Geri Dön

Türk populasyonunda yüksek rezolusyon mhc class-ı related chain a (MICA) genotiplendirmesi, HLA-B – mıca haplotiplerinin incelenmesi ve yeni mıca alellerinin araştırılması

High Resolution MHC Class-I Related Chain A (MICA) Genotyping, Analysis of HLA-B – MICA Haplotypes, and a Search for new MICA Alleles in Turkish Population, Institute of Health Sciences

  1. Tez No: 192721
  2. Yazar: EMRE YİĞİTBAŞ
  3. Danışmanlar: PROF.DR. AYŞEGÜL ÜNER
  4. Tez Türü: Doktora
  5. Konular: Tıbbi Biyoloji, Medical Biology
  6. Anahtar Kelimeler: MICA, HLA-B, haplotip, short tandem repeat, microsatellit, yüksek rezolusyon genotipleme, Türk populasyonu, populasyongenetiği, MICA, HLA-B, haplotype, short tandem repeat, microsatellite, high resolution genotyping, Turkish population, population genetics
  7. Yıl: 2006
  8. Dil: Türkçe
  9. Üniversite: Hacettepe Üniversitesi
  10. Enstitü: Sağlık Bilimleri Enstitüsü
  11. Ana Bilim Dalı: Temel Onkoloji Ana Bilim Dalı
  12. Bilim Dalı: Belirtilmemiş.
  13. Sayfa Sayısı: 207

Özet

ÖZETYiğitbas E., Türk Populasyonunda Yüksek Rezolusyon MHC Class-IRelated Chain A (MICA) Genotiplendirmesi, HLA-B-MICAHaplotiplerinin İncelenmesi ve Yeni MICA Alellerinin Araştırılması,Hacettepe Üniversitesi, Sağlık Bilimleri Enstitüsü, Tümör Biyolojisive İmmünolojisi Doktora Tezi, Ankara, 2006.MICA geni, HLA-B lokusunun 46 kb sentromerinde yerleşmiştir, polimorfiktirve stres ile indüklenen bir proteini kodlar.MICA genlerinin hastalıklar ile ilintilerini inceleyen çalışmalar Behçet hastalığı(BD) ve Ailevi Akdeniz Ateşi (FMF) gibi belli populasyonlarda daha sıkrastlanan hastalıklarda önemli rol alabileceğini ortaya koymuştur. Ancak Türkpopulasyonuna ait MICA genotiplendirmesi bugüne kadar bildirilmemiştir. Buçalışma, iyi seçilmiş bir örneklemde yüksek rezolusyonda MICA ve HLA-Bgenotiplerinin belirlenmesi, HLA-B ve MICA haplotipleri arasında `linkagedisequilibrium' analizi yapmak amacıyla planlanmıştır. Türkiye' nin tümcoğrafi bölgelerini temsil edecek şekilde, bilgilendirilmiş onam formunuimzalamış 106 sağlıklı gönüllüden kan örneği alınmış ve periferik kanmononükleer hücrelerinden DNA elde edilmiştir.Yüksek rezolusyonda MICA genotiplendirmesi SSOP ve SBT yöntemlerikullanılarak yapılmıştır.HLA-B lokus tiplendirmesi için Luminex-Labtype metodu, ve gereklidurumlarda in-vitro tanıya yönelik geliştirilmiş SSP kitleri kullanılmıştır (OneLambda Inc.). Sonuçların doğrulanması için daha önceden genotiplendirmesiyapılmış örneklerle kıyaslama yapılmıştır. İstatistik analizler için PopGen,PHASE, ve MVSP yazılımları kullanılmıştır.Hardy Weinberg dengesinin (HWE) incelenen tüm lokuslarda geçerli olduğusaptanmıştır. İncelenen örneklemde, 25 HLA-B, ve 19 MICA aleli ile 5 MICAekzon 5 microsatellit alleli, gözlenmiştir. Türk populasyonunda anlamlı LDgösteren (HLA-B)-(MICA) haplotipleri;(HLA-B*35)-(MICA*019) 21.72%, (HLA-B*51)-(MICA*00901) 18.10%,(HLA-B*18)-(MICA*018) 17.11%, (HLA-B*49)-(MICA*004) 12.90%,(HLA-B*07)-(MICA*00802) 7.36%, (HLA-B*27)-(MICA*00701) 6.97%,(HLA-B*40)-(MICA*027) 6.46%, (HLA-B*55)-(MICA*01201) 5.15%,(HLA-B*14)-(MICA*011) 3.89%, (HLA-B*53)-(MICA*049) 3.31%,(HLA-B*50)-(MICA*00902) 0.04% olarak bulunmuştur (p< 0,01).`Correspondence' analizinde Türk populasyonu, Uygurlar Yunanlılar veİtalyanlar ile göreceli olarak daha yakında gruplanmıştır. Bu çalışmadaizlenen HLA-B ve MICA alel frekansları diğer beyazlarda gözlenenlere benzerniteliktedir. Bu çalışmada aynı zamanda yeni bir MICA aleli tanımlanmıştır. Buyeni alelde ekzon 5 transmembran bölgesinde 1 baz değişimi (G→A) görüldü,ancak, buna karşılık gelen amino asit kodlamasında değişiklik olmamaktadır(Lysine→Lysine). Bu sonuçlar, ileride yapmayı planladığımız Türkpopulasyonunda MICA-hastalık ilintilerinin incelenmesi çalışmalarındakullanılabilecek önemli bir referans oluşturacaktır.

