İnsan x kromozomu (Xq21) polimorfizminin bazı kanser tipleriyle ilişkisinin belirlenmesi
Determination of the correlation between human x chromosome (Xq21) and some cancer types
- Tez No: 177867
- Danışmanlar: Y.DOÇ.DR. EKREM DÜNDAR
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Biology
- Anahtar Kelimeler: Kanser, TUSC2, TUSC4, Xq21, Cancer, TUSC2, TUSC4, Xq21
- Yıl: 2007
- Dil: Türkçe
- Üniversite: Balıkesir Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Biyoloji Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: Belirtilmemiş.
Özet
İnsan genomunun DNA dizisinin tamamlanmasıyla bir çok aday genle birlikte kanserojen aday genler de tahmin edilmis ancak tahminlerin teyidi için gereken deneysel çalısmalar henüz tamamlanmamıstır. Bu tez kapsamında, Balıkesir ve Bursa hastanelerinden farklı kanser tiplerine sahip 12 birey, ve 9 saglıklı bireyden, TUSC2'ye oldukça yüksek benzerlik ihtiva eden X kromozomu bölgesi (TXq21 olarak kısaltılmıstır) PCR ile elde edilerek DNA dizisi seviyesinde karsılastırılmıstır. Saglıklı ve çesitli kanser hastası bireylerden elde edilen TXq21 DNA dizileri, BioEdit programının Sequence Alignment, Contig Assembly Program (CAP, dogru dizi tespiti için), DNADist, DNAPars (benzerlik derecesi ve yakınlık uzaklık agacının tespiti için), ve ClustalW (nükletotit polimorfizmini tespit ve görüntülemek için) alt programları kullanılarak analiz edilmistir. BioEdit programının, DNADist ve DNAPars (benzerlik derecesi ve yakınlık uzaklık agacının tespiti) alt programlarının analizi sonucunda ortaya çıkan genetik agaçta kanserli bireylerin tek dalda toplandıgı bariz sekilde ortaya çıkmıstır ve TXq21 bölgesinin hemen hemen bütün kanserli bireylerde bir takım farklılıklar gösterdigi tespit edilmistir. BioEdit programının, ClustalW (nükletotit polimorfizmini tespit ve görüntülemek için) alt programıyla yapılan analizde ise kanserli ve saglıklı bireyler arasında bir polimorfik bölge (SNP, single nucleotide polymorphism) saptanmıstır. Bu polimorfik bölge incelenen bütün kanser tipleriyle çesitli düzeylerde, ancak akciger kanseriyle oldukça yüksek korelasyon göstermis olup, erken teshiste kullanılabilecek bir potansiyel göstermektedir.
Özet (Çeviri)
With the completion of human genome sequence, candidate carcionogen genes along with many putative genes, have also been identified. The experimental work needed to confirm the function of these genes, however, have not been completed yet. With this thesis, TXq21 (TUSC2 like Xq21 region) DNA sequences from 9 healthy individuals and 12 cancer patients from Balıkesir and Bursa hospitals have been amplified via PCR and compared using bioinformatics software. TXq21 DNA sequences obtained this way were analyzed through Sequence Aligment, Contig Assembly Program (for contig construction), DNA Dist, DNAPars (for similarity degrees), and ClustalW (for alingnmet to view polymorphism) accessory applications of BioEdit program. Analysis using DNADist and DNAPars of BioEdit (for constructing similarity and distance trees) revealed that most of the cancer patients were grouped together clearly separating out from the healthy individuals. The analysis run with ClustalW (to align the sequences and to determine the polymorphic regions) of BioEdit revealed an SNP (single nucleotide polymorphism) between healthy individuals (non cancer patients) and cancer patients. This SNP has a correlation to various extends for all cancer types studied, but a very high correlation for lung cancer. With this respect, this SNP has a good potential to be a quick test for early diagnosis of various cancer types, prime of that being the lung cancer.
Benzer Tezler
- Molecular karyotyping of human hepatocellular carcinoma cell lines using single-nucleotide polymorphism arrays
İnsan hepatoselüler karsinom hücre hatlarının tek nükleotid polimorfizm yongaları kullanılarak karyotiplendirilmesi
KUBİLAY DEMİR
Yüksek Lisans
İngilizce
2007
Genetikİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMoleküler Biyokimya ve Genetik Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. M. CENGİZ YAKICIER
- İnsan Xq21-Yp11.2 lokusunun akciğer kanseri ile ilgisi ve moleküler analizi
Molecular analysis of human Xq21-Yp11.2 locus with regard to polymorphism and lung cancer correlation
SEVİLAY BARAK
Yüksek Lisans
Türkçe
2009
BiyolojiBalıkesir ÜniversitesiBiyoloji Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. DR. EKREM DÜNDAR
- İnsan meme ve kolon karsinomu hücre hatlarının karyotipik ve moleküler sitogenetik karakterizasyonu
Karyotipic and molecular cytogenetic characterization of human breast and colon carcinoma cell lines
İLKNUR YILMAZ
Yüksek Lisans
Türkçe
2001
Tıbbi BiyolojiDokuz Eylül ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
Y.DOÇ.DR. OĞUZ ALTUNGÖZ
- 5-Azo deoksisitidin'in ( Baz analogu) insan 11,16 ve X kromozomları üzerindeki etkisinin C ve bromodeoksi uridin (BrdU) bant teknikleriyle araştırılması
Investigation on the effect of 5-Aza deoxycytidine (Base analogue) on human 11,16 and X chromosomes using C and bromodeoxy (BrdU) banding techniques
ÖZTÜRK ÖZDEMİR
Doktora
Türkçe
1992
Tıbbi BiyolojiCumhuriyet ÜniversitesiTıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
DOÇ. DR. İLHAN SEZGİN
- X kromozomu üzerinde bulunan ındel lokuslarına ait multipleks panel geliştirilmesi
Development of an x-chromosome indel multiplex panel
ZÜLAL SEVAL USLU
Yüksek Lisans
Türkçe
2019
Adli Tıpİstanbul Üniversitesi-CerrahpaşaFen Bilimleri Ana Bilim Dalı
DR. ÖĞR. ÜYESİ GÖNÜL FİLOĞLU TÜFEK