Geri Dön

Genetic identity of Anatolian Sheepherd Dog (ASD) population using microsatellites

Anadolu Çoban Köpeği popülasyonunun genetik özgünlüğünün mikrosatellitlerle araştırılması

  1. Tez No: 116233
  2. Yazar: EVREN KOBAN
  3. Danışmanlar: PROF. DR. İNCİ TOGAN
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyoloji, Biology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2001
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 128

Özet

öz ANADOLU ÇOBAN KÖPEĞİ POPÜLAS YÖNÜNÜN' GENETİK ÖZGÜNLÜĞÜNÜN MÎKROSATELİTLERLE ARAŞTIRILMASI KOB AN, Evren Yüksek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. İnci TOGAN Eylül 2001, 109 sayfa Anadolu Çoban Köpeği (AÇK) güçlü yapısı, sadakati ve zor koşullara olan dayanıklılığı sebebiyle, Anadolu'da sürülere bekçilik etmesi için en çok tercih edilen köpek olmuştur. Bu özellikleri onu, Amerika'da, Avustralya'da, bazı Avrupa ve Afrika ülkelerinde de en iyi sürü bekçilerinden biri yapmaktadır. AÇK adı altında toplanan başlıca 3 tip köpek vardır; Kangal, Akbaş ve Kars köpeği. Fakat, Uluslararası Sinoloji Federasyonu (Federation Cynologique Internationale) tarafından yayınlanan tür standartları bu üç grubun sergilediği farklılıkları dikkate almamaktadır. Bu çalışmada, AÇK'nın (n=29, 24 Kangal ve 5 Akbaş) orta Anadolu sokak köpeklerinden (n=51) genetik farklılıklarını bulmak amacıyla 100 mikrosatelit lokusu incelenmiştir. vıAğız içi yanak mukozasından alman doku örneklerinden elde edilen DNA üzerindeki seçilen lokuslar florasan işaretli primerler kullanılarak, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) metoduyla yükseltgenmiş ve PCR ürünleri % 6Tık poliakrilamid jellere yüklenerek ABI 377 yan-otomatik DNA analizöründe koşturulmuştur. Veriler GenescanT ve GenotyperT programlan kullanılarak toplanmıştır. Verilerin istatiksel analizi için Genetex 4.0 programından yararlanılmıştır. Populasyon içi genetik çeşitlilik, averaj heterozigotluk ve ortalama alel sayılan ile ölçülmüştür. Populasyonlar alellerin frekansı ve dağılımı açısından farklılık göstermiştir. Populasyon içi ve populasyonlar arası yapıyı ve bireyler arası varyasyonu gözlemlemek için Wright'in F parametreleri, Faktöryel Eleman Analizi (Factorial Component Analysis) yapılmış. Ayrıca Da genetik uzaklığı ile alel paylaşım uzaklığı matriksleri kullanılarak komşu birleştirme (Neighbor-joining) metodu ile çizilen filogenetik ağaçlar kullanılmıştr. Sokak köpeklerinde 330, Kangal ve Akbaş'ta ise sırasıyla 51 ve 5 populasyona özgü alel gözlenmiştir. Gözlemlenen bu yüksek alel sayısı, köpeklerdeki erken evciltme merkezlerinden birinin bu bölgede yada bölgeye yakın bir yerde bulunduğuna işaret etmekte olabilir. vııBireylerin mevcut verilere göre yapılan simülasyonlar sonucu hangi populasyonlara ait olabilecekleri analiz edildiğinde en yüksek alel sayısına sahip 10 lokusun yeterli bilgiyi sağladığı görülmüştür. Bu çalışmanın sonuçlan AÇK'nın çalışılan sokak köpeği popülasyonundan farklı olduğu ve ayrıca AÇK olarak adlandırılan Kangal ve Akbaş popülasyonlarının da birbirinden önemli derecede farklılaştıklarım (Fst=0-094, P

Özet (Çeviri)

