Geri Dön

Boğaz enfeksiyonu nedeni olan A grubu beta hemolitik streptokokların M protein tiplerinin 'emm' gen sekans analizi ile belirlenmesi

Determination of M types of group A beta hemolytic streptococci by 'emm' sequencing analyse

PDF İndir

  1. Tez No: 171993
  2. Yazar: GÜLÇİN AKCA
  3. Danışmanlar: PROF.DR. NEDİM SULTAN
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
  7. Yıl: 2006
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Gazi Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 105

Özet

Özellikle Streptococcus pyogenes (S.pyogenesYe bağlı boğaz enfeksiyonlarından sonra çok çeşitli virülans faktörlerine bağlı olarak invaziv hastalıkların gelişebileceği bilinmektedir. Bu virülans faktörlerinden en önemlisi M proteinidir. Birçok ülkede boğaz enfeksiyonu etkeni olan S. pyogenes 'in M tiplerini araştıran çok sayıda çalışma yapılmasına rağmen, ülkemizde bu konuda yapılmış herhangi bir çalışmaya rastlanmamıştır. Bu çalışmada boğaz enfeksiyonu olan bireylerden alınan boğaz kültürlerinden izole edilen A grubu beta hemolitik streptokok (S. pyogenes) suşlarının M tiplerinin emm gen sekans analizi ile belirlenmesi amaçlanmıştır. Bu amaçla, Gazi Üniversitesi Tıp Fakültesi Hastanesi Mikrobiyoloji laboratuvarına çeşitli klinik ve polikliniklerden gelen boğaz sürüntü örneklerinden izole edilip konvansiyonel yöntemler ve API 20STREP kiti ile tanımlanan 114 adet S. pyogenes susu çalışmaya alınmıştır. Bu suşların 97' sinde (%85) CDC'nin önerdiği emmPl (5'-tatt(c/g)gcttagaaaattaa-3') ve emmP2 (5'-gcaagttcttcagcttgttt- 3') primerleri kullanılarak emm geni çoğaltma ürünü elde edilmiştir. Elde edilen bu ürünlerden 91 tanesinin(%93) DNA dizi analizi yapılıp, ClustalW vl.7 yazılımı kullanılarak tüm dizileri içeren lokal ve global hizalaması yapılmıştır. Hizalama için yerel BLAST sunucusundan yararlanılmıştır. Filogenetik dendrogram çizilmiş ve emm tipleri belirlenmiştir. Bu emm tiplerinin: 1, 3, 4, 6, 9, 11, 12, 14, 18, 22, 24, 29, 33, 43, 48, 75, 77, 78, 89, 90, 102, 112, 118, numaralı tipler olduğu bulunmuştur. 23 çeşit olan bu emm tipleri arasında en çok oranda belirlenenlerin ise sırasıyla, emm 12, 3, 1, 75, 29 olduğu saptanmıştır. Geriye kalan 23 örnek tiplendirilemeyen M proteinleri olarak kabul edilmiştir En çok görülen 5 adet emm tipinin daha çok 10 yaş altı ve okul çağı çocuklarından izole edildikleri görülmüştür. Ayrıca, en sık görülen emm 1, 3 ve 12 tipleri de dahil olmak üzere, bu çalışmada bulunan emm/M tiplerinin 15 tanesinin GAS 'a karşı geliştirilen 26 VV aşısının içerdiği M serotipilerinin kapsamında olduğu bulunmuştur. Bu nedenle, bu aşının, çalışmamızdaki tanımlanmış tüm emm tipleri üzerinde % 76.9 oranında etkili olabileceği düşünülmektedir. Sonuç olarak, bu çalışma az sayıda örnek ile yapılmış bir çalışmadır ve sadece bir merkeze başvuran hastalardan elde edilen suşlarla yapılmıştır. Ancak ülkemizde S. pyogenes emm tiplerini belirleyen ilk çalışma olmuştur. Bu çalışma, ülkemiz için bilimsel bir açığı gidererek bu konuda gelecekte yapılacak çalışmalara da zemin hazırlayacak bir ön çalışma olmuştur. Bu tür çalışmaların daha fazla örneklem sayısında gerçekleştirilmesi ile farklı coğrafik yerleşim bölgelerine göre emm tiplerinin dağılımı da belirlenebilecektir. Buna ek olarak, bu çalışmalar, farklı bölgelerdeki invaziv hastalık ve komplikasyonların da dağılımının önceden belirlenebilmesine olanak tanıması ve aşı geliştirme çalışmalarında yol gösterici olması açısından da büyük önem taşımaktadır.

