In-vivo directed evolution of galactose oxidase by stationary phase adaptive mutations and phylogenetic analysis of error-prone polymerases
Galaktoz oksidaz enzimin hücre içi yönlendirilmiş evrimi ve hata eğilimli polimerazlarının filogenetik analizi
- Tez No: 177446
- Danışmanlar: PROF.DR. ZÜMRÜT ÖGEL
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoteknoloji, Genetik, Biotechnology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: Directed Evolution, Phylogenetic Analysis, Error-Prone Polymerases, Galactose Oxidase
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Gıda Mühendisliği Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 94
Özet
Bu çalısmada galaktoz oksidaz enziminin aktivitesini arttırmak amacı ile Hücre-çi Yönlendirilmis Evrim denenmistir. Bu yöntem Escherichia coli BL21 Star (DE3) mikroorganizmasında açlık kosulunda gerçeklestirilmistir. Daha önce yapılan çalısmalarda, bu enzimin aktivitesinin arttırmak amacı ile Yönlendirilmis Evrim yöntemi kullanılmıstır. Bu çalısmada, aynı düsünce hücre içi olarak uygulanmıstır ? durgun faz süresince konakçı organizmada adaptiv mutasyon ? ve dolayısıyla Hücre-çi Yönlendirilmis Evrim olarak adlandırılmıstır. Bu metod kullanılarak elde edilen varyantların enzim aktiviteleri, hiçbir mutasyona ugramamıs enzimin aktivitesinden daha yüksek çıkmıstır. Ayrıca, bazı varyantların aktivitesi, daha önce Yönlendirilmis Evrim yöntemi ile elde edilen varyantların aktivitesinden de daha yüksek çıkmıstır. Buna gore, önerilen bu yeni yöntemin istenilen gende gelisigüzel mutasyonlar elde etmede ümit verici bir yöntem oldugu sonucuna varılmıstır. Yukarıda belirtilen mutasyonlar, özel bir polimeraz ailesi, hata-egilimli polimerazlar grubu tarafından yapılmaktadır. Organizmanın kompleksitesi ve hata-egilimli polimerazlarının sayısı arasındaki iliskinin anlasılması amacı ile filogenetik analiz yapılmıstır. Altı tane farklı organizmanın hata-egilimli polimeraz sayısı ve her bir organizmada bulunan hata-egilimli polimerazların o organizmadaki toplam DNA polimeraz sayısına oranı incelenmistir. Yapılan bu inceleme sonucunda, organizmanın kompleksitesi arttıkça, hata-egilimli polimerazların sayısının ve oranının arttıgı bulunmustur. Anahtar Kelimer: Yönlendirilmis Evrim, Filogenetik Analizi, Hata-Egimli Polimerazlar, Galaktoz Oksidaz.
Özet (Çeviri)
In this study, the novel idea of in-vivo directed evolution was applied in order to achieve variants of the enzyme galactose oxidase with increased activity. This procedure was done under starvation conditions in Escherichia coli BL21 Star (DE3). Previous studies have been carried out in order to improve the activity of this enzyme using directed evolution methods. In this study, the same idea was used in-vivo, during stationary phase adaptive mutations inside the host organism, hence called in-vivo directed evolution. This method gave variants with improved enzyme activity as compared with the wild-type enzyme, and some variants showed activities that were even higher than the variants of previous directed evolution studies, hence making this method a promising approach for the random mutagenesis of genes of interest. The above mentioned mutations are carried out by a special group of polymerases, the error-prone polymerases. Phylogenetic analysis of these error-prone polymerases was also carried out in order to investigate the relationship between the number of error-prone polymerases and the level of complexity of organisms, and both the number of error-prone polymerases and the ratio of error-prone polymerases to total DNA polymerases of six organisms were studied. It was found that as the organism gets more complex, the number of error-prone polymerases and their ratio to the total polymerases increase.
Benzer Tezler
- Dinamik manyetik rezonans görüntüleme ve ultrason kontrast ajanlı power doppler ultrasonografi ile meme lezyonlarında benign ve malign ayrımı
Başlık çevirisi yok
FAİK SUNGURLU
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2002
OnkolojiMarmara ÜniversitesiRadyodiagnostik Ana Bilim Dalı
DOÇ.DR. ERKİN ARIBAL
- Development of recombinant oncolytic Coxsackievirus B3 for treatment of colorectal carcinoma
Kolorektal kanser tedavisi için rekombinant onkolitik koksaki B3 virüslerinin geliştirilmesi
AHMET HAZİNİ
Doktora
İngilizce
2018
BiyomühendislikYıldız Teknik ÜniversitesiBiyomühendislik Ana Bilim Dalı
PROF. DR. İBRAHİM IŞILDAK
- Rasyonel ve evolusyoner enzim dizaynı yolu ile iki (ß?)8 ?barrel enziminin katalitik aktivitelerinin değiştirilmesi
Interconverting the catalytic activities of two (ß?)8 ?barrel enzymes by rational and evolutionary design
SERAP EVRAN
Doktora
Türkçe
2009
BiyokimyaEge ÜniversitesiBiyokimya Ana Bilim Dalı
PROF. DR. AZMİ TELEFONCU
PROF. DR. REİNHARD STERNER
- Deneysel karaciğer fibrozisinde peginterferon alfa2b ve taurin tedavilerinin spontan gerilemeye katkısının in-vivo ve in-vitro değerlendirilmesi
Evalution of in vitro and in vivo effects of pegylated interferon alfa 2b and taurine treatments on spontaneous recovery in experimental liver fibrosis
MEHMET REFİK MAS
Yüksek Lisans
Türkçe
2004
GastroenterolojiAnkara ÜniversitesiDisiplinlerarası Temel Hepatoloji Ana Bilim Dalı
PROF.DR. MİTHAT BOZDAYI
- Değişik şekillerde tasarımlanan mandibular serbest sonlanan bölümlü protezlerde kuvvet iletiminin holografik interferometri ile değerlendirilmesi
Evaluation of load transmission by holographic interferometry in mandibular distal-extension removable partial dentures with various designs
MURAT SABANCI
Doktora
Türkçe
2000
Diş HekimliğiAnkara ÜniversitesiProtetik Diş Tedavisi Ana Bilim Dalı
PROF. DR. A. KEVSER AYDIN