Geri Dön

DNA sekans analiz sistemiyle nontüberküloz mikobakteri türlerinin tanımlanması

Identification of nontuberculous mycobacterial species using DNA sequence analysis

  1. Tez No: 175122
  2. Yazar: KERAMETTİN YANIK
  3. Danışmanlar: PROF. DR. MURAT GÜNAYDIN
  4. Tez Türü: Tıpta Uzmanlık
  5. Konular: Mikrobiyoloji, Microbiology
  6. Anahtar Kelimeler: Mycobacteria other than tuberculosis, hsp65, 16S rRNA, dizi analizi, Mycobacteria other than tuberculosis, hsp65, 16S rRNA, sequence analysis
  7. Yıl: 2007
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Ondokuz Mayıs Üniversitesi
  10. Enstitü: Tıp Fakültesi
  11. Ana Bilim Dalı: Mikrobiyoloji ve Klinik Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 123

Özet

Mikobakteri genusu hayvan ve insanlarda hastalık oluşturabilen ve çevrede yaygın olarak bulunan 100 'den fazla türü içerir. Bu genus içerisinde Mycobacterium tuberculosis kompleks'in haricindeki mikobakteriler Mycobacteria other than tuberculosis (MOTT) olarak adlandırılır. MOTT basilleri özellikle immünsüprese hastalarda, çevreden bulaş veya kolonizasyon yoluyla giderek artan ciddi enfeksiyonlar oluşturur. Özellikle son yıllarda 'Acquired Immunodeficiency Syndrome' insidansının artması ve kanser tedavisinde kemoterapötik ilaç kullanımımn yaygınlaşması MOTT enfeksiyonlarının görülme sıklığım daha da artmıştır. Bu artışla birlikte MOTT erıfeksiyonlarının doğru ve erken tanısı daha da önemli hale gelmiştir. Mikobakterilerin tür düzeyinde tanımlanmasında klasik ve moleküler metotlar birlikte kullanılır. MOTT enfeksiyonlarının klinik tanısı zor olup, etkenin tür düzeyinde tanımlanmasında klasik yöntemler uzun zaman içinde sonuçlanır ve yeterli tanımlama sağlamaz. Bu nedenle son yıllarda MOTT basillerinin tanısında hızlı ve güvenilir moleküler yöntemler tercih edilmektedir. Bu yöntemlerden biri olan DNA dizi analizi diğer moleküler yöntemlere göre daha ayrıntılı bilgi verir ve daha fazla mikobakteri türünü tanımlar. Mikobakterilerin tür düzeyinde tammlanmalannda genellikle 16S rRNA veya DNA, hsp65, recA, sodA, gyrB, rpoB, 1 6S-23S interspace gen bölgeleri kullanılmaktadır. Çalışmamızda Ondokuz Mayıs Üniversitesi Tıp Fakültesi ve Refik Saydam Hıfzısıhha Merkezi Mikobakteri Referans Labaratuvar'lannda çeşitli klinik örneklerden izole edilen 59 MOTT türü çalışıldı. 16S rRNA ve hsp65 gen bölgelerinden elde edilen DNA dizi verilerinin ayrı ayrı ve birlikte değerlendirilmesi sonucunda MOTT türleri tanımlandı. Her iki gen bölgesinin ayrı ayrı ve birlikte MOTT tanısındaki başarısının gösterilmesi amaçlandı. DNA dizi analizi için ABI 310 analizör kullanıldı.Çalışmada 16S rRNA gen bölgesi DNA dizi analizi ile 59 MOTT susunun 55 'i (%93,2), hsp65 DNA dizi analizi ile 59 MOTT susunun 47'si (%79,7) tam olarak tanımlandı. Her iki hedef gen bölgesinin kullanılmasıyla 59 MOTT susunun tamamı identifiye edildi. 