Geri Dön

İnflammasom kompleksinin tümörde içi bakteri ile ilişkisinin yapay öğrenme ve biyoinformatik yöntemlerle araştırılması

Exploring the association of the inflammasome complex with tumor-resident bacteria via machine learning and bioinformatics approaches

PDF İndir

  1. Tez No: 1025250
  2. Yazar: GUNEL MUKHTAROVA
  3. Danışmanlar: PROF. DR. CUMHUR GÜNDÜZ
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Biyoloji, Mikrobiyoloji, Onkoloji, Biology, Microbiology, Oncology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2026
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ege Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Kanser Biyolojisi ve İmmünolojisi Bilim Dalı
  13. Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.

Özet

Bu çalışmada, TCGA veri tabanına dayalı BIC veri seti kullanılarak pan-kanser düzeyinde 10.019 birincil tümör ve 343 normal doku örneğinde mikrobiyom analizleri gerçekleştirilmiştir. Araştırmanın amacı, tümör mikrobiyomunu kapsamlı şekilde karakterize etmek, tümör-normal doku farklılıklarını ve bu farklılıkların klinik değişkenlerle ilişkisini incelemek, çekirdek (core) mikrobiyomu belirlemek ve özellikle Staphylococcus bolluğunun inflamazom gen ifadeleri üzerindeki modülatör etkisini değerlendirmektir. Prevalans filtresi (%5) ve bilinen kontaminantların dışlanması sonrası 266 cins ile analizler yürütülmüştür. Tümör dokularında mikrobiyal zenginlik normal dokulara kıyasla anlamlı derecede düşük bulunmuştur (45,4'e karşı 79,8; p < 2,2×10⁻¹⁶). Ancak bu zenginlik kaybı kanser türüne göre heterojenlik göstermiş; LIHC, THCA ve UCEC'de belirgin azalma saptanırken BRCA, BLCA, ESCA ve STAD'de anlamlı fark gözlenmemiştir. Yüksek bolluk ve yüksek diferansiyel anlamlılık kriterlerinin kesişimi ile 25 çekirdek mikrobiyom üyesi tanımlanmıştır. Core taksonların bolluğu ile yaş (Hymenobacter, Methylobacterium, Sphingomonas), cinsiyet (Methylobacterium, Enterococcus, Sphingomonas, Brevibacillus) ve tümör evresi (Corynebacterium, Acinetobacter) arasında anlamlı ilişkiler saptanmıştır. Sağkalım analizlerinde, tümörde azalan 20 cinsin hiçbiri çok değişkenli Cox modelinde bağımsız prognostik faktör olarak anlamlı bulunmamış; Brevibacillus ve Actinoplanes için tek değişkenli analizlerde anlamlı sinyaller gözlenmiştir. Staphylococcus bolluğu ile inflamazom gen ifadeleri arasında tümör tipine özgü ilişkiler saptanmış; LUAD'de upregülasyon, BRCA'de downregülasyon gözlenmiştir. İnflamazom gen yükü yüksek kanser grupları daha uzun sağkalım göstermiştir. Sonuçlar, tümör mikrobiyomunun kanser prognozunda aktif rol oynadığını, ancak metagenomik bolluk verilerinin tek başına prognostik belirteç olarak yetersiz kaldığını göstermektedir. Gelecek çalışmalarda fonksiyonel analizler, tür düzeyinde sınıflandırma ve kişiselleştirilmiş mikrobiyota müdahaleleri önerilmektedir.

Özet (Çeviri)

This study performed microbiome analyses on 10,019 primary tumors and 343 normal tissue samples at pan-cancer level using the BIC dataset derived from The Cancer Genome Atlas (TCGA). The aim was to comprehensively characterize the tumor microbiome, investigate tumor-normal tissue differences and their associations with clinical variables, identify the core microbiome, and evaluate the modulatory effect of Staphylococcus abundance on inflammasome gene expression. After applying a 5% prevalence filter and excluding known contaminants, analyses were conducted with 266 genera. Tumor tissues exhibited significantly lower microbial richness compared to normal tissues (45.4 vs. 79.8; p < 2.2×10⁻¹⁶). However, this richness loss showed heterogeneity across cancer types; significant decreases were observed in LIHC, THCA, and UCEC, while no significant differences were found in BRCA, BLCA, ESCA, and STAD. The intersection of high abundance and high differential significance criteria identified 25 core microbiome members. Significant associations were detected between core taxa abundance and age (Hymenobacter, Methylobacterium, Sphingomonas), sex (Methylobacterium, Enterococcus, Sphingomonas, Brevibacillus), and tumor stage (Corynebacterium, Acinetobacter). In survival analyses, none of the 20 tumor-depleted genera were significant as independent prognostic factors in multivariate Cox models, while univariate analyses revealed significant signals for Brevibacillus and Actinoplanes. Tumor type-specific relationships were found between Staphylococcus abundance and inflammasome gene expression, with upregulation in LUAD and downregulation in BRCA. Cancer groups with high inflammasome gene burden showed longer survival. The results demonstrate that the tumor microbiome plays an active role in cancer prognosis; however, metagenomic abundance data alone are insufficient as prognostic biomarkers. Future studies should focus on functional analyses, species-level classification, and personalized microbiome interventions.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    730195

    Investigation of the effect of valproic acid, an hdac inhibitor, on the relationship between oxidative stress and autophagy in human eosinophil

    İnsan eosinofillerinde valproik asit ile oluşturulan oksidatif stres ve otofaji sonrası bağışık yanıtların incelenmesi

    GÖKSU ÜZEL TURAN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2022

    Allerji ve İmmünolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı (disiplinlerarası)

    DOÇ. DR. CEREN ÇIRACI

  2. Tez No

    384800

    Analysis of MEFV gene alternatively spliced transcripts expression patterns in cell culture models

    Hücre kültürü modellerinde MEFV geni alternatif kırpılmış transkriptlerinin ekspresyon modellerinin analizi

    İREM ABACI

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2013

    Genetikİstanbul Teknik Üniversitesi

    İleri Teknolojiler Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. EDA TAHİR TURANLI

  3. Tez No

    520305

    Molecular genetic characterization of nod-like receptor 11 (NLRP11) in the regulation of adaptive immune responses

    Edinsel bağışıklık cevabının düzenlenmesinde nod-benzeri reseptör 11 (NLRP11)'in moleküler genetik karakterizasyonu

    İREM ÖZEL

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2018

    Biyolojiİstanbul Teknik Üniversitesi

    Moleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. CEREN ÇIRACI

  4. Tez No

    999762

    UNDERSTANDING THE DYNAMICS OF ASC MUTATIONS INOLIGOMERIZATION AND INFLAMMASOME SIGNALING

    ASC MUTASYONLARININ OLIGOMERİZASYON VEİNFLAMMASOM SİNYALİ DİNAMİKLERİNİNİNCELENMESİ

    EFE ELBEYLİ

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2025

    BiyolojiBoğaziçi Üniversitesi

    Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. NESRİN ERKOL

  5. Tez No

    1007325

    Deneysel spinal kord hasarında oridonin tedavisinin NLRP3 inflamazom kompleksi ve miR-125a-5p ekspresyonu üzerine etkileri

    Effects of oridonin treatment on the NLRP3 inflammasome complex and miR-125a-5p expression in experimental spinal cord injury

    AMMAR ALNAGEEB

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2026

    NöroşirürjiÇukurova Üniversitesi

    Nöroşirürji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FARUK İLDAN

Geri Dön