Genetic identity of Anatolian Sheepherd Dog (ASD) population using microsatellites
Anadolu Çoban Köpeği popülasyonunun genetik özgünlüğünün mikrosatellitlerle araştırılması
- Tez No: 116233
- Danışmanlar: PROF. DR. İNCİ TOGAN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2001
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 128
Özet
öz ANADOLU ÇOBAN KÖPEĞİ POPÜLAS YÖNÜNÜN' GENETİK ÖZGÜNLÜĞÜNÜN MÎKROSATELİTLERLE ARAŞTIRILMASI KOB AN, Evren Yüksek Lisans, Biyoloji Bölümü Tez Yöneticisi: Prof. Dr. İnci TOGAN Eylül 2001, 109 sayfa Anadolu Çoban Köpeği (AÇK) güçlü yapısı, sadakati ve zor koşullara olan dayanıklılığı sebebiyle, Anadolu'da sürülere bekçilik etmesi için en çok tercih edilen köpek olmuştur. Bu özellikleri onu, Amerika'da, Avustralya'da, bazı Avrupa ve Afrika ülkelerinde de en iyi sürü bekçilerinden biri yapmaktadır. AÇK adı altında toplanan başlıca 3 tip köpek vardır; Kangal, Akbaş ve Kars köpeği. Fakat, Uluslararası Sinoloji Federasyonu (Federation Cynologique Internationale) tarafından yayınlanan tür standartları bu üç grubun sergilediği farklılıkları dikkate almamaktadır. Bu çalışmada, AÇK'nın (n=29, 24 Kangal ve 5 Akbaş) orta Anadolu sokak köpeklerinden (n=51) genetik farklılıklarını bulmak amacıyla 100 mikrosatelit lokusu incelenmiştir. vıAğız içi yanak mukozasından alman doku örneklerinden elde edilen DNA üzerindeki seçilen lokuslar florasan işaretli primerler kullanılarak, polimeraz zincir reaksiyonu (PCR) metoduyla yükseltgenmiş ve PCR ürünleri % 6Tık poliakrilamid jellere yüklenerek ABI 377 yan-otomatik DNA analizöründe koşturulmuştur. Veriler GenescanT ve GenotyperT programlan kullanılarak toplanmıştır. Verilerin istatiksel analizi için Genetex 4.0 programından yararlanılmıştır. Populasyon içi genetik çeşitlilik, averaj heterozigotluk ve ortalama alel sayılan ile ölçülmüştür. Populasyonlar alellerin frekansı ve dağılımı açısından farklılık göstermiştir. Populasyon içi ve populasyonlar arası yapıyı ve bireyler arası varyasyonu gözlemlemek için Wright'in F parametreleri, Faktöryel Eleman Analizi (Factorial Component Analysis) yapılmış. Ayrıca Da genetik uzaklığı ile alel paylaşım uzaklığı matriksleri kullanılarak komşu birleştirme (Neighbor-joining) metodu ile çizilen filogenetik ağaçlar kullanılmıştr. Sokak köpeklerinde 330, Kangal ve Akbaş'ta ise sırasıyla 51 ve 5 populasyona özgü alel gözlenmiştir. Gözlemlenen bu yüksek alel sayısı, köpeklerdeki erken evciltme merkezlerinden birinin bu bölgede yada bölgeye yakın bir yerde bulunduğuna işaret etmekte olabilir. vııBireylerin mevcut verilere göre yapılan simülasyonlar sonucu hangi populasyonlara ait olabilecekleri analiz edildiğinde en yüksek alel sayısına sahip 10 lokusun yeterli bilgiyi sağladığı görülmüştür. Bu çalışmanın sonuçlan AÇK'nın çalışılan sokak köpeği popülasyonundan farklı olduğu ve ayrıca AÇK olarak adlandırılan Kangal ve Akbaş popülasyonlarının da birbirinden önemli derecede farklılaştıklarım (Fst=0-094, P
Özet (Çeviri)