16S rRNA gen bölgesi DNA dizi analizi ile tanımlananan dört susun ikisi gen bankası verilerindeki M. chelonaee-M. abscessus ile %100 uyumlu bulunmasına rağmen, iki türü birbirinden ayıramamıştır. Bu iki türün hsp65 DNA dizi analiz sonucuna göre birinin M. chelonae (%100 uyumlu), diğerinin M. abscessus (%100 uyumlu) olduğu saptanmıştır. Diğer iki mikobakteri türü gen bankası verilerindeki M. peregrinum-M. septicum ile biri %99, diğeri %100 uyumlu bulunmasına rağmen, iki türü birbirinden ayıramamıştır. Bu iki türün hsp65 DNA dizi analiz sonucuna göre M. pregrium ile %100 uyumlu, olduğu saptanmıştır. Hsp65 DNA dizi analizi ile tammlanamayan 12 susun beşi gen bankası verilerindeki M. neoaurum- M. parafortuitum ile dördü %100 ve biri %99 M. neoaurum-M. parafortuitum ile uyumlu bulunmasına rağmen, beş türü birbirinden ayıramamıştır. Bu beş türün 16S rRNA DNA dizi analiz sonucuna göre M. neoaurum (%100 uyumlu) olduğu saptanmıştır. Beş mikobakteri türü gen bankası ile %98 M. fortuitum-M. houstonense ile uyumlu bulunmasına rağmen, iki türü birbirinden ayıramamıştır. Bu iki türün 16S rRNA gen bölgesi DNA dizi analiz sonucuna göre M. alvei (%100 uyumlu) olduğu saptanmıştır. Kalan iki mikobakteri türü gen bankası verilerine göre biri %96 M. elephantis-M. pulveris, diğeri %96 M. flavescens-M. novocastrense ile uyumlu bulunmasına rağmen, türleri birbirinden ayıramamıştır. Bu iki türün 16S rRNA gen bölgesi DNA dizi analiz sonucuna ilki M. elephantis (%100 uyumlu), diğeri M. flavescens (%99 uyumlu) olduğu bulundu. Genetik çalışmalarda DNA dizi analizi ile gen bankası karşılaştırmasında %98 ve üzeri uyumlar“tür düzeyinde tanımlanabilir”veri olarak kabul edilir. Buna göre her iki gen bölgesinin DNA dizi analiz sonucu klinik örneklerden izole edilen 59 MOTT türü, sıklıklık sırasına göre şöyle tanımlandı: 18'i (%30,5), M. gordenea, sekizi (%13,6) M. fortuitum, altısı (%10.2), M. kumamotonense, beşi (%8.5), M. neoaurum, beşi (%8.5) M. lentiflavum, beşi (%8.5) M. intracellular e, ikisi (%3,4) M. peregrinum olarak tanımlanırken, M. elephantis, M. chelonae, M. abscessus, M. terrae, M. xenopi yalnızca birer tür (%1,7) olarak saptandı.SONUÇ: Mikobakteriler arasında birbirine çok yakın genotipik benzerlikleri bulunmaktadır. Bu nedenle türlerinin tanımlanmasında tek bir gen bölgesinin dizi analizi her zaman yeterli olamamaktadır. Bu nedenle identifikasyonda kullanılan bir gen bölgesinin araştırılması ile tammlanamayan suşlann farklı hedef gen bölgelerinin DNA dizi analizine ihtiyaç duyulmaktadır. Bu konuda altın standart olarak kabul edilen 16S rRNA gen bölgesinin dizi analiziyle tanımlamada yetersiz kalındığında suşlann tanımlanması için ikinci basamak olarak hsp65 gen bölgesinin kullanılması önerilebilir.