Özet (Çeviri)

Following Streptococcus pyogenes (S. pyogenes) related throat infections, invasive diseases may occur due to several virulence factors. The most important virulence factor which leads to these diseases is known as M protein. Although many studies explore M types of S. pyogenes which lead throat infections in many countries, an accomplished research has not been found in our country yet. In this study it was aimed to determine M types of S.pyogenes which were isolated from the cultures of individuals who had throat infections, by using emm gene cycle-sequencing analyse. For this purpose, 114 S.pyogenes strains which were isolated from the throat cultures were sent to Gazi University, Hospital of Faculty of Medicine, Microbiology laboratory from different clinics and policlinics and identified with conventional and API methods, were included in this study.“emm”specific PCR products were obtained in 97 of the strains (85%) using emmPl(5'- tatt(c/g)gcttagaaaattaa-3') and emmP2 (5'-gcaagttcttcagcttgttt-3') which were suggested by CDC. 91 of these emm types were sequenced by DNA cycle- sequencing analyse and local and global alignments which contain all sequences were performed by Clustal W vl.7 software. The BLAST server was used for the alignment. Phylogenetic dendrogram was drawn and emm types were identified. The emm types were 1, 3, 4, 6, 9, 11, 12, 14, 18, 22, 24, 29, 33, 43, 48, 75, 77, 78, 89, 90, 102, 112, 118. The most frequent emm types among these 23 different emm types were 12, 3, 1, 75, 29 respectively. The other 23 types which were not identified were accepted as nontypeable. M types. The most frequent 5 emm types were isolated from school age children who were under 10 years old. Besides, 15 of emm/M types including the most frequently seen emm 1, 3 and 12 which were determined in this study, were found that they were also in the contents of M types of 26 VV vaccine developed for GAS. For this reason, this vaccine is suggested to be effective as 76.9 % on all defined emm types in our study In conclusion, this study was carried out with limited samples and performed with strains which were isolated from patients who addressed to only one center. However, this study was the first study in our country which identified emm types of S. pyogenes. This study will meet the scientific deficit in our country and provide a scientific base which will lead to other researches in the future. The use of great deal of samples in these types of studies will help to determine the distribution of emm types according to different geographic regions. In addition, these researches are very important to provide the early determination of the distribution of invasive diseases in different regions and also their complications and to be the guide in vaccine development researches.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    142369

    Akut romatizmal ateş ve poststreptokokal reaktif artritte HLA-DR antijenlerinin sıklığı

    HLA-DR antijen frequencies among patients with acute rheumanic fever and post-streptococcal reactive arthritis

    FİLİZ EKŞİ HAYDARDEDEOĞLU

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2004

    RomatolojiAnkara Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NURŞEN DÜZGÜN

  2. Tez No

    645641

    Birinci basamakta grup A streptokoksik tonsillofarenjit tanısında centor tanı kriterleriyle hızlı antijen testinin antibiyotik reçetelendirme üzerine etkilerinin araştırılması

    Başlık çevirisi yok

    İLHAN SEYHAN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2020

    Aile HekimliğiSağlık Bilimleri Üniversitesi

    Aile Hekimliği Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. ZUHAL AYDAN SAĞLAM

  3. Tez No

    688849

    Romatizmal kapak hastalıklı çocuk hastalarda tam kan analizindeki parametrelerin sistemik inflamasyon göstergesi olarak kullanılması

    Role of parameters in whole blood analysis as an indicator of systemic inflammation in pediatric patients with rheumatic valve disease

    LALA NURMAMMADOVA

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıBezm-i Alem Vakıf Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. UFUK ERENBERK

  4. Tez No

    540117

    Grup A beta hemolitik streptokok tonsillofarenjitinde tanı yöntemlerinin özgüllükleri ile duyarlılıklarının karşılaştırılması ve modifiye centor klinik skorlamasının etkinliği

    Comperison of spesificity and sensitivity of the diagnostic methods in group A beta hemolytic streptococcus tonsillopharyngitis and effectivenes of modified centor clinic scoring

    MÜNEVVER İREM ŞAHAN ŞEREF

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2019

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıGazi Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. HASAN TEZER

  5. Tez No

    108097

    Sekiz-on dört yaş arası hafif persistan astmalı çocuklarda montelukast sodyum kullanımının değerlendirilmesi ve inhale kortikosteroidlerle karşılaştırılması

    Evaluation of montekulast sodium in eight to fourteen years old children with mild persistent asthma and comparison with inhaled corticosteroids

    LERZAN SÜNNELİ

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2001

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıDokuz Eylül Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF.DR. ÖZKAN KARAMAN

Geri Dön