ABSTRACT GENETIC IDENTITY OF ANATOLIAN SHEPHERD DOG (ASD) POPULATION USING MICROSATELLITES KOB AN, Evren MSc, Department of Biology Supervisor: Prof. Dr. İnci TOGAN September 2001, 109 pages Anatolian Shepherd Dog (ASD) has been the most preferred dog in Anatolia as a guard dog of livestock due to their strength, courage and loyalty. They are very strong and can stand to extreme heat and cold which also make them one of the top livestock guard dogs in the US, Australia, and in some European and African countries. There are mainly three subgroups in ASD; namely Kangal, Akbash and Kars Dog; however the Breed Standard for ASD establised by Federation Cynologique Internationale does not consider the differences between these three populations. In this study, 100 canine microsatellite loci were employed to examine the genetic differentiation of ASD (n=29, 24 Kangal and 5 Akbash) from the central Anatolian feral dogs (n=51). IllDNAs were isolated from the buccal swab samples and 100 microsatellite loci were amplified by polymerase chain reaction (PCR) using fluorescently labelled primers. PCR products were run on 6% polyacrylamide gels in an ABI 377 semi-automated DNA analyzer. Data were collected using the softwares GenescanT and GenolyperT Statistical analysis of the data was performed using the program Genetix 4.0. Genetic variation within-populations was estimated by unbiased average heterozygosity values and the number of observed alleles. The populations differed in the frequency and distribution of alleles across loci. Wright's F-statistics, Factorial Correspondence Analysis and Neighbor-joining trees based on DA distances and allele sharing distance between individuals were used to analyze within and among population structure and within individuals variation. Ferals exhibited 330 whereas Kangal and Akbash dogs exhibited 51 and 5 private alleles respectively. Such high mean number of alleles in ferals may indicate that one of the early domestication sites of dogs were in or around the region where the samples collected. Assignment tests revealed that 10 loci with highest allelic diversity were nearly enough to have almost the same results with those of 100 loci. IVThe results indicated that ASD is different from the feral dogs studied and within ASD, Kangal and Akbash populations are also differentiated (Fst^O.094, P
Benzer Tezler
- The nuclear genetic diversity of Turkish native horse breeds and its conservation implications
Türk yerli at ırklarının nükleer genetik çeşitliliği ve koruma alanındaki etkileri
MELİS DENİZCİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyoistatistikBoğaziçi ÜniversitesiÇevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. BERRİN ERDAĞ
YRD. DOÇ. DR. İ. RAŞİT BİLGİN
- Yer ve kimlik sorunsalı bağlamında kapalı konut yerleşmeleri üzerinden eleştirel bir okuma
A critical reading on gated communities in the context of the place and identity issue
SEVİM SEYHAN AYTEN
Doktora
Türkçe
2021
MimarlıkMimar Sinan Güzel Sanatlar ÜniversitesiMimarlık Ana Bilim Dalı
PROF. DR. FATMA ZEYNEP AYGEN
- Archaeogenomics of Anatolian wild ass
Anadolu yaban eşeğinin arkeogenomik analizi
MUSTAFA ÖZKAN
Doktora
İngilizce
2023
GenetikOrta Doğu Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MEHMET SOMEL
- Fasulye (Phaseolus vulgaris L.) genetik kaynaklarının mikrosatellit dna belirteçlerine dayalı genetik analizi
Genetic analysis of common bean (Phaseolus vulgaris L.) genetic resources by microsatellite markers
ÖZLEM BİLİR
Doktora
Türkçe
2014
BiyoteknolojiAnkara ÜniversitesiTarla Bitkileri Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEBAHATTİN ÖZCAN
- Doğu Anadolu bölgesi popülasyonunun 15 otozomal STR lokus verilerinin değerlendirilmesi
Populati̇on geneti̇c data for 15 autosomal str markers i̇n Eastern Turkey
FERHAT TURGUT TUNÇEZ