The genetic diversity of the Galanthus L. species in Turkey
Türkiye?deki Galanthus L. türlerinin genetik çeşitliliği
- Tez No: 179038
- Danışmanlar: PROF. DR. NEŞ'E BİLGİN
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2008
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 118
Özet
Yaygın ismiyle kardelen olarak bilinen, soğanlı ve tek çenekli bir bitki olan Galanthus L., tanımlanmış 19 tür içerir. Galanthus L., Amaryllidaceae ailesinden olup Avrupa, Anadolu ve Orta Doğu'da dağılım göstermektedir. Türkiye yaklaşık bir düzine Galanthus türüne ev sahipliği yapmaktadır; söz konusu türlerden bazıları Anadolu'ya endemiktir. Diğer yandan bazı türlerin taksonomik durumu belirsizliğini korumaktadır. Bu tezde, Türkiye'deki Galanthus türlerinin genetik çeşitliliğini belirlemek üzere moleküler filogenetik yaklaşım benimsenmiştir. Bu amaçla nüklear ribozomal ITS bölgesine dayalı bir moleküler filogenetik yöntem ile amplified fragment length polymorphism (AFLP) tekniği uygulanmıştır. Nükleer ribozomal DNA gen kümelerine uygulanan DNA dizileme sonuçları, bu bölgenin aynı genom içinde sergilediği birörnek yapının ve farklı genomlar arasında gösterdiği çeşitlilik düzeyinin, cins içi akrabalık ilişkilerini belirlemeye yeterli olacağını ortaya koymuştur. Bu çalışma, söz konusu nükleer bölgenin (ITS1, ITS2 ve 5.8S rDNA) yanı sıra, kloroplast genomunda bulunan trnL(UAA) intron dizileri ve trnL(UAA) 3' ve trnF(GAA) 5' genleri arasında kalan bölgenin incelenmesi ile desteklenmiştir. Tüm bu dizilerden yola çıkarak oluşturulan filogenetik ağaçlar, aynı coğrafyada yer alan türlerin birlikte gruplandığını ve bu gruplamanın kimi noktalarda morfolojik karakterler temel alınarak oluşturulan taksonomik sınıflandırma ile karşıtlık oluşturduğunu göstermektedir. Özellikle G. alpinus, G. krasnovii ve G. trojanus için ulaşılan sonuçlar, sadece morfolojik verilere dayanarak oluşturulan taksonomiye göre belirgin farklılıklar içermektedir. Morfolojik açıdan farklılıklar gösteren fakat coğrafi dağılım açısından çakışan bazı yakın türler söz konusu olduğunda, kullanılan nükleer ve kloroplast belirteçleri yetersiz kalmıştır. Bu noktada AFLP analizi tüm genom boyunca birçok lokus üzerindeki polimorfizmler aynı anda karşılaştırabildiğinden, etkili bir yöntem olarak karşımıza çıkmaktadır. Bu tezde AFLP yöntemi hem Galanthus cinsinde, hem de bu cinsin ait olduğu Amaryllidaceae ailesinde ilk kez optimize edilmiş ve uygulanmıştır. Optimizasyon deneyleri, AFLP uygulanarak elde edilen oligonükleotidlerin hem boyları hem de elektroferogramlarda elde edilen data kalitesi açısından tatmin edici sonuçlar vermiştir. Bu yöntemin değişik coğrafi konumlardan ve yüksekliklerden toplanmış daha fazla sayıda örneğe uygulanması, soru işareti barındıran Galanthus türlerinin taksonomik durumunu netleştirecektir. Yine bu çalışmada, rDNA bölgesinden elde edilen dizileme sonuçları, değişik Galanthus türlerine restriksiyon enzim kesimi deneylerinin uygulanması amacıyla kullanılmıştır. Bu tezde elde edilen birçok moleküler veri, tehlike altında bulunan ve resmi ticareti kısıtlanmış olan birçok türün ticarine izin verilen türlerden hızlı ve güvenilir bir yöntemle ayırt edilmesini sağlayacak önerileri beraberinde getirmiştir.