ABSTRACT GENETIC IDENTITY OF ANATOLIAN SHEPHERD DOG (ASD) POPULATION USING MICROSATELLITES KOB AN, Evren MSc, Department of Biology Supervisor: Prof. Dr. İnci TOGAN September 2001, 109 pages Anatolian Shepherd Dog (ASD) has been the most preferred dog in Anatolia as a guard dog of livestock due to their strength, courage and loyalty. They are very strong and can stand to extreme heat and cold which also make them one of the top livestock guard dogs in the US, Australia, and in some European and African countries. There are mainly three subgroups in ASD; namely Kangal, Akbash and Kars Dog; however the Breed Standard for ASD establised by Federation Cynologique Internationale does not consider the differences between these three populations. In this study, 100 canine microsatellite loci were employed to examine the genetic differentiation of ASD (n=29, 24 Kangal and 5 Akbash) from the central Anatolian feral dogs (n=51). IllDNAs were isolated from the buccal swab samples and 100 microsatellite loci were amplified by polymerase chain reaction (PCR) using fluorescently labelled primers. PCR products were run on 6% polyacrylamide gels in an ABI 377 semi-automated DNA analyzer. Data were collected using the softwares GenescanT and GenolyperT Statistical analysis of the data was performed using the program Genetix 4.0. Genetic variation within-populations was estimated by unbiased average heterozygosity values and the number of observed alleles. The populations differed in the frequency and distribution of alleles across loci. Wright's F-statistics, Factorial Correspondence Analysis and Neighbor-joining trees based on DA distances and allele sharing distance between individuals were used to analyze within and among population structure and within individuals variation. Ferals exhibited 330 whereas Kangal and Akbash dogs exhibited 51 and 5 private alleles respectively. Such high mean number of alleles in ferals may indicate that one of the early domestication sites of dogs were in or around the region where the samples collected. Assignment tests revealed that 10 loci with highest allelic diversity were nearly enough to have almost the same results with those of 100 loci. IVThe results indicated that ASD is different from the feral dogs studied and within ASD, Kangal and Akbash populations are also differentiated (Fst^O.094, P

Benzer Tezler

  1. The nuclear genetic diversity of Turkish native horse breeds and its conservation implications

    Türk yerli at ırklarının nükleer genetik çeşitliliği ve koruma alanındaki etkileri

    MELİS DENİZCİ

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2010

    BiyoistatistikBoğaziçi Üniversitesi

    Çevre Bilimleri Ana Bilim Dalı

    DR. BERRİN ERDAĞ

    YRD. DOÇ. DR. İ. RAŞİT BİLGİN

  2. Yer ve kimlik sorunsalı bağlamında kapalı konut yerleşmeleri üzerinden eleştirel bir okuma

    A critical reading on gated communities in the context of the place and identity issue

    SEVİM SEYHAN AYTEN

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    MimarlıkMimar Sinan Güzel Sanatlar Üniversitesi

    Mimarlık Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. FATMA ZEYNEP AYGEN

  3. Archaeogenomics of Anatolian wild ass

    Anadolu yaban eşeğinin arkeogenomik analizi

    MUSTAFA ÖZKAN

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    GenetikOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET SOMEL

  4. Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) genetik kaynaklarının mikrosatellit dna belirteçlerine dayalı genetik analizi

    Genetic analysis of common bean (Phaseolus vulgaris L.) genetic resources by microsatellite markers

    ÖZLEM BİLİR

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2014

    BiyoteknolojiAnkara Üniversitesi

    Tarla Bitkileri Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEBAHATTİN ÖZCAN

  5. Doğu Anadolu bölgesi popülasyonunun 15 otozomal STR lokus verilerinin değerlendirilmesi

    Populati̇on geneti̇c data for 15 autosomal str markers i̇n Eastern Turkey

    FERHAT TURGUT TUNÇEZ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    Adli TıpFırat Üniversitesi

    Adli Tıp Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MEHMET TOKDEMİR