor-associated cellular functions, yet its tumor-intrinsic role in melanoma remains unclear. This thesis investigates the role of DANCR in A375 and A2058 melanoma cell lines using CRISPR-based transcriptional perturbation and shRNA-mediated silencing, combined with pharmacological pathway modulation, transcriptomic profiling, and in vivo analyses. While repression of DANCR did not significantly alter in vitro wound closure, it markedly reduced melanoma cell migration in a zebrafish xenograft model. At the signaling level, DANCR perturbation was consistently associated with transcriptional changes in PI3K pathway components, particularly increased PTEN and reduced PDGF-A expression. However, these transcriptional alterations did not translate into overt suppression of basal AKT phosphorylation. Notably, although no phenotypic effects were observed, PI3K inhibition itself led to a significant reduction in DANCR expression, suggesting a potential regulatory feedback loop. To contextualize these findings, cross-model transcriptomic analyses were performed. Although overlap at the gene level was limited, convergence emerged at the pathway level, particularly across G2M/E2F/MYC programs and inflammatory signaling pathways, including TNFα/NF-κB, IL6–JAK–STAT3, and the inflammatory response signature. Furthermore, reanalysis of single-cell RNA sequencing data confirmed that DANCR expression is predominantly tumor-intrinsic rather than immune-derived. In vitro validation showed that DANCR silencing modulates immunoregulatory gene expression. Collectively, these results support a tumor-intrinsic role for DANCR in driving in vivo migration and regulating transcriptional programs linked to PI3K signaling and inflammation.
Benzer Tezler
- Investigating the role of LncRNA SNHG7 in drug resistance inovarian cancer cells
Yumurtalık kanseri hücrelerinde ilaç direncinde LncRNA SNHG7'nin rolünün araştırılması
ROSHAN HARIRI
Yüksek Lisans
İngilizce
2026
BiyolojiÜsküdar ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÇİĞDEM SEZER ZHMUROV
- Examining the roles of NRAV long non-coding rna in type-1 interferon response in NRAs-mutant melanoma and investigating the relevance of long non-coding RNA expression patterns to cancer survival
NRAV uzun kodlamayan RNA'sının nras mutant melanomunda tip-1 interferon yanıtındaki rollerinin incelenmesi ve uzun kodlamayan RNA ifade örüntülerinin kanserde hayatta kalımla ilgisinin araştırılması
EMRE KILIÇ
Yüksek Lisans
İngilizce
2025
Biyolojiİzmir Yüksek Teknoloji EnstitüsüMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ HÜSEYİN ATAKAN EKİZ
- Vitamin D3'ün multiple myeloma hücrelerinde uzun kodlayıcı olmayan RNA (lncRNA) ifadesine etkisinin incelenmesi
Examination of the effect of Vitamin D3 on long non-coding RNA (lncRNA) expression in multiple myeloma cells
KÜBRA NUR BOSTANCI
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
GenetikBurdur Mehmet Akif Ersoy ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ AYŞE KIZILYER
- Over kanserinde miRNA ve uzun kodlanmayan RNA'nın rolü
Role of miRNA and long noncoding RNA in ovarian cancer
CANSU EVRÜKE
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2025
Kadın Hastalıkları ve Doğumİstanbul ÜniversitesiKadın Hastalıkları ve Doğum Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET YAVUZ SALİHOĞLU
- Psoriasis hastalarında hotaır ve 7Sl RNA gen ifade düzeylerinin araştırılması
Investi̇gati̇on of hotair and 7Sl RNA gene expressi̇on levels i̇n psori̇asi̇s pati̇ents
ŞEYMA YAZICI
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2020
DermatolojiSivas Cumhuriyet ÜniversitesiDeri ve Zührevi Hastalıklar Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ RUKİYE YASAK GÜNER