Özet (Çeviri)

ABSTRACTYigitbas E., High Resolution MHC Class-I Related Chain A (MICA)Genotyping, Analysis of HLA-B-MICA Haplotypes, and a Search fornew MICA Alleles in Turkish Population, Institute of HealthSciences, Hacettepe University, Ph.D. Thesis in Tumor Biology andImmunology, Ankara, 2006.MICA is a polymorphic gene encoding a stress inducible protein, located 46kb centromeric to HLA-B locus.Disease association studies demonstrated that, MICA could play a significantrole in population specific diseases such as Behçet?s Disease and FamilialMediterranean Fever. However, MICA genotyping data was not reported forthe Turkish population to date. This study was designed to investigate MICA,HLA-B locus genotypes, and analysis of linkage disequilibrium between HLA-B-MICA haplotypes, in a well defined sample of Turkish population usinghigh resolution methods.DNA was extracted from peripheral blood mononuclear cells of 106 healthy,volunteers from all different geographical regions of Turkey, who signedinformed consents.Highest resolution MICA genotyping was performed by conventional SSOPand SBT methods. HLA-B loci were typed by Luminex-Labtype assay, andallele level in-vitro diagnostic SSP kits were employed when necessary (OneLambda Inc.). Results were correlated and confirmed by our previouslygenotyped, known samples at all loci.Statistic analyses were computed by PopGen, PHASE, and MVSP softwares.HWE holds at all loci typed. 25 HLA-B, and 19 MICA alleles with 5 commonlyseen MICA exon 5 microsatellite alleles, were observed in the Turkishpopulation sample. Turkish (HLA-B)-(MICA) haplotypes with significant LDwere;(HLA-B*35)-(MICA*019) 21.72%, (HLA-B*51)-(MICA*00901) 18.10%,(HLA-B*18)-(MICA*018) 17.11%, (HLA-B*49)-(MICA*004) 12.90%,(HLA-B*07)-(MICA*00802) 7.36%, (HLA-B*27)-(MICA*00701) 6.97%,(HLA-B*40)-(MICA*027) 6.46%, (HLA-B*55)-(MICA*01201) 5.15%,(HLA-B*14)-(MICA*011) 3.89%, (HLA-B*53)-(MICA*049) 3.31%,(HLA-B*50)-(MICA*00902) 0.04% (p< 0,01).Correspondence analysis placed the Turkish sample relatively close toUighurs, as well as its Mediterranean neighbors Greeks, and Italians whichwas not surprising.Our data demonstrated that HLA-B and MICA allelic frequencies were similarto those reported in other Caucasian populations studied to date.This research also reports a new MICA allele with 1 base substitution (G→A)at 310th codon that results with a silent change (Lysine→Lysine), in exon 5trans membrane region of MICA peptide chain.These data will provide a reliable reference for our planned MICA-Diseaseassociation studies in Turkish population.

Benzer Tezler

  1. Non-sendromik konjenital kalp hastalarında genomik kopya sayısı varyasyonlarının değerlendirilmesi

    Evaluation of genomic copy number variations in non-syndrome congenital heart diseases

    BÜŞRA ÖZKAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2021

    GenetikEskişehir Osmangazi Üniversitesi

    Tıbbi Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEVİLHAN ARTAN

  2. Glial Tümörlerde DNA Metilasyon Analizi ve Genetik Varyasyonların Belirlenmesi

    DNA Methylation Analysis and Determination of Genetic Variations in Glial Tumors

    ELİF NUR BOZDAĞ

    Doktora

    Türkçe

    Türkçe

    2023

    Genetikİstanbul Üniversitesi

    Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. SEMA SIRMA EKMEKCİ

  3. Kronik böbrek yetmezliği hastalarında kırılganlığın nütrisyonel parametrelerle ilişkisi

    The relationship between frailty and nutritional parameters in chronic kidney disease patients

    RECEP EVCEN

    Tıpta Uzmanlık

    Türkçe

    Türkçe

    2016

    NefrolojiSelçuk Üniversitesi

    İç Hastalıkları Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. RENGİN ELSÜRER AFŞAR

  4. Türk populasyonunda NAT1 (N-asetiltransferaz tip1) lokusu polimorfizmi

    Başlık çevirisi yok

    SERDAL ARSLAN

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    2002

    BiyolojiCumhuriyet Üniversitesi

    Biyoloji Ana Bilim Dalı

    DOÇ. DR. FEVZİ BARDAKÇI

  5. Türk populasyonunda adenilat kinaz enzim polimorfizmi

    Adenylate kinase enzyme polymorphism in the Turkish population

    HATİCEGÜL YILDIZ

    Yüksek Lisans

    Türkçe

    Türkçe

    1999

    Tıbbi BiyolojiCumhuriyet Üniversitesi

    Tıbbi Biyoloji ve Genetik Ana Bilim Dalı

    PROF. DR. AHMET ÇOLAK