Geri Dön

A biochemical model for the interactions between tumor cell mass and vascular endothelial cells leading to angiogenesis

Tümör hücre kütlesi ile vasküler endotel hücresi arası ilişkilerin doğurduğu anjiyogenezin biyokimyasal modellemesi

  1. Tez No: 170844
  2. Yazar: MERYEM AYŞE YÜCEL
  3. Danışmanlar: Y.DOÇ.DR. ATA AKIN, Y.DOÇ.DR. IŞIL AKSAN KURNAZ
  4. Tez Türü: Yüksek Lisans
  5. Konular: Biyokimya, Biyomühendislik, Biochemistry, Bioengineering
  6. Anahtar Kelimeler: Anjiyogenez, tümör, endotel hücre, GEPASI, model, Angiogenesis, tumor, endothelial cell, GEPASI, model
  7. Yıl: 2005
  8. Dil: İngilizce
  9. Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
  10. Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 94

Özet

TÜMOR HÜCRE KÜTLESİ İLE VASKULER ENDOTEL HÜCRESİ ARASI İLİŞKİLERİN DOĞURDUĞU ANJİYOGENEZİN BİYOKİMYASAL MODELLEMESİ ÖZET Tümör büyümesi ve yayılmasının yeni damar oluşumuna bağımlılığı yeni araştırma ve tedavi imkanları sunmaktadır. Tümör büyümesinin in vivo gözlemlenmesi, üssel tümör büyümesinin, varolan damarlardan yeni damar oluşmaya başlamadan meydana gelmediğini gösteriyor. Bu yeni damar oluşum süreci anjiyogenez olarak adlandırılıyor, ve anjiyogeneze yol açan sinyal yollarının tespiti araştırmacılar için büyük bir uğraşı alanı oluşturuyor. Anjiyogenezin kapsadığı sinyal yollarının önemini anlayarak, tümör kitlesi ve endotel doku içindeki hücre içi sinyal yollarının biyolojik olarak önemli bir benzetim modelini oluşturmayı hedefledik. Tümör hücresi modeli, sinyal yollarının, yüksek metabolik hız sonucu oluşan düşük oksijenli ortama gösterdikleri tepkiyi ve vasküler endotel büyüme faktörü; VEGF salgılanmasını kapsıyor. Anjiyogenez modelinde ise anjiyogeneze ve yayılmaya yol açan matriks metalloproteinas (MMP) üretimi gibi endotel hücresinin VEGF sinyaline verdiği tepkiler çalışıldı. Modeller, netten serbestçe indirilebilen kinetik benzetim yazılım programı olan GEPASI kullanılarak oluşturuldu. Tümör hücresi modelinde, oksijen yoğunluğunun yaklaşık lxlO7 nM'a yükseltilmesinin VEGF üretimi üzerinde önemli bir etki oluşturmadığı gözlendi. Bu yoğunluğun üzerine çıkıldığında VEGF üretiminde dramatik düşüş gözlendi. Bu da VEGF ilerleticisinden yeterli durdurma işaretinin alındığım gösteriyor. Tümör hücrelerindeki metabolizma hızı artışıyla yazılım ve aktarım hızlarının arttırılması bu tepkinin daha da hızlı olmasına yol açıyor. Benzer bir şekilde, epitel hücrelerinin anjiyogenez modelinde, gelen VEGF sinyaline karşı gösterilen en yüksek MMP üretiminin, MAPK aktivasyonunun Ras/Raf sinyal yoluna paralel olarak doğrudan PKC etkisinin de bulunmasıyla elde edildiği gösterildi.