Özet (Çeviri)

Mycobacterium genus has more than 100 species that are pathogen for human and commonly found in environment. The species of this genus other than Mycobacterium tuberculosis complex are called as Mycobacterium Other Than Tuberculosis (MOTT). MOTT bacilli cause severe infections in immunosuppressive patients because of contact transmission or colonization. Recently, increased incidence of AIDS and use of agents for cancer chemotherapy have increa ed the incidence of MOTT infections. By the increase the releable and early diagnosis of MOTT infections has become more important. Conventional and molecular methods have been being used for identification of mycobacteria in species level. Diagnosis of MOTT infections is very difficult and it takes long time to identify the organism in species level using conventional methods and these methods are not enough for the accurate idendification. In recent years, molecular methods have commonly being used in identification of MOTT bacilli. In many studies, was proven that these methods were faster and reliable in identification of mycobacteria. DNA sequence analysis gives more detailed information and accurately identifies more species than other molecular methods. 16S rRNA or DNA, hsp65, recA, sodA, gyrB, rpoB, 16S-23S interspace gene regions have being used for identification of mycobacteria in species level. The objective of this study is to perform 59 MOTT species isoleted from various clinical specimens at Ondukuz Mayıs University Medical School and Refik Saydam Hıfzısıhha Center Mycobacteriım Referance Labaratory. MOTT species were idendified by using sequencing data obtained from 16S rRNA and hsp65 gen regions. Assess the performance of the MOTT idendification by using both two region, either discretery or incombination was aimed. ABI 310 analyzer was used for DNA sequenc analysis. In this study of 59 MOTT strains 55 (93.2%) were accurately identified using 16S rRNA gene region DNA sequence analysis and 47 (79.7%) were accurately identified using hsp65 gene region DNA sequence analysis. 59 MOTT strains were XIIaccurately identified using both gene regions. Of four strains which could not being identified using 16S rRNA gene region sequence analysis, 2 had a sequence with 100% similarity to M. chelonae-M. abscessus according to the GeneBank database, but this method could not differentiate these strains. One of these strains was identified as M. chelona (100% similarity) and the other as M. abscessus (100% similarity) using hsp65 DNA sequence analysis. Although the remaining two strains were similar with M. peregrium-M. septicum (99% and 100% similarity, respectively) according to the GenBank database, this method could not differentiate these two species. These strains were identified as M. peregrium (100% similarity) using hsp65 DNA sequence analysis. Of 12 strains which could not being identified using hsp65 DNA sequence analysis, 5 had a sequence resembled to M. neoauru-M. parafortutium according to the GeneBank database (four had 100% and one had 99% similarity), but this method could not differentiate these strains. These strains were identified as M. neoaurum (100% similarity) using 16S rRNA DNA sequence analysis. Although five strains were similar with M. fortutium-M. houstonense (98% similarity) according to the GenBank database, this method could not differentiate these two species. These strains were identified as M. alvei (100% similarity) using 16S rRNA gene region sequence analysis. One strain was similar with M. elephantis-M, pulveris (96% similarity) and one strain was similar with M. flavescens-M. novocastrense (96% similarity) according to the GenBank database, this method could not differentiate these species. These strains were identified respectively as M. elephantis (100% similarity) and M. flavescens (99% similarity) using 16SrRNA gene region DNA sequence analysis. Similarity of 98% or more between GeneBank database and DNA sequence analysis is accepted as data of“identifiable in species level”. Of 59 MOTT species isolated from clinical specimens 18 (30.5%) were identified as M. gordonea, 8 (13.6%) as M. fortutium, 6 (10.2%) as M. kumamotonense, 5 (8.5%) as M. neoaurum, 5 (8.5%) as M. lentiflavum, 5 (8.5%) as M. intracellular e , 2 (3.4%) as M. peregrium, 1 (1.7%) as M. elephantis, 1 (1.7%) as M. chelonae, 1 (1.7%) as M. abscessus, 1 (1.7%) as M. terrae, and 1 (1.7%) as M. xenopi. Conclusion: Some of mycobacterial species are similar genotypically. That is why, sequence analysis of only one region is not sufficient for identification. It is necessary to analyze different gene regions for these strains analysis of hsp65 gene XIIIregion might be useful for the strains that could not being identified using gold standard 16SrRNA region.

Benzer Tezler

  1. Tez No

    340704

    Klinik örneklerden izole edilen candida suşlarının PCR-RFLP yöntemiyle identifikasyonu

    Identification of candida strains isolated from clinical samples by using PCR-RFLP method

    HAMDULLAH SUPHİ BAYRAKTAR

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2013

    MikrobiyolojiMustafa Kemal Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. NİZAMİ DURAN

  2. Tez No

    669289

    Ekstrakorporeal fotoferez ilişkili DNA hasarlarının araştırılması

    Investigation of extracorporeal photopheresis-related DNA damages

    MUHAMMED BAHADIR SAMUR

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    Çocuk Sağlığı ve HastalıklarıErciyes Üniversitesi

    Çocuk Sağlığı ve Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MUSA KARAKÜKCÜ

  3. Tez No

    846274

    The role of oxidative stress factors in the pathophysiology of Ocular Rosacea, analysis of tears and other materials

    Oküler Rosacea patofizyolojisinde oksidatif stres faktörlerinin rolü, gözyaşı ve diğer materyallerin analizi

    NİLÜFER YEŞİLIRMAK

    Doktora

    İngilizce

    İngilizce

    2023

    BiyokimyaGazi Üniversitesi

    Tıbbi Biyokimya Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. NESLİHAN BUKAN

    PROF. DR. JEAN-LOUIS BOURGES

  4. Tez No

    310028

    Keratokonjonktivit yapan adenovirusların genotip prevalansı

    Genotype prevalance of adenoviruses causing keratoconjunctivitis

    BEGÜM NALÇA ERDİN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2012

    MikrobiyolojiDokuz Eylül Üniversitesi

    Tıbbi Mikrobiyoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AYÇA ARZU SAYINER

  5. Tez No

    153227

    Detection of genetically modified insect resistant tomato via polymerase chain reaction

    Genetik olarak değiştirilmiş böcek dirençli domateslerin polimeraz zincir reaksiyonu ile tespit edilmesi

    ZEYNEP SÖNMEZALP

    Yüksek Lisans

    İngilizce

    İngilizce

    2004

    BiyoteknolojiOrta Doğu Teknik Üniversitesi

    Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. MAHİNUR AKKAYA

Geri Dön