Identification of candidate substrates of SIK2 in vitro
SIK2'nin aday sübstratlarının in vitro belirlenmesi
- Tez No: 181201
- Danışmanlar: PROF. DR. KUYAŞ BUĞRA
- Tez Türü: Yüksek Lisans
- Konular: Biyoloji, Moleküler Tıp, Biology, Molecular Medicine
- Anahtar Kelimeler: Belirtilmemiş.
- Yıl: 2006
- Dil: İngilizce
- Üniversite: Boğaziçi Üniversitesi
- Enstitü: Fen Bilimleri Enstitüsü
- Ana Bilim Dalı: Moleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
- Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
- Sayfa Sayısı: 76
Özet
SIK2, gen anlatımı sıçan retinasında yaygın görülen bir serin/threonin kinazdır ve FGFsinyal yolağında potansiyel bir regülatör olduğu savlanmaktadır.Bu çalışmanın amacı; SIK2 ile FGF/ERK sinyal yolağı arasındaki bağı araştırmaktır. Bubağlamda, üç aday SIK2 sübstratı, Gab1, Grb2 ve A-Raf bu yolakta yer alıp, aynı zamandaSIK2'ye özgü fosforlama motifini içeren proteinler olarak biyoenformatik yöntemlebelirlenmiştir. Bu araştırma kapsamında, FRS2 ve Shc1 proteinleri bu motifi içermemelerinekarşın, FGF sinyal yolağında önerilen regülatör rolleri ve çok sayıda fosforlanabilirserin/threonin aminoasitleri nedeniyle irdelenmişlerdir. Belirlenen adaylar GST füzyonproteinleri olarak bakteride üretilmiş, afinite kolonlarından geçirilerek saflaştırılmıştır. Buproteinlerin sübstrat olma potansiyelleri SIK2 ile in vitro kinaz yöntemi kullanılarak analizedilmiştir.Sonuçlarımız, FGF sinyal yolak elemanlarından Gab1 ve A-Raf proteinlerinin SIK2 ilefosforlanabileceğini göstermektedir, buna karşılık Grb2, FRS2 ve Shc1 proteinlerinin SIK2tarafından fosforlanmadığına işaret etmektedir. Bu proteinler FGF/ERK sinyal yolağında anarollere sahiptir, ERK aktivitesinin süresi ve düzeyini belirler. ERK aktivitesinin süresi bazıhücre tiplerinde çoğalma ve farklılaşma cevaplarının belirleyici faktörü olarak ilerisürülmektedir. Verilerimiz, SIK2 tarafından tanımlanan bu proteinlerin fosforlanmadurumlarının ERK aktivitesinin düzeyini ve sürekliliğini in vivo düzenleme, dolayısıylaSIK2'nin büyüme faktörü uyarımı sonucu çoğalma veya farlılaşma kararlarına neden olanolayların bir parçası olma olasılığını gündeme getirmektedir.
Özet (Çeviri)
SIK2 is a serine/threonine kinase widely expressed in rat retina and it is postulated to bea potential regulator of FGF signal transduction in retina.The aim of this work is to explore a link between SIK2 and FGF/ERK pathway. In thiscontext, three novel candidate SIK2 substrates, Gab1, Grb2 and ARaf that involved in thispathway and have consensus SIK2 phosphorylation motifs were identified by bioinformaticstools. Even though the search found no canonical SIK2 phosphorylation motif on Frs2 andShc1 proteins, these were included in this study, because of their proposed regulatory roles inFGF signal transduction pathway and by having numerous potentially phosphorylatable serineand threonine residues. Subsequently, these candidates were expressed in bacteria as GSTfusion proteins, purified through affinity columns and their phosphorylation by SIK2 wasassayed using radioactively labeled ATP in vitro.We have shown two components of FGF signal pathway, Gab1 and A-Raf, that can bephosphorylated by SIK2 in vitro. These proteins are proposed to have major roles inFGF/ERK pathway, determining the level and duration of ERK activity. The duration of ERKactivity (transient or sustained) suggested to be a determining factor in proliferation ordifferentiation responses in some cell types. It is conceivable that the phosphorylation status ofthese proteins defined by SIK2 may fine-tune the levels and duration of ERK activity, thusSIK2 may be a component of the events leading to proliferation versus differentiationdecisions upon growth factor stimulation.
Benzer Tezler
- Involvement of SIK2 in FGF2 signal regulation via Raf-1 & generation of mutants for identification of phosphorylation sites on SIK2 by Erk
SIK2 proteininin Raf-1 proteini araciliğiyla FGF2 sinyal yönetimindeki görevi & SIK2 proteininin Erk proteini tarafindan fosforlanma motiflerinin belirlenmesi için mutant üretimi
ÖZDEN AKAY
Yüksek Lisans
İngilizce
2012
Bilim ve TeknolojiBoğaziçi ÜniversitesiMoleküler Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı
PROF. KUYAS BUGRA BİLGE
- Discovery of novel enzymes using proteomic approaches
Proteomik yaklaşımlar kullanılarak yeni enzimlerin keşfi
MERVE ÖZTUĞ KILINÇ
Doktora
İngilizce
2021
Biyokimyaİstanbul Teknik ÜniversitesiMoleküler Biyoloji-Genetik ve Biyoteknoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. NEVİN GÜL KARAGÜLER
DOÇ. DR. MÜSLÜM AKGÖZ
- Influence of interface structure on the nanotribological properties of exfoliated graphene
Arayüz yapısının mekanik soyma yöntemiyle elde edilen grafenin nanotribolojik özelliklerine etkisi
ARDA BALKANCI
Yüksek Lisans
İngilizce
2016
Makine Mühendisliğiİhsan Doğramacı Bilkent ÜniversitesiMakine Mühendisliği Ana Bilim Dalı
YRD. DOÇ. MEHMET ZEYYAD BAYKARA
- Nadir metabolik hastalıklarda tüm ekzom dizileme verilerinin biyoinformatik analizleri ile fenotipten sorumlu varyantların değerlendirilmesi
Bioinformatics analysis and variant interpretation of whole exome sequencnig data in inborn errors of metabolism
CAN KOŞUKCU
Doktora
Türkçe
2024
Endokrinoloji ve Metabolizma HastalıklarıHacettepe ÜniversitesiPediatrik Temel Bilimler Ana Bilim Dalı
PROF. DR. RIZA KÖKSAL ÖZGÜL
- Pro-inflamatuvar sitokin makrofaj migrasyonunu engelleyici faktör (MIF)'ün ilişkide olduğu proteinlerin tanımlanması ve bunların moleküler özelliklerinin belirlenmesi
Identification and molecular characterization of binding partners for the pro-inflammatory cytokine macrophage migration inhibitory factor (MIF)
SEVİL ÇAYLI
Doktora
Türkçe
2009
Histoloji ve EmbriyolojiAkdeniz ÜniversitesiHistoloji ve Embriyoloji Ana Bilim Dalı
PROF. DR. ANDREAS MEİNHARDT
PROF. DR. RAMAZAN DEMİR