Özet (Çeviri)
Galanthus L., widely known as snowdrops, is a genus of bulbous monocotyledons, consisting of 19 confined species. It belongs to the family Amaryllidaceae. The genus is confined to Europe, Asia Minor, and the Near East. There are about a dozen Galanthus species in Turkey, some of which are endemic to Anatolia. However, the identity and the taxonomic status of some of the species in Turkey are still unclear. In this thesis, a molecular phylogenetic approach is used including both the ITS-based phylogenetic method and amplified fragment length polymorphism (AFLP) to study the genetic diversity of the Galanthus species in Turkey. DNA sequencing of the nuclear ribosomal DNA gene cluster presents both intra-genomic uniformity and inter-genomic variability sufficient to construct a satisfying parental relationship within the genus. In addition to the nuclear ribosomal DNA intragenic spacer region (ITS1, ITS2 and 5.8S rDNA), chloroplast trnL(UAA) intron sequences, and the intergenic spacer between trnL(UAA) 3? and trnF(GAA) 5? genes are also studied. Phylogenetic trees constructed using this data showed that species of the same geography clustered together, in contrast to the presently recognized taxonomy based on morphological characters. In particular, the taxonomical status of G. alpinus, G. krasnovii and G. trojanus displayed significant differences compared to classification table based solely on morphology. A few closely related species which are indeed morphologically distinct but overlapping in their geographical distribution remained indistinguishable with the nuclear and chloroplast markers used. At this point, a second molecular tool, AFLP, proved to be a powerful technique in comparing several loci polymorphisms within the genome simultaneously. AFLP has been optimized and applied for the first time in this thesis not only for the phylogenetic studies of the Galanthus species but also for the Amaryllidaceae family. Optimization assays yielded satisfactory results in terms of fragment size and peak quality obtained on electropherograms. Application of this technique to a larger number of specimens to be collected from different altitudes and sites, would ascertain the identity and taxonomic status of the Galanthus species in question. Furthermore, within this study, the sequencing data for rDNA have been used to develop restriction assays to identify various Galanthus species. Molecular data presented in this thesis allow the application of a quick and a reliable method for distinguishing many endangered species from abundant and legally tradable bulbs.
Benzer Tezler
- Determination of genetic variations of chickpea, lentil and almond genotypes stored in the Jordanian gene bank using PCR-based molecular markers
PCR tabanlı moleküler markırlar kullanılarak Ürdün gen bankasında saklanan nohut, mercimek ve badem genotiplerinde genetik varyasyonun bel,rlenmesi
GHENA JABER RADI AL HMOUD
Doktora
İngilizce
2022
BiyolojiEskişehir Teknik ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. EMEL SÖZEN
- The nuclear genetic diversity of Turkish native horse breeds and its conservation implications
Türk yerli at ırklarının nükleer genetik çeşitliliği ve koruma alanındaki etkileri
MELİS DENİZCİ
Yüksek Lisans
İngilizce
2010
BiyoistatistikBoğaziçi ÜniversitesiÇevre Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. BERRİN ERDAĞ
YRD. DOÇ. DR. İ. RAŞİT BİLGİN
- Determination of genetic diversity of rhododendron species in turkey
Türkiye orman güllerinin genetik çeşitliliğinin belirlenmesi
İSMAİL TUĞBERK KAYA
Yüksek Lisans
İngilizce
2017
BiyolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MÜGE TÜRET
- Türkiye'deki kestane (Castanea sativa mill.) popülasyonlarının genetik çeşitliliği ve iklim değişikliğine karşı bölgesel adaptasyonlarının belirlenmesi
Determination genetic diversity and regional adaptations to climate change of chestnut (Castanea sativa mill.) populations in Türkiye
FADİME BEYAZYÜZ
Doktora
Türkçe
2023
BiyolojiDüzce ÜniversitesiOrman Mühendisliği Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ŞEMSETTİN KULAÇ
DR. ÖĞR. ÜYESİ ELİF GÜLBAHÇE MUTLU
- Kök çürüklüğü etmeni Fusarium culmorum'a karşı dayanıklılığı bilinen bazı buğday çeşit ve yerel genotipler arasında SSR markörler yardımıyla genetik çeşitliliğin belirlenmesi
Determination of genetic diversity with the help of SSR markers among some wheat varieties and local genotypes with known resistance against the root root causer Fusarium culmorum
KÜBRA TAŞ
Yüksek Lisans
Türkçe
2024
BiyoteknolojiSelçuk ÜniversitesiBitki Islahı ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. SEYDİ AHMET BAĞCI