Özet (Çeviri)

IV A BIOCHEMICAL MODEL FOR THE INTERACTIONS BETWEEN TUMOR CELL MASS AND VASCULAR ENDOTHELIAL CELLS LEADING TO ANGIOGENESIS ABSTRACT The fact that the growth and spread of tumors are dependent on angiogenesis and that rapid exponential growth of tumors does not begin until a new blood vessel forms from the existing ones brought new research areas and potential therapeutic opportunities to the researchers. This new blood formation process is called angiogenesis, and the identification of the important signaling pathways leading to angiogenesis is a major challenge to researchers. Understanding the importance of the pathways involved in angiogenesis, we have aimed to design a biologically significant in silico model of the individual cell signaling pathways within the signaling tumor mass and recipient endothelial tissue. In the tumor cell model, the signaling pathways respond to hypoxia that occurs due to high metabolic rates, and express and secrete the vascular endothelial growth factor, VEGF. In the endothelial cell model, endothelial cell response to this VEGF signal is studied, such as matrix metalloproteinase (MMP) production leading to angiogenesis and metastasis. The models are constructed using GEPASI 3.3 which is a freely-available kinetics simulation software package. In the tumor cell model it was observed that increasing the oxygen concentration to around lxlO7 nM seems to have no significant effect on VEGF production, after which the levels decline dramatically, indicating efficient shut off from VEGF promoter. The response is much faster when the transcription and translation rates are increased, in accordance with enhanced metabolism in tumor cells. Similarly, in the endothelial cell models of endothelial cells, we successfully show that the highest MMP production in response to incoming VEGF signal is obtained when direct PKC activation of MAPK was present parallel to the Ras/Raf pathway.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    812416

    Insights from a 3D culture model : Exploring the synergistic ımpact of tissue stiffness and matrix composition on tumor progression

    3B kültür modelinden içgörüler: Doku sertliği ve matris bileşiminin tümör i̇lerlemesi üzerindeki sinerjistik etkisini keşfetmek

    DENİZ ÖRNEK

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyomühendislikKoç Üniversitesi

    Hücresel ve Moleküler Tıp Ana Bilim Dalı

    DR. ÖĞR. ÜYESİ ECE ÖZTÜRK

  2. Tez No

    563838

    Mimicking the tumor microenvironment in lab-on-a-chip devices

    Yonga-üstü-laboratuvar aygıtlarında tümör mikroçevresinin taklit edilmesi

    MÜGE BİLGEN

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2019

    Biyoteknolojiİzmir Yüksek Teknoloji Enstitüsü

    Biyoteknoloji ve Biyomühendislik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. DEVRİM PESEN OKVUR

    DR. ÖĞR. ÜYESİ NUR BAŞAK SÜRMELİ

  3. Tez No

    175202

    Sıçanlarda oluşturulan deneysel akut etanole bağlı hepatotoksisite modelinde karaciğerde peroksizom proliferatörünce aktive edilen reseptör alfa (PPARa) ekspresyonunun serum tümör nekrozis faktör alfa (TNFa) seviyesi ile olan ilişkisi

    Relation of serum TNFa and hepatic expression pf PPARa in acute alcohol toxicty model in rats

    FATİH OĞUZ ÖNDER

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2006

    Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıAnkara Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HAKAN BOZKAYA

  4. Tez No

    473026

    Design of biodegradable hydrogels for the development of in vitro models for glioblastoma multiforme

    Biyobozunur hidrojellerin glioblastoma multiform için in vitro modellerin geliştirilmesi için tasarlanması

    PELİN ERKOÇ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2017

    BiyomühendislikKoç Üniversitesi

    Biyomedikal Bilimler ve Mühendislik Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. SEDA KIZILEL

    YRD. DOÇ. TUĞBA BAĞCI ÖNDER

  5. Tez No

    414052

    Understanding the relation of cancer and inflammation by constructing structural toll-like receptor pathway

    Toll-benzeri reseptörlerin yapısal yolaklarını oluşturarak kanser ile enflamasyon arasındaki ilişkiyi anlamak

    EMİNE GÜVEN MAIOROV

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2015

    BiyolojiKoç Üniversitesi

    Kimya ve Biyoloji Mühendisliği Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. ZEHRA ÖZLEM KESKİN ÖZKAYA

    PROF. DR. ATTİLA GÜRSOY

Geri Dön