Laktokok fajlarının gelişme parametreleri, kapsid proteinleri ve restriksiyon endonukleaz analizleri esas alınarak sınıflandırılması
Classification of lactococcal phages based on their growth parameters, capcid proteins and restriction endonuclease analysis
- Tez No: 133233
- Danışmanlar: PROF. DR. MUSTAFA AKÇELİK
- Tez Türü: Doktora
- Konular: Gıda Mühendisliği, Food Engineering
- Anahtar Kelimeler: Lactococcus lactis, phage, classification, growth parameters, protein profile, restriction endonuclease analysis
- Yıl: 2003
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Ankara Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 109
Özet
ÖZET Doktora Tezi LAKTOKOK FAJLARININ; GELİŞME PARAMETRELERİ, KAPSÎD PROTEİNLERİ VE RESTRİKSİYON ENDONUKLEAZ ANALİZLERİ ESAS ALINARAK SINIFLANDIRILMASI Pınar ŞANLIBABA Ankara Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Gıda Mühendisliği Anabilim Dalı Danışman: Prof. Dr. Mustafa AKÇELİK Bu çalışmada, Türkiye genelini temsil eden çiğ süt ve peyniraltı suyu örneklerinden izole edilen 32 L lactis subsp. lactis, 14 Z. lactis subsp. cremâris, 14 L. lactis subsp. lactis biovar. diacetylactis fajuun; 98 farklı L. lactis suşuna (61 L. lactis subsp. lactis, 24 L. lactis subsp. cremoris ve 13 I. lactis subsp. lactis biovar. diacetylactis) karşı konakçı etkinlikleri esas alınarak dominant tipleri belirlendi ve bu dominant faj tiplerinde; gelişme parametrelerinin, faj protein profillerinin ve faj DNA restriksiyon endonukleaz fragmentlerinin tanımlanması suretiyle sınıflandırma şemaları oluşturuldu. Laktokok suşlarına karşı % 50 ve üzerinde litik etki gösterme özelliğine göre, 18 dominant faj tanımlandı. Bu fajlara ilave olarak tamamen aynı konakçı etkinliğine sahip 2 faj ve farklı konakçı suşlar kullanılarak izole edilen 4 faj da moleküler analiz denemelerine dahil edildi. Toplam 24 laktokok fajmda; latent dönem 5-15 dakika, artış dönemi 5-35 dakika, plak büyüklüp 0,6 - 1,5 mm, adsorbsiyon oram % 94,6 - 99,9, patlama büyüklüğü 44 - 147 adet ve plak etkinliği 0,96 - 1 arasında bulundu. 24 laktokok fajında 6,5 - 208,9 kDa moleküler büyüklükte 24-31 adet arasında değişen sayıda toplam yapısal protein ve 6,5 - 38 kDa moleküler büyüklükte 2-8 adet arasında değişen sayıda major yapısal protein saptandı. Laktokok fajlan toplam yapısal protein içeriklerine göre 5 farklı grup, major yapısal protein içeriklerine göre ise 4 farklı grup altında sınıflandırıldı. 24 laktokok fajuun toplam genom büyüklükleri 19,6 - 39 kb değerleri arasında tanımlandı. Laktokok faj genomlarında restriksiyon endonukleaz enzim tanıma ve kesim bölgelerinin çakışmasına göre 8 farklı faj grubu oluşturuldu. Araştırmada kullanılan sınıflandırma kriterleri içerisinde, faj farklılığının ya da benzerliğinin saptanmasında en güvenilir test yöntemi, restriksiyon endonukleaz analizleri olarak tanımlandı. 2003, 98 sayfa ANAHTAR KELİMELER: Lactococcus lactis, faj, sınıflandırma, gelişme parametreleri, protein profili, restriksiyon endonukleaz analizi
Özet (Çeviri)
ABSTRACT Ph. D. Thesis CLASSIFICATION OF LACTOCOCCAL PHAGES BASED ON THEİR GROWTH PARAMETERS, CAPSID PROTEINS AND RESTRICTION ENDONUCLEASE ANALYSIS Pınar ŞANLIBABA Ankara University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Food Engineering Supervisor: Prof. Dr. Mustafa AKÇELİK In this study, dominant phage types of 32 L. lactis subsp. lactis, 14 L. lactis subsp. cremoris, 14 L. lactis subsp. lactis biovar. diacetylactis phages, isolated from raw milk and whey samples representing Turkey, were determined based on their host activities against 98 different L. lactis strains (61 L. lactis subsp. lactis, 24 L. lactis subsp. cremoris and 13 L. lactis subsp. lactis biovar. diacetylactis) and classification diagrams were constituted by defining growth parameters, phage protein profiles and phage DNA restriction endonuclease fragments of these dominant phage types. Eighteen of these bacteriophages were identified dominant bacteriophages according to equal or up to SO % lytic activity against lactococcal strains. In addition, two bacteriophages having similar host range characters and four bacteriophages, isolated from different host strains, were added for molecular analysis experiments. Latent periods, rise periods, plaque sizes, adsorption rates, burst sizes, plaque efficiencies of these 24 lactococcal phages were ranged at the rates of 5 - 15 min, 5-35 min, 0.6 - 1.5 mm, 94.6 - 99.9 %, 44 - 147 and 0.96 - 1, respectively. 24 lactococcal phages were possessed among 24-31 total structural proteins with molecular masses 6.5 - 208.9 kDa and 2 -8 major structural proteins with molecular masses 6.5 - 38 kDa. Lactococcal phages were classified as 5 different groups by total structural proteins and 4 different groups by major structural proteins. Total genome sizes of 24 lactococcal phages were 19.6 to 39 kb. Eight different phage groups were constructed according to the same restriction endonuclease recognition and restriction sites on the lactococcal phage genomes. The most reliable method for the determination of similarities and differences of phages were identified as restriction endonuclease analysis among tested classification criteria. 2003, 98 pages
Benzer Tezler
- Laktokok fajlarının, sıcaklık uygulamaları ve biyositlerin kullanımı yolu ile inaktivasyonu
Inactivation of lactococcal phages by heat treatment and biocides
PINAR ÖZTÜRK
- Laktik streptokok fajlarının izolasyonu ve elektron mikroskobu ile incelenmeleri
Isolation and electron microscopic investigation of phages of lactic streptococci
L. YETİN AYDAR
Yüksek Lisans
Türkçe
1992
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Bilimi ve Teknolojisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEZİHE TUNAİL
- Laktokok suşları tarafından üretilen bakteriyosinlerin tanısı ve bu özelliğin genetik doğasının belirlenmesi
Identification of bacteriocin which are produced by lactococcal strains and determination of genetic nature of this property
YASİN TUNCER
Doktora
Türkçe
2005
Gıda MühendisliğiAnkara ÜniversitesiGıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
PROF.DR. MUSTAFA AKÇELİK
- Türkiye'de peynir yapımında kullanılan streptokok içeren ticari starterlerin yerli bakteriyofajlara karşı dirençliliklerinin araştırılması
Research on resistance of commercial streptococcal cheese storter cultures against to domestic bacteriophages in Turkey
FÜGEN DURLU
- Doğal tip Lactococcus lactis suşlarının endüstriyel starter kültür potansiyellerinin belirlenmesi
Detection of industrial starter culture potentials of wild type Lactococcus lactis strains
BURCU ÖZKALP