Investigation of microRNA's on genomic instability regions in breast cancer
Meme kanserinde genomik instabilite bölgelerindeki mikroRNA?ların araştırılması
- Tez No: 177556
- Danışmanlar: DOÇ.DR. CENGİZ YAKICIER, Y.DOÇ.DR. AYŞE ELİF ERSON
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Genetik, Biology, Genetics
- Anahtar Kelimeler: meme kanseri, genomik instabilite, mikroRNA, Breast cancer, genomic instability, microRNAs
- Yıl: 2007
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Orta Doğu Teknik Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 139
Özet
Genomik instabilite meme kanserinde sıklıkla görülür. Bugüne kadar primer tümörlerde ve kanser hücre hatlarında bir çok kromozomal veya bölgesel kopya sayısı değişikliği gösteren bölge belirlenmiştir. Bu sebeple, bu bölgelerdeki potansiyel tumor baskılayıcı genler veya onkogenler araştırılmaktadır. MikroRNAlar ~18-24 nt uzunluğunda protein kodlamayan RNAlardır. Protein ekspresyonunu hedef mRNAlarin kesilmesi veya translasyonun engellenmesi ile düzenlerler. Bu çalışmanın hipotezi, meme kanseri hücrelerindeki sıklıkla görülen genomik instabilite bölgelerinde bulunan mikroRNAların tümörigenez mekanizmasındaki etki edebilecekleri veya katkıda bulunabilecekleridir. Bu çalışmada, meme kanserinde sıklıkla görülen kopya sayısı değişikliği gösteren bölgelerde bulunan mikroRNA genlerinin genomik düzensizlikleri araştırılmıştır. İlk olarak, biyoinformatik kaynaklar kullanılarak bugüne kadar belirlenmiş, sıklıkla görülen genomik instabilite bölgelerinden 18 tane seçildi ve bu bölgelerde bulunan 30 dan fazla ve 35 aday mikroRNA genleri belirlendi. Belirlenen mikroRNA genlerindeki kopya sayısı değişikliklerini doğrulamak için öncül mikroRNA'lara spesifik primerler dizayn edildi ve ?yarınicel PCR? yöntemi ile 20 meme kanseri hücre hattı DNAsında, 2 ölümsüz hücre hattı DNAsında ve 2 normal kontrol DNA örneğinde kopya sayısı analizleri yapıldı. Densitometre ölçüm sonuçlarına göre dikkat çekici bir şekilde mikroRNAların % 61 `inde (22/36) en az 3 farklı hücre hattında kopya sayısı değişikliği (delesyon veya amplifikasyon) gösterdiği bulundu. İlginç olarak bu değişikliklerin çoğu literatürde delesyon olarak geçen bazı bölgelerdeki mikroRNAların amplifikasyonu olarak bulundu. Belirlenen kopya sayıları, biyolojik olarak anlamlı bir başlangıç noktası olarak kullanılabilir ve meme kanserinde mikroRNA ekspresyon düzeyi ve fonksiyonel çalışmalar açısından adayların seçilmesinde önemlidir Kopya sayısı analizlerini takiben seçilen iki mikroRNA geninin (hsa-miR-21 ve hsa-miR-383) qRT-PCR yöntemi ile ekspresyon analizi yapıldı. Bu çalışmanın sonuçları, 20 meme kanseri hücre hattında ve normal örneklerde 36 mikroRNA geninin yarı-nicel PCR yöntemi ile genomik instabilite düzeylerinin kapsamlı taramasını sunmaktadır. Bugüne kadar meme kanseri hücre hatları ile bu kadar geniş çaplı bir tarama yapılmamıştır ve sunduğumuz sonuçlar bir çok mikroRNAnın meme kanserinde kapsamlı araştırılmasını içermektedir ve meme kanseri mekanizmasında potansiyel olarak rolü olabilecek adayların belirlenmesi açısından önemli ipuçları sunmaktadır. MikroRNAların genomik instabilitesi ekspresyon düzeylerine etki edebilir, bu da hedef genlerin ekspresyonunu etkileyecektir. MikroRNAların bu genleri nasil düzenlediklerinin belirlenmesi tümörigenez mekanizmasına katkıda bulunacak, teşhis ve tedavi amaçlı uygulamalarda bu bilgiler kullanılabilecektir.
Özet (Çeviri)
Genomic instability is commonly seen in breast cancers. To date, various chromosomal or segmental loss or amplification regions have been detected in primary tumors and cell lines. Hence, an intensive search for potent tumor suppressors or oncogenes located in these regions continues. MicroRNAs (miRNAs) are ~18-24 nt long non-coding RNAs that regulate protein expression either by target mRNA cleavage or translational repression. We hypothesized that miRNAs located in genomic instability regions in breast cancer cells may contribute to the initiation or maintenance of breast tumors. Here, we investigated genomic levels of miRNAs on frequent loss or gain regions of breast cancer cells. First, using bioinformatics resources we mapped known miRNAs and candidate miRNAs to reported genomic instability regions. Our extensive searches resulted with more than 30 known miRNAs and 35 candidate miRNAs. To further confirm loss or amplification of miRNA genes on these chromosomal regions in breast cancer cells, we designed specific primers for the known pre-miRNA DNA regions and performed semi-quantitative PCR in 20 breast cancer cell lines, 2 immortalized mammary cell lines, and 2 control samples. Densitometry results suggested that a striking 61 % (22/36) of selected miRNAs showed either loss or amplification in at least 3 different breast cancer cell lines. Interestingly most of these alterations were found to be amplifications even in regions reported to harbor losses in breast tumors. Genomic fold change results of these microRNAs provide a biologically relevant starting point for further expression and functional experiments of microRNAs in breast cancer studies. Genomic fold change analysis followed expression analysis of two significant microRNAs (hsa-miR-21 and hsa-miR-383) was done by qRT-PCR method. Our data provide a wide screen of genomic instability of 36 microRNA genes in 20 breast cancer cells and normal samples detected by semi-quantitative duplex PCR method as well as expression analysis of two microRNAs. To this date, such an extensive data on genomic status of microRNA genes in breast cancer cells did not exist. Therefore, our results are the first comprehensive investigation of many microRNA genes on genomic instability regions in breast cancers and provide further clues to the potential involvement of these microRNAs in breast tumorigenesis MicroRNA genomic instability may affect their expression and therefore their targets? expressions. Understanding how these microRNAs regulate their targets and contribute to the neoplastic events will also contribute to the field by using this information for future diagnostic and threaupetical applications.
Benzer Tezler
- Investigation of micrornas that interact with the NFIX 3′untranslated region
NFIX 3'utr bölgesi ile etkileşen mikrornaların araştırılması
ECE ÇAĞDAŞ
Yüksek Lisans
İngilizce
2018
Biyoteknolojiİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ASLI KUMBASAR
- Maraş otu kullanımının mirna ifadesi üzerine etkilerinin incelenmesi
Investigation of the effects on the mirna expression of maras powder USE
ŞAHİN BÜYÜKÇIKRIKCI
Diş Hekimliği Uzmanlık
Türkçe
2016
Diş HekimliğiGaziantep ÜniversitesiAğız Diş ve Çene Cerrahisi Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. BETÜL TAŞ
PROF. DR. SEDAT ÇETİNER
- Kronik myeloid lösemi vakalarında BCR-ABL1 ilişkili mikrornaların ekspresyon düzeylerinin klinik ve moleküler parametreler ile ilişkisinin incelenmesi
Investigation of the relationship between BCR-ABL1 related microRNA's expression levels and clinical and molecular parameters in chronic myeloid leukemia cases
ÖMER YAKAR
Tıpta Uzmanlık
Türkçe
2021
GenetikAtatürk ÜniversitesiTıbbi Genetik Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ ÇİĞDEM YÜCE KAHRAMAN
- Crohn hastalarında budesonid ile tedavi öncesi ve sonrasında inflamasyonla ilişkili mikroRNA ekspresyon seviyelerinin araştırılması
Investigation of microRNA expression levels related to inflammation before and after budesonid treatment in crohn patients
AÇELYA ÖZGÜL
Doktora
Türkçe
2022
Eczacılık ve FarmakolojiGaziantep ÜniversitesiTıbbi Farmakoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. MURADİYE NACAK
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÜLPER NACARKAHYA
- Otizmde mikrorna'lar ile ilişkili hedef genlerin ekspresyonlarının araştırılması
Investigation of target gene expressions associated with microrna's in autism
TUĞBA TOPALOĞLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2017
BiyolojiErciyes ÜniversitesiTıbbi Biyoloji Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. ELİF FUNDA ŞENER